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RSS订阅原创 AMBER记录-Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENOR
运行能量最小化的时候，出现如下提示。查找相关论坛，发现该提示并不影响。
2024-11-04 22:16:13
484
原创 Gaussion09第一次计算--问题及解决
使用Gaussion09是想用g09计算RESP2电荷值和Multifwn计算的RESP2电荷值进行比较。首先，测试了水分子的几何优化过程，但是这个过程并不容易，遇到了很多坑。
2024-10-30 09:44:49
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原创 AMBER学习记录--使用Multiwfn计算有机小分子的RESP电荷--问题及解决
但还是显示mpirun not found，而且输入mpiexec -V，也会显示正确的openmpi版本，输入which mpirun也会显示正确的路径。从Multiwfn安装目录下的example/RESP下复制脚本到当前目录，比如RESP2_ORCA.sh，该脚本包括几何优化步骤。接下来，修改脚本中的nprocs和maxcore参数，同时设置ORCA和orca_2mkl两个参数的路径。于是，我将该环境写在了RESP2_ORCA.sh脚本中，重启wsl之后，便可以进行多核操作了。
2024-09-26 14:17:18
823
原创 WSL中使用GPU加速AMBER MD--测试
接上一篇文章，下载好WSL中的GPU加速版本的AMBER，但仅仅是串行版，本篇文章对GPU 串行版AMBER进行测试。而此时使用CPU串行版 ，发现同样的体系200ps需要8.9h，这差距也太大了吧，可见gpu加速比cpu要快很多。修改 md.in文件为：改为200ps的MD，将输出设置为每2ps输出一次到mdout文件。使用GPU串行版，可以看到运行200ps的MD仅需要20min。包括拓扑文件，rst7文件和md输入文件。2 编写脚本md.sh。
2024-09-18 22:02:29
400
原创 wsl中编译amber24-cpu串行版报错
首先删除原来的安装包，然后下载一个新的安装包，再赋予该安装包权限，最后再返回build文件夹执行编译操作即可。U盘移动时文件受损，重新安装一个即可。
2024-09-18 20:40:35
478
原创 Amber学习记录--VMD可视化amber轨迹
接第一天的学习，今天对肽段MD后的轨迹进行分析，主要用到WSL的VMD可视化界面，关于如何在WSL中使用VMD可视化界面，参考。注：此时有可能报错problem reading crd file，是因为轨迹文件是netcdf，解决办法参见。加载文件. 然后选择Amber参数和拓扑文件。加载文件. 选择Amber轨迹文件。2 可视化肽段的轨迹。. 将文件类型设置为。. 将文件类型设置为。该图为不显示水的肽段。
2024-09-14 15:17:55
635
原创 AMBER轨迹结合VMD使用报错--problem reading crd file
使用cpptraj -p name.prmtop -y name.mdcrd -x namd.dcd，将轨迹转换成DCD格式，即可在VMD中显示了。
2024-09-14 15:03:34
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原创 Amber学习---小分子肽段的MD（第一天）
首先进行能量最小化，其次在正则系综NVT下，20ps升温至298K，最后在标准状态下，NPT系综下，进行60ps的MD。标准的leaprc文件将HIS命名为HIE，因此，如果载入含残基HIS的PDB文件，则将该残基命名为HIE。设置得非常低, 这样才可以对这个很短的模拟进行分析. 使用这样的设置进行更长时间的MD模拟会产生非常大的输出文件和轨迹文件, 并且比常规MD设置更慢. 对于真正的成品MD, 需要增加。使用gedit打开文本编辑器，输入以下内容，并将文件命名为01_min.in。
2024-09-12 21:39:56
1310
原创 Material Studio中批量化计算任务--单脚本，多任务，多步骤操作
步骤包括几何优化，AC产生10帧构象，对AC盒子进行几何优化，找到最低能量帧作为后续MD的模型，进行NPTMD，对MD后得到的轨迹文件进行分析（密度分析）。在装填之前，先通过if条件语句判断AC模块中是否已有分子，因为在第二次任务进行时，MS的AC模块会保留第一个任务中加载的分子，如果里面有分子（component1），则删除。包括$docnum(分子文件个数)，$firstdoc(起始文件)，$forcefield(力场类型)，$loading(AC盒子中分子个数)7.第五，对MD后的轨迹进行密度分析。
2024-08-11 15:50:12
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原创 Material Studio+Peel脚本实现一键式操作--GO-＞AC-＞GO-＞std
对多个构建出来的分子模型进行几何优化，使用AC模块装填分子，生成10帧构象，对AC盒子进行几何优化，找出最小能量帧作为后续MD的模型，将帧与能量存储在std文件中。
2024-07-26 19:01:19
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原创 Material Studio中使用Perl脚本高效工作--批量化处理
循环体中可以更改不同的job和job完成后的处理，文件也可以采用不同的命名方式来写，以实现个性化需求。如果一个job结束之后是另外的job，则可以实现一个完整的工作流work flow，真正的解放双手，提高生产力，一键式操作。
2024-07-25 15:06:29
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原创 Material Studio出现无法在系统中创建更多的线程以及应用程序的组件中发生了未经处理的异常，未将对象引用设置到对象的实例的问题及解决
解决方法：在网上搜了很多方法，尝试了一下，无果。最后，重启了电脑就恢复原样了。
2024-07-24 19:43:17
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原创 Material Studio中几何优化不收敛问题的解决
当几何优化始终无法达到收敛条件时，首先，要尝试一下其他的几何优化算法，比如先最速下降法，再共轭梯度法或者牛顿法，然后，再尝试一下降低精度（质量），当达到降低精度的收敛条件时，再更改未ultra-fine进行几何优化，说不定就几何优化成功了！
2024-07-24 09:34:07
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原创 Material Studio出现此计算机无法与提供服务器的计算机进行通信的问题，解决方法
Material Studio出现此计算机无法与提供服务器的计算机进行通信的问题，解决方法
2024-06-26 19:16:20
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原创 科研试验设计必备软件Design expert的傻瓜式安装与报错解决
解决方法：在该错误页面点击OK，随后出现Do you want to try to activate a different license？，点击Yes，点击use network license，点击OK，最后在输入框输入127.0.0.1:5053，就可成功解决问题。链接：https://pan.baidu.com/s/1377JGnQuXebAPRqnlE2z_w?第三步：点击rlm.exe，出现如下页面。每次打开软件都需要先打开rlm.exe，再打开DX10.exe。
2024-06-11 21:21:11
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原创 Material Studio 2020新建第一个项目、建模时遇到的问题梳理
第一次使用Material Studio 2020 时遇到的问题及解决办法，包括创建项目及建模
2024-06-10 22:52:56
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原创 设计一个动物声音“模拟器”，希望模拟器可以模拟许多动物的叫声。要求如下：
设计一个动物声音“模拟器”，希望模拟器可以模拟许多动物的叫声。要求如下：（1）编写抽象类AnimalAnimal抽象类有2个抽象方法cry()和getAnimaName()，即要求各种具体的动物给出自己的叫声和种类名称。（2）编写模拟器类Simulator该类有一个playSound(Animal animal)方法，该方法的参数是Animal类型。即参数animal可以调用Animal的子类重写的cry()方法播放具体动物的声音、调用子类重写的getAnimalName()方法显示动物种类
2021-11-22 14:39:38
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原创 编写一个Java应用程序，计算1-10的阶乘之和
编写一个Java应用程序，计算1！+2！+3！+…+10！。（1）思路通过循环遍历求和（2）代码实现public class SumJiecheng { public static void main(String[] args){ int x = 1; int sum = 0; for(int i = 1;i <= 10;i ++){ x = x * i; sum = sum + x; } Syste...
2021-11-18 12:58:08
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原创 编写一个Java应用程序，产生20个50-100之内的整数，并输出这20个数并找出最大数及最小数输出。
编写一个Java应用程序，产生20个50-100之内的整数，并输出这20个数并找出最大数及最小数输出。(1)思路定义一个start变量和end变量表示范围的起点和终点，分别赋值为50和100，利用random.nextInt（end-start+1）产生一个50到100的随机数赋给数组即可。最后循环求最大最小值即可。(2)代码实现import java.util.Random;public class Ab{ public static void main(String arg...
2021-11-17 08:40:09
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原创 编写一个Java应用程序，计算1-50之间的所有素数的和。
编写一个Java应用程序，计算1-50之间的所有素数的和。（1）思路通过双循环遍历求素数之和。判断素数的方法是从2到i-1看是否被整除。如果被整除则break跳出内循环并且flag变量为false。最后在外层循环内判断flag是否为true，如果为true则加到sum上。（2）代码实现public class Ab { public static void main(String[] args){ int sum = 0; for(int i...
2021-11-16 22:05:21
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原创 编写一个应用程序，给出汉字‘你’、‘我’、‘他’在Unicode表中的位置。
编写一个应用程序，给出汉字‘你’、‘我’、‘他’在Unicode表中的位置。（1）思路通过类型转换来显示中文的位置。（2）代码实现public class Place{ public static void main (String args[]){ char chinaWord = '你'; char china_Word = '我'; char china__Word = '他'; System.out.println("汉字: "+chin...
2021-11-16 10:35:32
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原创 操作系统学习笔记（三）
41.关于生产者-消费者问题，下列说法正确的是（）a.生产者-消费者问题中，既有互斥关系，也有同步关系。b.生产者-消费者问题中，互斥信号量mutex的初值设为142.消息缓冲队列通信中，消息队列是临界资源，应互斥使用。√43.处理机调度的层次包括三级：高级调度，（ ），低级调度 中级调度44.中级调度（中程调度）的主要目的是（ ）提高内存利用率 ，提高系统吞吐量45. 周转时间短是评价批处理系统的一个准则，周转时间是指从作业被提交系统开始，到作业完成为止的这段时间.
2021-11-13 13:51:57
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原创 SQL数据库实验报告一
（1） 在产品表(Products)中找出库存大于50的产品的所有信息，按产品编号升序排序。SELECT *FROM ProductsWHERE UnitsInStock>=50ORDER BY ProductID //可加可不加（2） 查询顾客表(Customers)中所有不重复的所在城市，并升序排序。SELECT DISTINCT CityFROM CustomersORDER BY City //这一句可加可不加（3） 在订单表(Orders)中...
2021-11-11 13:45:22
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原创 操作系统学习笔记（二）
21. 消息缓冲队列通信机制中，通信过程中，属于接收进程的工作范畴的是（）接收消息，释放缓冲区22. 引起进程阻塞的事件有（）数据尚未到达启动某种操作无新工作可做请求系统服务23. 进程申请使用资源的操作称为signal操作，释放资源的操作称为wait操作。×24. Windows系统中，在命令行方式下，使用date命令显示系统时钟，属于操作系统提供的哪种接口方式？ 命令接口25.中断技术是多道批处理系统实现的技术基础。（ ）√26.您认为自动无人
2021-11-11 09:42:34
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原创 操作系统学习笔记（一）
1.进程是程序的一次动态执行过程，因此，进程和程序一定是一一对应的。 ×2.进程的状态转换中，哪些是不可能出现的？阻塞-执行；就绪-阻塞3. 下列哪个特征不属于分时系统？作业平均周转时间长4.Windows操作系统的设计结构是哪一种？微内核+C/S模式5.下列可以划归为多用户多任务操作系统范畴的是（ ） Unix、 Windows Server版、Linux server版6.操作系统的主要功能包括：提供用户接口，内存管理，文件管理，处理机管理
2021-11-11 09:39:56
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