PSMC（Pairwise Sequentially Markovian Coalescent）项目安装与使用指南

PSMC（Pairwise Sequentially Markovian Coalescent）项目安装与使用指南

psmc Implementation of the Pairwise Sequentially Markovian Coalescent (PSMC) model 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ps/psmc

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1. 项目目录结构及介绍

lh3/psmc是一个实现对双倍体序列使用Pairwise Sequentially Markovian Coalescent（PSMC）模型来推断群体大小历史的软件包。下面简要描述其主要目录结构：

• 根目录:
  • README: 提供了快速入门的指南和主要命令示例。
  • LICENSE: 软件许可协议。
  • Makefile: 编译脚本，用于构建项目。
  • psmc.tex: 文档详细介绍了PSMC模型。
  • aux, core, em, khmm, kmin, kseq, psmc: 含有项目核心的C源代码文件。
  • utils: 辅助工具集，包括数据预处理、结果转换等工具的源码。
    • 包含如fq2psmcfa, psmc2history.pl, history2ms.pl, 和 psmc_plot.pl等脚本。

2. 项目的启动文件介绍

PSMC的主要执行程序是编译后的psmc可执行文件，通常通过运行Makefile来生成。启动这个程序需要提供一系列的参数，例如人口数量(-N)、时间比例(-t)、重组率(-r)以及一个特定的参数模式(-p)来定义时间间隔。例如：

psmc -N25 -t15 -r5 -p "4+25*2+4+6" -o diploid.psmc diploid.psmcfa

这里，psmc就是启动文件，上述命令用来推断名为diploid.psmcfa的样本的人口大小历史，并将结果保存到diploid.psmc文件中。

3. 项目的配置文件介绍

PSMC本身不直接采用传统意义上的配置文件进行设置，而是通过命令行参数指定各项配置。这些参数包括但不限于：

• -N 指定模拟中的默认种群规模倍数。
• -t 设置时间步长的比例系数。
• -r 定义重组率。
• -p 设定时间区间细分的参数，间接控制模型的复杂度。

虽然没有独立的配置文件，但用户可以通过修改这些命令行参数来调整运行PSMC时的行为。此外，辅助工具（位于utils目录下）的使用也涉及特定的输入文件（如由fq2psmcfa生成的.psmcfa文件），这些文件可以视为间接的“配置”，因为它们影响PSMC分析的数据基础。

为了自定义工作流程或进行特殊配置，用户通常需要调整Makefile以适应不同的编译需求，或者直接在调用psmc及其相关工具时修改命令参数。这使得每次运行都能根据具体研究需求定制参数配置。

psmc Implementation of the Pairwise Sequentially Markovian Coalescent (PSMC) model 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ps/psmc