slurm集群与lammps并行

最新推荐文章于 2024-09-19 00:00:00 发布
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文章标签： 容器 云原生 并行计算
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/github_38163952/article/details/122161177
该博客详细介绍了如何在单机上安装Slurm并启用MPI支持，同时涉及了集群安装的基础步骤。文中通过实际部署lammps并行测试，探讨了可能遇到的问题及解决方案，适合具备一定计算机基础的读者参考学习。

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yuhldr
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高通量计算分子动力学Lammps脚本，并自动接口PhaseGo绘制高温高压成分相图
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09-18 1581
实习时候针对中国钢研悬算项目写的一些脚本和接口，用以完成自动高通量修改Lammps输入文件和网格式提交，自动数据后处理得到声子态密度信息，自动数据格式转换传送给PhaseGo得到高温高压相图信息。 脚本例子中默认的输入文件NVT名字为：in.BCC.FeNi-NVT 势场文件的默认名字为：Fe-Ni.eam.alloy 提交脚本名字为：lammps.slurm 压强区间默认为：0~20Gpa 温度默认区间为：10~2000K 可以根据以上提供的关键字进行修改 Step1： 确定计算体系的NPT和NVT输入文
slurm单机部署
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[slurm] CentOS7/Ubuntu18上Slurm部署步骤（单机版）
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03-23 1565
slurm部署
# 基础设置 units metal atom_style atomic dimension 3 boundary p p p # 创建初始晶格（FCC结构） lattice fcc 3.61 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 2 box # 创建纯铜晶体 create_atoms 1 box # 随机替换30%Cu为Ni variable target_ratio equal 0.3 set type 2 fraction ${nickel} region box # 定义原子类型 mass 1 63.55 # Cu原子量 mass 2 58.69 # Ni原子量 # 势函数设置（需准备CuNi.eam.alloy势文件） pair_style eam/alloy pair_coeff * * CuNi.eam.alloy Cu Ni # 邻近列表 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 10 # 能量最小化 min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 5000 # 弛豫过程 reset_timestep 0 fix 1 all nve thermo 100 timestep 0.001 run 5000 # 输出轨迹文件 dump 1 all custom 1000 cu_ni.lammpstrj id type x y z 运行后出现以下问题 job aborted: [ranks] message [0] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 0 [1] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 1 [2] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 2 [3] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 3 [4] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 4 [5] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 5 [6] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 6 [7] application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 7 ---- error analysis ----- [0-7] on ADMINISTRATOR lmp aborted the job. abort code 1 ---- error analysis ----- PS D:\bishe\LAMMPS 64-bit 27Jun2024-MSMPI\liliang\233>
最新发布
03-15
<think>好的，用户遇到了LAMMPS运行时出现的MPI错误：“application aborted aborting MPI_COMM_WORLD (comm=0x44000000), error 1, comm rank 0”。这个错误通常与MPI配置或通信问题有关。首先，我需要分析可能的原因，然后一步步引导用户排查和解决。 首先，用户提到的错误信息中提到了MPI_COMM_WORLD通信器的问题，这可能意味着MPI进程间通信失败。错误类型1通常表示MPI初始化失败或进程崩溃。用户还提到了“set type fraction potential file eam alloy”，这可能涉及LAMMPS中原子类型的设置和EAM势函数的文件路径问题。 可能的错误原因包括： 1. **MPI安装或配置问题**：MPI库未正确安装，或者版本不兼容。 2. **输入文件错误**：LAMMPS输入脚本中的路径错误，特别是EAM合金势文件路径不正确，或文件格式有问题。 3. **进程间通信问题**：节点间的通信故障，如网络问题或资源不足。 4. **内存不足**：计算任务所需内存超过可用资源，导致进程崩溃。 5. **并行任务分配不当**：如进程数量与系统资源不匹配，或者任务分配参数设置错误。 接下来，需要用户逐步检查这些方面。首先，建议用户验证MPI的安装，运行简单的MPI程序，比如Hello World，确认MPI环境正常。然后检查LAMMPS输入脚本中的文件路径是否正确，特别是EAM合金势文件是否存在，权限是否足够。此外，检查是否所有节点都能访问该文件，尤其是在集群环境中。 如果文件路径正确，需要检查势文件的内容是否符合LAMMPS要求的格式。EAM势文件通常有特定的格式，格式错误会导致初始化失败。用户可以使用文本编辑器查看文件头部是否有格式说明，并对照LAMMPS文档确认。 内存问题方面，用户应监控任务运行时的内存使用情况，调整系统配置或减少计算规模。并行任务分配问题可能需要调整进程数量，比如使用较少的进程测试，或确保节点间的网络通信正常。 此外，用户还应检查LAMMPS的版本是否与MPI库兼容，必要时重新编译LAMMPS。查看错误日志和调试输出，启用LAMMPS的“-screen”选项或日志文件，获取更详细的错误信息，帮助定位问题。 最后，如果问题仍未解决，建议用户提供更详细的错误日志、输入脚本和系统配置信息，以便进一步分析。</think>### LAMMPS MPI_COMM_WORLD错误解决方法 #### 1. 检查MPI环境配置 首先确认MPI环境安装正确。运行以下命令验证MPI基础功能： ```bash mpiexec -n 2 hostname ``` 若出现类似`MPI_Init_thread`的错误，需重新安装或配置MPI库（如OpenMPI、Intel MPI）[^1]。 #### 2. 验证输入文件路径 检查LAMMPS脚本中EAM势文件路径是否正确。例如： ```lammps pair_style eam/alloy pair_coeff * * AlCu.eam.alloy Al ``` 需确保`AlCu.eam.alloy`文件存在于当前工作目录，或使用绝对路径（如`/path/to/AlCu.eam.alloy`）。若文件路径包含空格或特殊字符，需用引号包裹。 #### 3. 排查内存与资源限制 在脚本中添加内存限制参数，例如： ```lammps processors * * grid 2 2 1 ``` 若使用Slurm集群，检查作业提交脚本的资源请求是否合理： ```bash #SBATCH --ntasks=4 #SBATCH --mem-per-cpu=2G ``` #### 4. 调试并行任务分配 尝试减少MPI进程数定位问题： ```bash mpiexec -n 1 lmp -in in.lammps ``` 逐步增加进程数（`-n 2`、`-n 4`）观察是否触发错误。 #### 5. 检查势函数文件格式 使用`file`命令验证EAM文件格式： ```bash file AlCu.eam.alloy ``` 若显示`ASCII text`但LAMMPS要求二进制格式，需重新生成势函数文件。 #### 6. 重新编译LAMMPS 若问题持续存在，建议重新编译LAMMPS并启用调试模式： ```bash make clean make yes-USER-MEAM make mpi CFLAGS="-g -O0" ```
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