Hap.py 项目使用教程

Hap.py 项目使用教程

hap.py Haplotype VCF comparison tools 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ha/hap.py

1. 目录结构及介绍

Hap.py 是一个基于 Python 的用于比较 VCF 文件中变异调用与金标准数据集的开源项目。以下是项目的目录结构及各部分的简要介绍：

hap.py/
├── doc/               # 文档目录，包含项目文档和规范
├── example/           # 示例文件目录，包含示例 VCF 文件和配置文件
├── external/          # 外部依赖库目录
├── src/               # 源代码目录，包含项目的核心代码
├── .dockerignore      # Docker 镜像构建时需要忽略的文件列表
├── .gitattributes      # Git 属性配置文件
├── .gitignore         # Git 忽略文件列表
├── .pylintrc          # PyLint 配置文件
├── .ycm_extra_conf.py # YouCompleteMe 插件配置文件
├── CMakeLists.txt     # CMake 构建配置文件
├── Dockerfile         # Docker 镜像构建文件
├── Dockerfile.centos6 # 针对 CentOS 6 的 Docker 镜像构建文件
├── Dockerfile.ubuntu-with-tests # 针对带有测试的 Ubuntu 的 Docker 镜像构建文件
├── Jenkinsfile        # Jenkins 持续集成配置文件
├── LICENSE.txt        # 项目许可证文件
├── README.md          # 项目说明文件
├── RELEASES.md        # 项目发行说明文件
├── configure.sh       # 配置脚本
├── happy.requirements.txt # 项目依赖项文件
├── install.py         # 安装脚本
├── setup.cfg          # 设置配置文件

2. 项目的启动文件介绍

Hap.py 项目的启动主要通过命令行进行。主要的启动文件是 src/hap.py，它是项目的核心脚本。使用以下命令运行：

python src/hap.py truth.vcf query.vcf -f confident.bed -o output_prefix -r reference.fa

其中：

• truth.vcf 是金标准的 VCF 文件。
• query.vcf 是待比较的 VCF 文件。
• -f 指定置信区间文件。
• -o 指定输出文件前缀。
• -r 指定参考基因组文件。

3. 项目的配置文件介绍

Hap.py 使用配置文件来设置运行参数。配置文件通常是 INI 格式的文件，可以在运行脚本时通过 -c 参数指定。

一个基本的配置文件示例可能如下所示：

[hap.py]
reference = reference.fa
confident_region = confident.bed
output_prefix = output

在这个配置文件中：

• reference 设置参考基因组文件的路径。
• confident_region 设置置信区间的路径。
• output_prefix 设置输出文件的前缀。

通过修改配置文件，用户可以方便地调整 Hap.py 的运行参数以满足不同的需求。

hap.py Haplotype VCF comparison tools 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ha/hap.py