9、可变剪接相关基因组序列保守性及 MAASE 数据库系统解析

可变剪接相关基因组序列保守性及 MAASE 数据库系统解析

可变剪接事件及基因组序列保守性

可变剪接在基因表达调控和蛋白质组多样性中起着关键作用。在众多可变剪接事件中，大部分（45.4%）的可变剪接 3’ 位点之间仅由 3 个核苷酸分隔。这些小的可变剪接有多个转录本支持两种异构体，且不破坏编码框，表明它们是真实存在的，而非实验假象。不过，目前尚不清楚它们对生成的蛋白质是否有功能影响。

在分析外显子跳跃事件时，发现其上游和下游侧翼内含子区域相对于组成型表达外显子具有更高的保守性。通过全基因组比对计算，外显子跳跃事件的上游 50bp 和下游 50bp 侧翼内含子区域的平均百分比同一性分别为 80% 和 75%，而组成型外显子的相应值分别为 65% 和 61%。

可变 5’ 和 3’ 剪接事件在近端侧翼内含子序列中表现出更高的保守性，但在远端侧翼外显子中则不然。对于可变 5’ 剪接事件，下游 50bp 侧翼内含子（77%）的保守性高于上游 50bp 侧翼内含子（69%）。即使在组成型外显子中，多嘧啶 tract 也具有良好的保守性（65% vs 61%）。可变 3’ 剪接位点附近的近端内含子也有更好的保守性，上游内含子的最后 50bp（72%）大于下游内含子的前 50bp（62%）。

有趣的是，可变剪接的外显子区域也比组成型外显子具有更好的保守性。跳过的外显子的前 20bp 和后 20bp 的平均百分比同一性为 92%，而组成型外显子为 87%。可变 5’ 和 3’ 剪接事件切除区域的前 20bp 也有类似情况，分别为 96% 和 95%。这种高水平的保守性表明外显子内存在调控基序。

虽然保留的内含子比组成型表达外显子侧翼的内含子具有更多的保守性