单细胞RNA测序数据聚类细胞类型自动标注工具——scCATCH

单细胞RNA测序数据聚类细胞类型自动标注工具——scCATCH

scCATCH Automatic Annotation on Cell Types of Clusters from Single-Cell RNA Sequencing Data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/scCATCH

1. 项目基础介绍

scCATCH（Single Cell Cluster-based Annotation Toolkit for Cellular Heterogeneity）是一个针对单细胞RNA测序数据，用于自动标注聚类细胞类型的开源项目。该项目基于R语言开发，旨在为科研工作者提供一种高效、准确的细胞类型标注方法。

2. 项目核心功能

scCATCH主要包括以下两个核心功能：

• findmarkergene()函数：用于识别每个聚类中的标记基因。该函数通过匹配已知的细胞标记，自动化地识别聚类中的潜在标记基因。

• findcelltype()函数：基于已识别的标记基因，自动标注每个聚类的细胞类型。该功能通过将潜在标记基因与组织特异性细胞分类参考数据库（CellMatch）中的已知细胞标记进行匹配，实现细胞类型的自动标注。

3. 项目最近更新的功能

scCATCH最近更新的功能包括：

• 允许用户使用自定义的cellmatch数据库。
• 允许用户选择不同的组织或癌症组合进行标注。
• 允许用户向cellmatch数据库中添加更多的标记基因。
• 支持用户使用除人类和鼠标之外的其他物种的标记基因。
• 提供了更多方法来识别高表达基因。
• 支持从Seurat对象创建scCATCH对象的功能。

scCATCH Automatic Annotation on Cell Types of Clusters from Single-Cell RNA Sequencing Data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/scCATCH