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转载 ggplot绘图之基本语法

ggplot绘图之基本语法2018年09月03日 22:29:56一个人旅行*-*阅读数 4332更多分类专栏：R语言1.ggplot2图形之基本语法：ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离。按图层作图，保有命令式作图的调整函数，使其更具灵活性，并将常见的统计变换融入到了绘图中...

2019-09-06 23:14:00 1429

转载 R Multiple Plots

R Multiple PlotsIn this article, you will learn to use par() function to put multiple graphs in a single plot by passing graphical parameters mfrow and mfcol.Sometimes we ...

2019-07-18 13:39:00 448

转载 javascript slice array to num subarray

var data = ['法国','澳大利亚','智利','新西兰','西班牙','加拿大','阿根廷','美国','0','国产','波多黎各','英国','比利时','德国','意大利','意大利',];var result = [];for(var i=0,len=data.length;i<len;i+=3){ result.push(data.sli...

2019-04-30 14:28:00 323

转载如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

庐州月光如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候，大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取，所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可；那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢？在UCSC数据库中，提供了3'UTR区序列的下载，以人类h...

2019-04-25 14:09:00 3258

转载 Ubuntu 系统盘制作

https://rufus.ie/转载于:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/10691638.html

2019-04-11 18:52:00 164

转载 remove ubuntu lvm

sudo vgdisplaysudo vgremove groupname转载于:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/10691642.html

2019-04-11 18:52:00 174

转载生存分析与R

2019-04-03 14:26:00 457

转载 Survival Coxph log-rank

Difference between survdiff log-rank and coxph log-rankAsk Question61I'm using the survival package in R to analyze clinical data. I am analyzing two different ...

2019-04-03 10:29:00 488

转载 OMIM 表型和基因如何关联

OMIM数据库：大神私藏的数据库，99.9%的人都不知道！2019-03-04 11:00乳腺癌/医生/肺癌“GEO、NCDB、TCGA、SEER数据库这些我都知道，但OMIM是什么鬼？OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）数据库，中文称在线人类孟德尔遗传数据库。OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过15000个...

2019-03-24 11:32:00 2520

转载 Coxph model Pvalue Select2

41) Putsummary(coxphobject)into a variablesummcph <- summary(coxphobject)2) examine it withstr()str(summcph)Values! Values everywhere!so we find, (procee...

2019-03-20 11:16:00 146

转载 Coxph model Pvalue Select

I am calculating cox propotional hazards models with the coxphfunction from the survival package. My data relates to failure ofvarious types of endovascular interventions. I can successful...

2019-03-20 11:13:00 366

转载 WGCNA 分析

https://www.jianshu.com/p/f80de3468c04https://mp.weixin.qq.com/s/-DthUKY2RTY6vxtxapzLkwhttps://www.jianshu.com/p/25905a905086https://figshare.com/articles/WGCNA_script/4155192转载于...

2018-12-11 13:22:00 556

转载 Python 识别验证码

https://www.jianshu.com/p/bc6774723003https://www.jianshu.com/p/9e97c9b7dab6转载于:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/10100873.html

2018-12-11 10:42:00 106

转载 Python2.X如何将Unicode中文字符串转换成 string字符串

Python2.X如何将Unicode中文字符串转换成 string字符串普通字符串可以用多种方式编码成Unicode字符串，具体要看你究竟选择了哪种编码：unicodestring = u"Hello world"# 将Unicode转化为普通Python字符串："encode"utf8string = unicodestring.encode("utf-8")...

2018-09-04 14:52:00 374

转载客户端putty xshell连接linux中vim不能正常使用小键盘的问题

客户端putty xshell连接linux中vim不能正常使用小键盘的问题2016年04月20日 15:01:19阅读数：2934在putty或xshell上用vi/vim的时候，开NumLock时按小键盘上的数字键并不能输入数字，而是出现一个字母然后换行(实际上是命令模式上对应上下左右的键)。　　解决方法：putty：...

2018-09-04 13:47:00 141

转载 predict.glm -> which class does it predict?

Jul 10, 2009; 10:46pmpredict.glm -> which class does it predict?2 postsHi,I have a question about logistic regression in R.Suppose I have a small l...

2018-08-30 18:24:00 661

转载 ggplot2 texts : Add text annotations to a graph in R software

http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-texts-add-text-annotations-to-a-graph-in-r-softwareInstall required packagesCreate some dataText annotations using geom_text and geom_la...

2018-08-30 18:09:00 486

转载 ggplot map

ggplot {ggplot2}R DocumentationCreate a new ggplotDescriptionggplot()initializes a ggplot object. It can be used to declare the input data frame for a graphic and to speci...

2018-08-04 16:25:00 202

转载 django

解决python - AttributeError: 'RegexURLPattern' object has no attribute '_callback'分享于推荐：AttributeError: 'NoneType' object has no attributepython 读取excel文件报错： basetable = data.sheet_by_in...

2018-04-03 00:04:00 169

转载 Curl Methods

curl -H "Content-Type:application/json" -H "Authorization token:d0a92f4c29b448c010b59de4cef24a5e246c49e8" -X POST --data '{"genename":"pg4"}' http://47.96.184.203/api/ncbigene/genematched/...

2018-04-02 22:52:00 146

转载 ggplot2 geom相关设置——添加线条

ggplot2 geom相关设置——添加线条在作图过程中，有时我们可能需要通过添加一些线条，使得图形的可视化变得更好，比如一些趋势线等等。下面我们来看下，一些线条的添加方式。geom_abline(mapping=NULL, data=NULL, ..., slope, intercept, na.rm=FALSE, show.le...

2018-03-10 16:18:00 1697

转载实现一个最简单的plot函数调用：

实现一个最简单的plot函数调用：1 import matplotlib.pyplot as plt2 3 y=pp.DS.Transac_open # 设置y轴数据，以数组形式提供4 5 x=len(y) # 设置x轴，以y轴数组长度为宽度6 x=range(x) # 以0开始的递增序列作为x轴数据7 8 plt....

2018-02-25 11:50:00 262

转载给深度学习入门者的Python快速教程

给深度学习入门者的Python快速教程基础篇numpy和Matplotlib篇本篇部分代码的下载地址：https://github.com/frombeijingwithlove/dlcv_for_beginners/tree/master/chap55.3 Python的科学计算包 – Numpynumpy(NumericalPython extens...

2018-02-25 10:29:00 160

转载 matplotlib中文乱码

彻底解决matplotlib中文乱码问题2015年12月27日 22:56:06标签：CentOS 7.2/Matplotlib/乱码265751.环境查看a.系统版本查看[hadoop@p168 ~]$ cat /etc/redhat-releaseCentOS Linux release 7.2.1511 (Core)...

2018-02-24 14:59:00 130

转载 django数据库操作-增删改查-多对多关系以及一对多(外键)关系

django数据库操作-增删改查-多对多关系以及一对多(外键)关系原创2012年08月29日 14:56:33标签：django/数据库/class/email/出版28343一、一对多（外键）例子：一个作者对应多本书，一本书只有一个作者model代码：[python]vi...

2018-02-23 19:06:00 156

转载 Change R source code

If you'd like to simply test out the effect of that change in an interactive R session, you can do so usingtrace(). Here's how:Typetrace("semiMarkov", edit=TRUE)In the text editor that th...

2018-01-26 11:42:00 111

转载 pvalue for go kegg enrichment

Simple, fast implementation ofFisher’s exact test. . For example, for the following table:oHaving the propertyNot having the propertySelected125Not selected292...

2017-11-29 21:21:00 702

转载 Install MongoDB Community Edition on Ubuntu

Install MongoDB>Install MongoDB Community Edition>Install MongoDB Community Edition on Linux>Install MongoDB Community Edition on UbuntuInstall MongoDB Community ...

2017-11-24 13:38:00 173

转载 Rplot

#!/usr/bin/Rscriptlibrary(ggplot2)cf = read.table(file = 'result_sort.txt', header = TRUE, sep='\t')cf$col = factor(cf$col, levels = c( "siginificant detected Proteins according to filter c...

2017-11-23 16:21:00 140

转载如何利用R包qqman画曼哈顿图？

如何利用R包qqman画曼哈顿图？2017-07-10lili生信人众多周知，R语言提供了各种各样的包，方便实现我们的目的，下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包：qqmaninstall.packages(“qqman”) #安装包library(“qqman”) #加载包data(package=“qqman”) #　查看qqman包...

2017-11-23 13:14:00 2386

转载 Nginx not running with no error message

Nginx not running with no error message#!/bin/shecho "start"rm /etc/nginx/sites-enabled/defaultln -s /primerbean/nginx_conf/healthbean_nginx.conf /etc/nginx/sites-enabled//etc/init.d/n...

2017-11-21 21:36:00 338

转载 R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记

R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记http://www.jianshu.com/p/b7274afff14f?from=timeline上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示#先加载包library(ggpubr)#加载数据集Toot...

2017-11-19 23:36:00 1255

转载 Pymol

如何用Pymol做出那些美呆的结构图（基础篇）2016-10-31翾园摘自BioEngX生化...阅1079转6转藏到我的图书馆微信分享：摘自微信公众号：BioEngX生化工程实验室小伙伴们在阅读文献的时候是不是经常会看到那种美呆了的蛋白质结构图，比如这样的、这样的、还有这样的.........

2017-11-07 14:01:00 1170

转载 Contra-cnv

http://contra-cnv.sourceforge.net/转载于:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/7767245.html

2017-11-01 16:46:00 411

转载弗雷塞斯从生物学到生物信息学到机器学习转录组入门(3)：了解fastq测序数据...

sra文件转换为fastq格式1fastq-dump -h--split-3也就是说如果SRA文件中只有一个文件，那么这个参数就会被忽略。如果原文件中有两个文件，那么它就会把成对的文件按*_1.fastq，*_2.fastq这样分开。如果还出现了第三个文件，就意味着这个文件本身是未成配对...

2017-10-30 09:17:00 408

转载 MetaboAnalysis KEGG match methods

1.KEGG regexdb.idmap.find({"name":{"$regex":"Prolyl-hydroxyproline","$options":"si"}})2.Pubchem find HMDB ID ----> HMDB ----> keggid3.baidu.com转载于:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/...

2017-10-22 22:05:00 353

转载 martin/docker-cleanup-volumes

https://hub.docker.com/r/martin/docker-cleanup-volumes/转载于:https://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/7686753.html

2017-10-18 15:06:00 147

转载 Docker垃圾回收机制

由Docker垃圾回收机制引发的一场血案AlstonWilliams关注2017.04.01 19:00*字数 1398阅读 253评论 0喜欢 0今天早晨，在我还没睡醒的时候，我们团队中的一名成员就告诉我，我写的微服务中，上传头像的那个没法用．而我在发布之前，已经测试过可以使用了．那这到底是怎么回事呢?首先，我重新执行了一遍测试过程，发现生产服务...

2017-10-18 15:00:00 480

转载 Vcf文件格式

Vcf文件格式是GATK钟爱的表示遗传变异的一种文件格式。就拿GATK给出的vcf例子说明吧，下面这个文件只表示了一个完整vcf文件的前几个SNP。看上去确实有点复杂，那就把它分为两部分看吧，第一部分把他归为说明文件，就是每一列最前面有2个#符号的那些列所提到的就是为了解释下面“正文”INFO列中可能要出现的一些tags和和FORMAT列中对基因型的表示。第...

2017-10-12 11:21:00 245

转载 Heatmap

我们在分析了差异表达数据之后，经常要生成一种直观图－－热图(heatmap)。这一节就以基因芯片数据为例，示例生成高品质的热图。比如钢蓝渐白配色的热图首先还是从最简单的heatmap开始。> library(ggplot2)> library(ALL) #可以使用biocLite("ALL")安装该数据包> da...

2017-10-05 09:52:00 709

空空如也

空空如也