DMFF:分子力场开发新利器

分子体系模拟与分子力场

分子体系模拟在生物大分子结构预测、药物筛选、有机材料筛选等领域具有重要应用价值。

分子体系的模拟中最重要的就是刻画体系势能函数、描述相互作用。在经典分子动力学模拟(CMD)中,势能函数遵循固定的数学形式,而分子力场即以数学函数的形式给出了分子间与分子内相互作用势。

                                传统力场的数学形式

然而,目前投入工业化应用的分子力场普遍面临着这样几个问题:

  • 缺乏可移植性和预测能力:研究新体系时,在真正跑出结果之前,恐怕谁都不确定哪个力场结果更好。除了靠“经验”,谁也说不清楚力场应该怎么选。
  • 参数缺少唯一性和一致性:经常出现多套完全不同的参数能给出相似的宏观预测,因此不能仅通过宏观数据确定微观上哪套参数更为合理。同时,我们也常常能看到非常相似的体系,力场参数却完全不同,因此不同课题组发展的力场往往不能组合使用。

机器学习与自动微分技术

在分子力场拟合领域,提起机器学习,绝大多数同学可能想到的是人工神经网络架构:

融合多个模型并创建一个自定义的Python脚本通常涉及以下几个步骤: 1. **导入必要的库**: 使用`import`语句导入所需的库,如`yolov11`, `dmffnet`, 和 `densenet`(假设它们已经被适当地封装为Python模块)。 ```python import yolov11 from dmffnet import DMFFNet from densenet import DenseNet ``` 2. **加载预训练模型**: 如果这些模型已经在内存中或硬盘上保存了,就分别加载它们: ```python yolo = yolov11.YOLOv11() dmff = DMFFNet() densenet = DenseNet() ``` 3. **处理输入图像**: 创建一个函数来获取图像、执行检测、裁剪和分类: ```python def process_image(img_path): # 使用YOLOv11进行目标检测和裁剪 cropped_img, bbox = yolo.detect_and_crop(img_path) # 检查是否需要DMFFNet处理 if bbox is not None: is_target = dmff.predict(cropped_img) # 若是目标,使用DenseNet进行分类 if is_target: class_pred = densenet.classify(cropped_img) return cropped_img, bbox, class_pred else: return None, None, None # 返回空,因为不是目标 else: return None, None, None # 未检测到目标 # 调用这个函数 output = process_image('your_input_image.jpg') ``` 4. **封装为可调用函数或类**: 如果你希望将此功能封装在一个类中以便于外部调用,你可以这样做: ```python class ModelFusion: def __init__(self): self.yolo = yolov11.YOLOv11() self.dmff = DMFFNet() self.densenet = DenseNet() def fuse_models(self, img_path): # 上述process_image函数的逻辑,返回结果 pass # 实现具体的返回逻辑 fusion = ModelFusion() result = fusion.fuse_models('your_input_image.jpg') ``` 现在你有了一个名为`fuse_models`的函数或类,可以直接调用它来融合这些模型。注意实际代码可能需要根据所使用的库和API调整细节。
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