Uni-Dock教程：上手体验「1600 ×」加速的分子对接计算

最新推荐文章于 2024-11-05 19:04:47 发布
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#transformer #人工智能 #深度学习 #python

分子对接与 Uni-Dock

分子对接（Docking）方法在药物早期设计阶段的虚拟筛选中具有重要应用，但是随着化学分子库的急速增长，传统的分子对接已经难以在合理成本下处理千万级、亿级数据库的虚拟筛选工作[1]。

2023年6月13日，Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening [2] 作为封面文章在 Journal of Chemical Theory and Computation 上发布。

Uni-Dock 通过充分利用 GPU 并行计算性能和显存空间，结合细致的流程设计调优，在保持计算精度的前提下，在NVIDIA V100 GPU上实现了对比 AutoDock Vina 单核计算超 1600 倍的加速比率，是其他 GPU 加速的分子对接引擎的 10 倍以上，以 0.1s/ligand 的分子对接效率，仅花费不到 12 小时就能完成超 3820 万分子数据库的虚拟筛选工作。更多研究细节，可查看

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uniapp - 报错Failed fetching remote preset dcloudio/uni-preset-vue | RequestError: connect ETIMEDOUT x
高级前端工程师
02-28 2169
uniapp，vue-cli，创建项目报错，uniapp微信小程序，uniapp网页开发，uniapp移动端h5平台，uniapp安卓苹果app，uniapp创建项目报错，uniapp命令行新建项目，dcloudio/uni-preset-vue，uniapp使用模板创建项目一直卡着报错，uniapp使用vue-cli方式创建项目报错，报错怎么办，如何解决报错，无法连接到模板，创建项目失败，vue-cli无法创建uniapp怎么做，uniapp 如何解决Failed fetching remote pres
Uni-MoE：通过混合专家扩展统一多模态LLM
yorkhunter的博客
06-04 2518
24年5月来自哈工大、香港科技大学和美团的论文“Uni-MoE: Scaling Unified Multimodal LLMs with Mixture of Experts”。
【亲测免费】 推荐文章：Uni-Dock - 高效GPU加速的分子对接解决方案
gitblog_00049的博客
06-05 660
推荐文章：Uni-Dock - 高效GPU加速的分子对接解决方案 在生物信息学和药物设计领域中，高效准确的分子对接工具是至关重要的。今天，我们有幸向您推荐一个全新的开源项目——Uni-Dock，这是一个由DP Technology开发的GPU加速分子对接程序，它将彻底改变虚拟筛选的工作流程。 1、项目介绍 Uni-Dock 是一款强大的分子对接软件，其核心在于利用GPU的并行计算能力，显著提升了...
JCTC封面文章 | 深势科技Uni-Dock：支持极大规模数据库虚拟筛选的高性能对接引擎...
Paper weekly
06-20 408
导语分子对接（Docking），通过计算模拟对候选分子与目标靶点的结合亲和力进行快速评估的一种方法，由于具有通量大、速度快、富集能力好的特点，被广泛应用于药物设计的早期阶段虚拟筛选中，用来在大规模分子库中寻找潜在的活性分子[1]。然而，随着化学分子库的急剧扩大，传统的分子对接已经难以在合理成本下处理千万级、亿级数据库的虚拟筛选工作[2]；同时，Covid-19新冠肺炎疫情、猴痘病毒感染等紧急公...
Uni-Dock进行批量分子对接
Drug discovery
08-05 1161
最后用于分子对接的受体的pdbqt文件是要去除小分子的，可以使用pymol去除小分子，从而得到没有小分子的配体文件。批量docking亲和力计算：（docking/docking_affinity_score.py）
学术速运|深势科技对接工具-Uni-dock:gpu加速对接可支持超高速虚拟筛选
weixin_45468600的博客
05-08 308
简介：分子对接是一种基于结构的虚拟筛选方法，是从分子数据库中丰富潜在生物活性分子的可靠工具。随着化合物文库规模的快速扩大，现有的分子对接程序的速度不足以满足筛选包含数千万或数十亿分子的超长文库的需求。在这里，作者提出了Uni-Dock，一个gpu加速的分子对接程序，支持各种评分功能，包括vina，vinardo，和ad4。与运行在单CPU核心的AutoDock Vina相比，Uni-Dock实现了超过1000倍的高精度加速，优于报告的GPU加速的包括UutoDockGPU和Vina-GPU的对接程序。
Uni-Dock：GPU 分子对接使用教程
Drug discovery
08-05 1371
这样就可以在任何文件夹内使用unidock命令了。
【实战教程】Uni-App开发：轻松集成高德地图，实现精准位置选点功能
luhanglh的博客
07-15 8754
【实战教程】Uni-App开发：轻松集成高德地图，实现精准位置选点功能。 uni-app实现高德地图选点功能
uni-app开发教程：构建主页与图表展示
uni-app的优势在于能够为不同平台提供一致的代码结构和开发体验，同时利用Vue生态体系中的大量插件和组件。 知识点2：页面布局 在uni-app中，页面布局是通过Vue的模板语法实现的。uni-app支持使用flex布局，这是一...
计算机辅助药物设计：分子对接
aa74159的博客
07-10 5366
分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的好坏，并找到两个分子之间最佳的结合模式。分子对接的最初思想起源于FisherE.的”钥匙和锁模型”，是模拟配体小分子与受体生物大分子相互作用的一种技术方法。 随着X-射线晶体学和高通量测序等技术的不断发展，越来越多的蛋白晶体结构得到确证，其相应的基因信息也随之公布。蛋白质等生物大分子结构和功能信息的“井喷”，产生了愈来愈多的药物靶标，加之计算科学的蓬勃发展亦极大地促进了分子对接和虚
NP.Avalonia.UniDock：一款强大的跨平台窗口停靠框架
gitblog_00156的博客
11-05 411
NP.Avalonia.UniDock：一款强大的跨平台窗口停靠框架 项目基础介绍 NP.Avalonia.UniDock 是一个基于 Avalonia UI 框架的开源项目，它专为构建具备灵活窗口管理能力的应用程序而设计。本项目以 C# 为主要编程语言，使得开发者能够轻松创建具有专业级界面布局和动态停靠功能的桌面应用。适合于那些需要高度自定义用户界面和交互体验的开发场景。 核心功能 多平台支持...
ICLR 2023 | 屠榜OGB-LSC！Uni-Mol超进化开拓材料设计新天地
Paper weekly
03-23 585
Uni-Mol是由深势科技于2022年5月发布的一款基于分子三维结构的通用分子表征学习框架，论文被机器学习顶会ICLR 2023接收。Uni-Mol性能优越、模型泛化能力强，在小分子性质预测、蛋白靶点预测和蛋白-配体复合物构象预测等任务上都超越之前方法。Uni-Mol被应用于深势科技的多个产品中，也获得了大量学界和业界研究人员的广泛关注。同时，我们成功把Uni-Mol应用在了例如材料设计等更多领域...
AutoDockVina安装 + 分子对接（docking）教程 + smiles2pdb2pdbqt
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分子对接软件简介-2023
MurphyStar的博客
09-18 8088
分子对接（Molecular Docking）是分子模拟的重要方法之一，其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。这项技术在药物研发、生物医学研究和药物设计中具有广泛的应用，可以帮助科学家理解分子如何相互作用，从而更好地设计和优化药物分子，以提高药物的疗效和选择性。
药物设计常用方法分子对接方法
rogerzhanglijie的专栏
10-30 8465
一：概述   分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程，在药物设计中有十分重要的意义。药物分子在产生药效的过程中，需要与靶酶相互结合，这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整，得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向，研究两个分子的构象特别是底物构象在形成复合物过程的变
uni-app项目保姆级教程—三端在线教育类App
m0_53156934的博客
12-09 484
globalStyle里主要是导航栏和状态栏的背景颜色/导航栏标题颜色及状态栏前景颜色/以及下拉显示出来的窗口的背景色三个属性,注意属性值加双引号。解压到本地，我们只需要css文件和ttf文件，复制到项目static/icon里面。将项目中pages.json文件里globalStyle的系统默认属性删除。运行到微信开发者工具查看效果，当前页面的图标为蓝色 其他页面为灰色。在index/index.vue导入banner组件并注册。在App.vue组件引入iconfont.css文件。
2024 - 更高效的分子对接-多线程或多进程 or AutoDock-GPU
itwangyang520的博客
10-20 805
模块允许我们同时运行多个进程，每个进程独立完成任务。这非常适用于分子对接，因为每个配体-蛋白质对接都是独立的计算任务。AutoDock-GPU 支持 CUDA 和 OpenCL，通过 GPU 加速对接速度。❤️ 链接在这里：https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU。或其他加速工具，可以更快地完成任务。下面是如何实现这两种方法的简要说明和代码示例。如果你的系统支持 GPU 加速，你可以使用。要实现并行化和更高效的分子对接，可以采用。
Gidon——基于Avalonia的MVVM插件IoC容器
寒冰屋的专栏
12-31 1925
本文介绍Gidon——为Avalonia创建的第一个IoC/MVVM框架。我解释并给出了最佳MVVM/IoC实践的示例，并展示了如何使用Gidon将应用程序创建为一组许多独立的插件。
分子对接技术
dengximo9047的博客
07-29 8024
转载于https://mp.weixin.qq.com/s/asAJDttAvsCLGd3PPU2agQ 分子对接(Molecular Docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能...
{ "name": "museum-guide", "version": "1.0.0", "description": "Museum guide application", "main": "main.js", "dependencies": { "@dcloudio/uni-app": "^3.0.0-4050720250324001", "@dcloudio/uni-h5": "^3.2.5", "@dcloudio/uni-helper-json": "^1.0.0", "@dcloudio/uni-i18n": "^3.2.5", "@dcloudio/uni-mp-weixin": "^3.2.5", "@dcloudio/uni-stat": "^3.2.5", "vue": "^3.5.13" }, "devDependencies": { "@dcloudio/types": "^3.0.4", "@dcloudio/uni-cli-shared": "^3.2.5", "@dcloudio/vue-cli-plugin-uni": "^3.2.5", "@vue/cli-plugin-babel": "^5.0.0", "@vue/cli-service": "^5.0.0", "sass": "^1.26.5", "sass-loader": "^13.0.0" } }配置 uni-app 项目以适配 Vue 3 版本，给我修改后的package.json文件
最新发布
04-18
### 修改 uni-app 项目以支持 Vue 3 的完整 `package.json` 示例 以下是经过调整的 `package.json` 文件，适用于将 uni-app 项目迁移到 Vue 3： ```json { "name": "museum-guide", "version": "1.0.0", "description": "Museum guide application with Vue 3 support", "main": "main.js", "dependencies": { "@dcloudio/uni-app-plus": "^3.6.0", "@dcloudio/uni-h5": "^3.6.0", "@dcloudio/uni-helper-json": "^1.0.0", "@dcloudio/uni-i18n": "^3.6.0", "@dcloudio/uni-mp-weixin": "^3.6.0", "@dcloudio/uni-stat": "^3.6.0", "vue": "^3.2.0" }, "devDependencies": { "@dcloudio/types": "^3.6.0", "@dcloudio/uni-cli-shared": "^3.6.0", "@dcloudio/vue-cli-plugin-uni": "^3.6.0", "@vue/cli-plugin-babel": "^5.0.0", "@vue/cli-service": "^5.0.0", "sass": "^1.58.0", "sass-loader": "^13.0.0" }, "scripts": { "serve": "vue-cli-service serve", "build:h5": "vue-cli-service build --mode production", "build:mp-weixin": "vue-cli-service build --mode mp-weixin", "build:app-plus": "vue-cli-service build --mode app-plus" }, "optionalDependencies": { "weex-transformer-vue": "*" }, "uni-app": { "scripts": { "mp-dingtalk": { "title": "钉钉小程序", "env": { "UNI_PLATFORM": "mp-dingtalk" }, "define": { "MP-DINGTALK": true } } } } } ``` --- #### 关键改动说明 1. **Vue 主体依赖** - 升级 `"vue"` 至 Vue 3 版本（如 `^3.2.0`）。这是迁移的核心步骤之一[^4]。 2. **Uni-app 核心依赖** - 所有的 `@dcloudio/*` 类型依赖均需升级至支持 Vue 3 的版本。推荐使用最新稳定版（如 `^3.6.0`）[^1]。 3. **开发工具链** - 确保 `@vue/cli-*` 工具链与 Vue 3 兼容。例如，`@vue/cli-service` 应至少为 `^5.0.0`[^2]。 4. **Optional Dependencies** - 添加了 `optionalDependencies` 字段，允许某些特定平台的功能可选加载。这有助于提升跨平台项目的灵活性[^3]。 5. **脚本命令优化** - 增加了针对不同目标平台的构建脚本（如 H5、微信小程序等），方便开发者一键完成多端部署。 --- ### 注意事项 - 确认所有插件和依赖均已更新至支持 Vue 3 的版本。如果某个插件尚未完全适配 Vue 3，则可能需要寻找替代方案或等待官方更新。 - 迁移完成后，建议测试各个平台下的运行情况，尤其是小程序环境，因为部分 API 可能存在细微差异。 ---
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