handsome213的博客

步骤包括几何优化，AC产生10帧构象，对AC盒子进行几何优化，找到最低能量帧作为后续MD的模型，进行NPTMD，对MD后得到的轨迹文件进行分析（密度分析）。在装填之前，先通过if条件语句判断AC模块中是否已有分子，因为在第二次任务进行时，MS的AC模块会保留第一个任务中加载的分子，如果里面有分子（component1），则删除。包括$docnum(分子文件个数)，$firstdoc(起始文件)，$forcefield(力场类型)，$loading(AC盒子中分子个数)7.第五，对MD后的轨迹进行密度分析。

对多个构建出来的分子模型进行几何优化，使用AC模块装填分子，生成10帧构象，对AC盒子进行几何优化，找出最小能量帧作为后续MD的模型，将帧与能量存储在std文件中。

解决方法：在网上搜了很多方法，尝试了一下，无果。最后，重启了电脑就恢复原样了。

当几何优化始终无法达到收敛条件时，首先，要尝试一下其他的几何优化算法，比如先最速下降法，再共轭梯度法或者牛顿法，然后，再尝试一下降低精度（质量），当达到降低精度的收敛条件时，再更改未ultra-fine进行几何优化，说不定就几何优化成功了！

使用sketh工具画出全原子分子，以异辛烷为例子。

Material Studio出现此计算机无法与提供服务器的计算机进行通信的问题，解决方法

第一次使用Material Studio 2020 时遇到的问题及解决办法，包括创建项目及建模