Orange3实战教程：生物信息---火山图

火山图

用于可视化基因表达率的显著性与倍数变化之间的关系。

---

输入

• 数据：输入数据集。

输出

• 选中的数据：数据子集。

---

火山图简介

火山图 是一种可视化重复数据变化的图形方法。该小部件在 x轴 上绘制倍数变化的对数（以2为底），在 y轴 上绘制 统计显著性（p值的负对数，以10为底）。

火山图可用于快速识别具有统计显著性的数据（基因）：

• 高度失调的基因 位于图的左右两侧。
• 高度显著的倍数变化 位于图的上方。
• 兼具两者 的基因具有统计显著性。

---

操作步骤

1. 选择目标标签：

• 在 目标标签 中选择标签（标签取决于输入属性）。
• 在 值 中更改样本目标（默认值为列表中的第一个值，按字母或数字顺序）。

2. 设置属性：

• 在 属性 中设置点的颜色、形状、大小和标签以区分数据点。
• 勾选 仅标记选中和子集 时，仅标记选中或高亮的数据点。

3. 全局设置：

• 设置所有数据点的符号大小和不透明度。
• 启用 抖动 可随机分散数据点。

4. 图形探索工具：

• 提供 选择、缩放、平移 和 适应视图 功能。
• 手动选择数据时使用角度/方形工具，滚动缩放视图。

5. 提交更改：

• 勾选 自动发送 时，更改自动生效。
• 或手动点击 发送选择。

---

示例

1. 从 GEO数据集 小部件中选择 乳腺癌与多西他赛治疗（GDS360），包含14个耐药和10个敏感肿瘤样本。
2. 输出设置为 基因在行中。
3. 使用 火山图 筛选关键基因。
4. 在 数据表 中查看选中的基因子集（新增 log2(比值) 和 -log10(P值) 列）。
5. 为可视化基因表达差异：

• 先用 转置 小部件转置数据。
• 再用 箱线图 小部件绘制差异。

完整工作流程：点击此处访问