当我们说起神经网络的等变性,我们在谈论什么

本文介绍了在AIforScience技术中,神经网络如何应用于分子结构建模,特别是在满足物理对称性的等变性方面。Notebook提供了一个实践教程,涵盖等变性的概念、神经网络应用及其实现,以及优劣分析。

头图

在 AI for Science 技术已经颇为成熟的当下,神经网络被大量用于分子结构建模,成为了量子力学模拟、材料发现、药物设计、反应设计等等领域的一种新的范式。具体而言,这些神经网络往往以分子结构作为输入,预测分子势能、原子受力、分子毒性等等人们关心的性质。分子结构在本质上是三维欧氏空间的点云,这一输入有别于图像、文本,有着比较强的物理对称性约束。比如,当分子在真空中平移、旋转,分子的势能、受力也应该满足物理上的对称性。这对神经网络的架构设计提出了所谓等变性(equivariance)的新要求。


Notebook 上手实践

围绕“神经网络与等变性”这一主题,我们为你带来了本期 Notebook《当我们说起神经网络的等变性,我们在谈论什么》。在本期 Notebook 中,你可以了解到:

  1. 等变性的概念、分子体系中常见的等变性
  2. 神经网络与等变性的关系
  3. 等变性相关的基础数学概念
  4. 等变性在神经网络里的不同实现方式,以及它们的优劣

Notebook 链接:当我们说起神经网络的等变性,我们在谈论什么

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### 子等变性神经网络(SGNN)概述 子等变性神经网络(Subgraph Equivariant Graph Neural Network, SGNN)是一种针对图数据设计的新型图神经网络架构。其核心特点是能够捕捉子图级别的特征并保持对子图变换的等变性[^1]。这种特性使得SGNN在处理具有复杂拓扑结构的数据时表现出显著优势。 #### 基本原理 SGNN的设计理念在于利用子图的信息来增强节点表示的学习能力。具体而言,SGNN通过引入一种特殊的聚合机制,允许模型不仅关注局部邻域内的信息传递,还能捕获更大范围的子图模式。这种方法可以有效提升模型对于全局结构的理解能力[^2]。 此外,研究表明,SGNN可以通过替换基础模块进一步优化性能。例如,当采用更加复杂的可分离GNN模型(如S2GC)作为基本单元时,整体表现会有所改善。 #### 实现方法 以下是SGNN的一个简化实现框架: ```python import torch from torch_geometric.nn import MessagePassing from torch_geometric.utils import add_self_loops, degree class SubEquivariantLayer(MessagePassing): def __init__(self, in_channels, out_channels): super(SubEquivariantLayer, self).__init__(aggr='add') # "Add" aggregation. self.lin = torch.nn.Linear(in_channels, out_channels) def forward(self, x, edge_index): # Add self-loops to the adjacency matrix. edge_index, _ = add_self_loops(edge_index, num_nodes=x.size(0)) # Start propagating messages. return self.propagate(edge_index, x=self.lin(x)) def message(self, x_j): # Normalize node features by their degrees (optional). return x_j # Example usage of SGNN layer def create_sgnn_model(input_dim, hidden_dim, output_dim): model = torch.nn.Sequential( SubEquivariantLayer(input_dim, hidden_dim), torch.nn.ReLU(), SubEquivariantLayer(hidden_dim, output_dim) ) return model ``` 上述代码定义了一个简单的消息传播层`SubEquivariantLayer`,该层继承自PyTorch Geometric库中的`MessagePassing`类,并实现了特定的消息传递逻辑。此代码仅为演示目的,实际部署可能需要更多调整以适应具体的任务需求。 #### 应用领域 由于SGNN具备强大的表达能力和灵活性,因此适用于多种场景,包括但不限于以下方面: - **节点分类**:通过对节点及其周围环境建模,预测未知标签。 - **链接预测**:评估两个未连接实体之间是否存在潜在关系的可能性。 - **动态图分析**:监控随时间变化的交互过程,揭示隐藏规律。 值得注意的是,在某些情况下,尽管其他算法也能取得不错的效果,但由于计算资源限制或者扩展性不足等问题,难以应用于超大规模数据集上;而SGNN则凭借高效的设计克服了这些障碍。 --- ### 效率对比 实验结果显示,相比于传统方法,SGNN能够在不牺牲精度的前提下大幅降低运算成本。特别是在面对稀疏且高度异质化的输入样本时,这一特点尤为突出。 ---
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