SMARTdenovo 项目使用教程

SMARTdenovo 项目使用教程

smartdenovoUltra-fast de novo assembler using long noisy reads项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/smar/smartdenovo

1. 项目的目录结构及介绍

smartdenovo/
├── README.md
├── LICENSE
├── Makefile
├── smartdenovo.pl
├── wtzmo
├── wtgbo
├── wtclp
├── wtcns
├── wtmsa
└── README-tools.md

• README.md: 项目的主文档，包含项目的介绍、安装和使用说明。
• LICENSE: 项目的许可证文件，采用GPL-3.0许可证。
• Makefile: 用于编译项目的Makefile文件。
• smartdenovo.pl: 项目的主脚本文件，用于调用其他工具进行组装。
• wtzmo: 用于读取重叠的工具。
• wtgbo: 用于恢复缺失重叠的工具。
• wtclp: 用于识别低质量区域和嵌合体的工具。
• wtcns: 用于生成更好的单元组共识的工具。
• wtmsa: 用于生成更好的单元组共识的工具。
• README-tools.md: 包含更多关于SMARTdenovo工作细节的文档。

2. 项目的启动文件介绍

smartdenovo.pl: 这是SMARTdenovo项目的主脚本文件，提供了调用其他工具的便捷接口。用户可以通过运行以下命令来启动项目：

./smartdenovo.pl -p prefix -c 1 reads.fa > prefix.mak
make -f prefix.mak

• -p prefix: 指定输出文件的前缀。
• -c 1: 指定使用的CPU核心数。
• reads.fa: 输入的读取文件。

3. 项目的配置文件介绍

SMARTdenovo项目没有传统的配置文件，其主要配置通过命令行参数进行设置。用户可以通过修改命令行参数来调整项目的运行方式。例如：

./smartdenovo.pl -p my_assembly -c 4 reads.fa > my_assembly.mak
make -f my_assembly.mak

在这个例子中，-p my_assembly 指定了输出文件的前缀为 my_assembly，-c 4 指定了使用4个CPU核心。

通过这种方式，用户可以根据自己的需求灵活配置SMARTdenovo的运行参数。

smartdenovoUltra-fast de novo assembler using long noisy reads项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/smar/smartdenovo