SingleR：单细胞RNA-seq细胞类型识别工具

SingleR：单细胞RNA-seq细胞类型识别工具

SingleR SingleR: Single-cell RNA-seq cell types Recognition (legacy version) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/si/SingleR

1. 项目基础介绍

SingleR 是一个开源项目，旨在为单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据提供细胞类型识别的功能。该工具基于R语言开发，是单细胞分析流程中一个重要的组成部分。SingleR 利用参考转录组数据集，对纯细胞类型进行无偏倚的细胞类型识别。通过结合Seurat这一处理和分析包，SingleR 成为了研究scRNA-seq数据的强大工具。

2. 核心功能

SingleR 的核心功能是利用参考转录组数据集，独立地为每个单细胞推断细胞起源。以下是项目的几个关键特点：

• 无偏倚的细胞类型识别：不依赖于已知的标记基因，减少主观性，提高对不同细胞亚群的区分能力。
• 与Seurat的集成：与Seurat结合使用，提供从数据预处理到可视化分析的全流程支持。
• 用户友好的Web工具：提供Web工具用于可视化数据和进一步分析。
• 易于使用的R包：通过R包简化了创建注释scRNA-seq对象的过程。

3. 最近更新的功能

最近项目的更新包括以下内容：

• 支持更大数据集：升级后的SingleR浏览器现在可以处理超过10万个单细胞的数据集。
• S4对象的支持：SingleR对象升级为S4对象，简化了访问注释的过程，并允许多个身份和聚类列。
• 兼容Seurat 3.0：SingleR现在支持Seurat 3.0版本，尽管目前仍处于测试阶段。用户现在可以创建一个单细胞对象，然后使用相同的细胞创建SingleR对象，以便进行后续分析。

通过这些更新，SingleR继续为单细胞RNA测序分析领域提供高效、准确且用户友好的工具。

SingleR SingleR: Single-cell RNA-seq cell types Recognition (legacy version) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/si/SingleR