[小技巧]把.nii.gz文件从3D图像变成2D图像

最新推荐文章于 2024-04-29 16:19:27 发布

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#计算机视觉

本文介绍如何使用Python将3D医学图像转换为2D，处理窗口窗位，然后保存为PNG，并去除非病灶区域的全黑mask。作者提供了读取.nii.gz文件，进行窗口变换和图像保存的详细代码以及筛选出无病灶图像的函数。

问题

很多时候3D网络由于参数量大，不好训练，一般转换成2D图像使用2D网络进行训练，当然也会有比如切片上下文信息丢失的问题，抛开不谈。（2D->2.5D）在这里插入代码片

代码

下面是读取.nii.gz文件，然后进行窗口窗位变换，得到变换后的数值，然后在保存为2D图片。

import SimpleITK as sitk
import os
import nibabel as nib
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom

def load_nifti(file_path):
    img = nib.load(file_path)
    img_data = img.get_fdata()
    return img_data

def adjust_window(image, window_center, window_width):
    image_min = window_center - window_width / 2.0
    image_max = window_center + window_width / 2.0
    adjusted_image = np.clip(image, image_min, image_max)
    adjusted_image = (adjusted_image - image_min) / (i