linux r如何运行软件,linux下运行R

20070713 19:40

R脚本对内存要求太高，只得用了台8G的linuxOS的机子才勉强能运行。

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实践

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远程linux:(终端用SecureCRT，传送文件用SSH Secure File Transfer Client

用ssh软件登陆 IP/用户名/密码

使用SSH Secure File Transfer Client 进行传输文件，很简单

使用SSH Secure Shell Client 远程登录 ＝＝这个会出现中文乱码。改用putty 设置字符集为

UTF-8即可

putty复制粘贴麻烦，改用SecureCRT 5.1 (在会话选项-外观-编码＝UTF-8)

安装R软件

cd /home/wxh

tar zxvf R-2.5.1.tar.gz

cd R-2.5.1

./configure

make

make check

运行R:

cd bin 当前bin目录下执行

./R 注意是大写的

安装包：

(要先将bin目录添加到环境变量中)

1、R CMD INSTALL package_name.tgz

将tar.gz包全放到一个目录下。

运行这个命令安装全部包:

R CMD INSTALL Biobase_1.14.1.tar.gz affyio_1.4.1.tar.gz

affy_1.14.2.tar.gz annotate_1.14.1.tar.gz

genefilter_1.14.1.tar.gz

RColorBrewer_0.2-3.tar.gz geneplotter_1.14.0.tar.gz

limma_2.10.5.tar.gz pixmap_0.4-7.tar.gz

zoo_1.3-2.tar.gz

sandwich_2.0-2.tar.gz strucchange_1.3-2.tar.gz vsn_2.2.0.tar.gz

tilingArray_1.14.0.tar.gz

GO_1.16.0.tar.gz

davidTiling_1.2.4.tar.gz

2、在R中直接用install.packages()安装

跟perl、python一样，在开始的第一行加上：

#!/usr/bin/env Rscript

另外，在交互式命令下，运行命令：>Rscript xxx.R，也可运行R脚本。xxx.R为R脚本