pySCENIC安装与配置指南

pySCENIC安装与配置指南

pySCENIC pySCENIC is a lightning-fast python implementation of the SCENIC pipeline (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) which enables biologists to infer transcription factors, gene regulatory networks and cell types from single-cell RNA-seq data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pySCENIC

1. 项目基础介绍

pySCENIC 是一个高效的 Python 实现，用于 SCENIC（Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering）管道。它可以帮助生物学家从单细胞 RNA-seq 数据中推断出转录因子、基因调控网络和细胞类型。

主要编程语言：Python

2. 关键技术和框架

• ** arboreto **：用于基因推断的包，提供了一种名为 GRNBoost2 的方法，是 GENIE3 的替代品。
• ** dask **：一种并行计算框架，允许在多核心和多节点集群上运行 pySCENIC。
• ** cisTarget **：用于识别基因调控网络中的直接和间接目标的工具。

3. 安装和配置准备工作

在开始安装 pySCENIC 之前，请确保您的系统中已安装以下依赖项：

• Python 3.6 或更高版本
• pip（Python 包管理器）

安装步骤

步骤 1：安装 Python 和 pip

如果您的系统中没有安装 Python，请从 Python 官方网站下载并安装。安装过程中，确保勾选了“添加 Python 到环境变量”的选项。安装完成后，打开命令行并输入以下命令来确认安装：

python --version
pip --version

步骤 2：安装 pySCENIC

在命令行中，使用 pip 命令安装 pySCENIC：

pip install pySCENIC

这个命令会自动处理所有必要的依赖项，并将 pySCENIC 安装到您的系统中。

步骤 3：验证安装

为了验证 pySCENIC 是否成功安装，您可以在命令行中运行：

pyscenic --version

如果安装成功，命令行将显示当前安装的 pySCENIC 版本。

步骤 4：配置环境（可选）

如果您的项目需要使用特定版本的 Python 或其他依赖项，建议使用虚拟环境。您可以创建一个虚拟环境并激活它：

python -m venv myenv
source myenv/bin/activate  # 在 Windows 中使用 myenv\Scripts\activate

在虚拟环境中，您可以安装 pySCENIC 和其他所需的包。

至此，您已经完成了 pySCENIC 的安装和配置。现在，您可以开始使用 pySCENIC 进行单细胞 RNA-seq 数据分析了。

pySCENIC pySCENIC is a lightning-fast python implementation of the SCENIC pipeline (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) which enables biologists to infer transcription factors, gene regulatory networks and cell types from single-cell RNA-seq data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pySCENIC