一个Ｒ程序，表达差异基因：探针分析

最新推荐文章于 2024-07-03 10:47:26 发布

morningCV

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分类专栏：生物 R语言

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本文通过使用R语言的RankProd库进行基因表达数据的差异分析，展示了如何读取特定格式的数据文件、执行秩乘法检验并输出结果。该过程包括数据预处理、参数设置及结果文件的生成。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

library(RankProd)#打开这个库
TanZhen <- read.table("f:/r/L2_9311_LYP9/L2_9311_LYP9_1.txt",header=FALSE)#读入数据，这个数据要处理以后的,用read.csv读入以后是错误的
#attach(TanZhen)#挂载数据
#detach(TanZhen)#不用了将其挂起。
#head(TanZhen)
#names(TanZhen)
#MT <- edit(TanZhen)#这条命令出现R编辑器
#mean(r9311_ye_2)#计算一列的平均数
#colnames(TanZhen)#代表的是行头
#dim(TanZhen)
cl <- rep(c(0,1),c(3,3))#这里可以用这种写法，要是不会，直接用c()来赋值也一样
origin <- rep(1,6)
TanZhen.sub <- TanZhen[,2:7]
RP.out <- RP(TanZhen.sub,cl,num.perm=100,logged=FALSE,na.rm=FALSE,plot=FALSE,rand=123)
#plotRP(RP.out,cutoff=0.05)
table1=topGene(RP.out,cutoff=0.05,method="pfp",logged=TRUE,logbase=2,gene.names=TanZhen[,1])
write.table(table1$Table1,"f:/r/L2_9311_LYP9/RanKProd_PFP_High.txt",sep="\t",quote=F)
write.table(table1$Table2,"f:/r/L2_9311_LYP9/RanKProd_PFP_Low.txt",sep="\t",quote=F)
q()