染色体的基因顺序遗传图谱

最新推荐文章于 2022-06-29 10:57:01 发布
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通过对果蝇的研究，科学家发现了决定眼睛、腹部颜色及翅膀大小的基因，并通过双突变体与正常果蝇的杂交实验，揭示了这些基因在染色体上的相对位置。UG基因与CN基因最为接近，其次是B基因与CN基因，最远的是B基因与UG基因。

1、对果蝇的研究发现，决定眼睛的基因CN、决定腹部色的基因B以及决定翅膀大小的基因UG。

2、有些连锁基因定位在同一染色体的相近部位，越近，两个基因的关联程度越高，在染色体上的距离截止近。

3、将B和UG双突变体果蝇与正常果蝇进行杂交，发现大约有17%的后代是单突变体。将B和CN双突变体果蝇与正常果蝇进行杂交，发现大约有9%的后代是单突变体。将UG和CN双突变体果蝇与正常果蝇进行杂交，发现大约有8%的后代是单突变体。据此可得出染色体的基因顺序，B在CN的一边，而UG在CN的另一边。因为UG和CN是最近的，其次B和CN，最后B和UG

50、高效准确地从嘈杂和缺失的基因分型数据构建遗传连锁图谱
moon9的博客
08-18 69
本文介绍了一种高效准确地从嘈杂和缺失的基因分型数据中构建遗传连锁图谱的新算法。通过理论分析和实验验证，该算法在数据质量高时能够利用最小生成树方法确定标记的真实顺序，并在处理噪声或缺失数据时表现出优于现有工具的准确性。算法结合了理论洞察和实用优化策略，为生物学研究提供可靠支持。
染色体坐标排序的两个方法
Mrrunsen的博客
02-12 869
绘图的时候经常会遇到这个问题，有些NGS软件也会遇到。使用下面的代码模拟数据 pos_df=do.call(rbind,lapply(1:10,function(i){ data.frame(gene=paste0('gene',i,LETTERS), chr=sample(paste0('chr',1:22),26,replace=T), start=sample(1:1000,26)) })) pos_df=pos_df[with(...
基因在染色体上位置的表示
格物穷理
11-29 1万+
先指定该基因在哪条染色体上（1-22，X，Y），二十三条染色体形态找到图如下： 然后指定在哪条臂上（每条染色体根据着丝点被分成长臂(q)和短臂（P）） 如上图，每条染色体都有长臂和短臂（尽管有些看起来长的和短的眼看上去很接近），我们就拿1号染色体来具体看下吧。 基因在长臂或短臂上的位置。 用各种染色体显带技术，使染色体沿其长轴显示出明暗或深浅相间的带纹，而每一号染色体都有其独特的带纹，这就构成了每条染色体的带型（band）。 每条显带染色体根据ISCN规定的界标（landma..
遗传图谱比较
xxxxx
01-13 4559
​​​### 遗传图谱比较或者遗传图和物理图谱比较今天在Bioinformatics杂志上看到一篇关于遗传图谱之间比较的文章，感觉不错，特介绍如下。题目是：The Genetic Map Comparator: a user-friendly application to display and compare genetic mapsPMID: 28073759 DOI: 10.10
基因家族特征分析 - 染色体定位分析
qq_50637636的博客
06-29 1万+
  染色体定位分析是将基因家族成员在染色体上的位置标注出来，观察基因家族成员在染色体上是否成簇分布。
2020.9.2丨遗传图谱基础介绍
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09-02 2万+
遗传图谱简介 遗传学三大定律 1、分离定律（1对染色体上1对基因或者标记） 控制同一性状的遗传因子成对存在，不相融合；在减数分裂形成配子时，成对的遗传因子发生分离， 分离后的遗传因子分别进入不同的配子中，随配子遗传给后代的现象。 2、自由组合定律（2对染色体上2对基因） 子一代产生配子时，在等位基因分离的同时，非同源染 色体上的2个或者多个基因表现为自由组合。 其实质是针对2对染色体上基因，一对染色体上的等位基 因与另一对染色体上的等位基因的分离或组合是彼此间 互不干扰的，各自独立
遗传图谱构建及QTL定位的基础知识详解
qq_36608036的博客
09-19 1万+
遗传图谱构建及QTL定位的基础知识点 基因定位最有效且最常用的方法就是构建遗传连锁图谱进行基因定位，该方法对于数量性状和质量性状的基因定位都适用。 今天，小编简单讲解一下遗传图谱构建及QTL定位的一些基本知识点。 质量性状： 指能观察但不能测量的性状，同一种性状的不同表现型之间不存在连续性的数量变化，而呈现质的中断性变化。多由一对或少数几对基因控制。比如，花药的有无、芒的有无、血型、子粒的颜色等。其杂交后代的个体可根据性状明确分组，遗传关系简单，一般服从三大遗传定律。 数量性状： 指个体间表现的差异只能用数
遗传图谱构建与QTL定位利器：MapMarker应用指南
遗传图谱是一种用于表示遗传标记（比如基因、等位基因、QTL等）在染色体上相对位置的图表。它对于理解基因的物理位置和遗传重组频率至关重要，也为遗传研究提供了基础。构建遗传图谱的基本步骤包括： - 数据收集：...
MapMaker 3.0：构建遗传连锁图谱的软件
“遗传连锁图谱”是一个基本的遗传学概念，它是通过遗传标记（如微卫星、SNPs等）来分析不同个体之间基因的连锁程度，从而绘制出基因在染色体上的排列顺序图。这种图谱对于理解基因的功能、探索疾病遗传机理、遗传...
Mapchart 绘制基因在染色体上的分布图
biolxy的博客
07-12 1万+
编辑一个txt文本文件，如实如下 group Chr01 start 0 Glyma.01G014700 1.427800 c 47.200000 Glyma.01G219800 54.913356 end 56.831624 group Chr02 start 0 Glyma.02G144300 14.884017 c 38.100000 end 48.577505 保存为.txt文件，然
python 多行排序，根据染色体号，位置信息排序，升序降序排序
qq_35696312的博客
11-13 2042
遇到一个问题是需要将文件按照染色体编号和位置编号进行排序，在shell中我们可以使用sort -V -k2,3 annovar.xls这种方式来进行排序，而在python中如果想要进行多行排序，就需要sort的key参数指定的函数返回一个元组或者列表来进行排序。 现在我们有一个染色体位置文件如下： 如果想要对上述的文件进行排序，那么key函数就可以像下面这样写： def chrome_...
Python pandas 染色体 SNP 位点提取 并排序
qq_40256654的博客
11-29 1948
import pandas as pd from pandas import DataFrame as df f = open('C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\1177genetype_hapmapcp1_18_01.txt') d0 = pd.read_table(f, sep = "\t") #header 默认为第一行 d0.s...
bed和gff文件按染色体号排序
little^raccoon
11-12 2054
注释文件通常按照染色体序号升序排列，而有时需要我们对获取的注释文件进行排序。对于chr01这种直接sort就可以，但是对于chr1, chr2… chr11这种，直接sort的结果是chr11排在chr2前面。解决这种情况的方法很简单，提取染色体中的数字，然后使用sort的-n参数就可以。而写成脚本复用起来也比较方便。 有些物种染色体命名可能特殊，所以line 24的正则匹配要针对不同情况修改。现在的脚本匹配染色体命名为Chr chr CHR。 #!/usr/bin/perl # 2020-11-12 .
一张图解释什么是遗传算法_遗传算法解释及代码(一看就懂)
weixin_31934101的博客
01-14 1571
遗传算法(GA,GeneticAlgorithm)，也称进化算法。遗传算法是受达尔文的进化论的启发，借鉴生物进化过程而提出的一种启发式搜索算法。因此在介绍遗传算法前有必要简单的介绍生物进化知识。一.进化论知识作为遗传算法生物背景的介绍，下面内容了解即可：种群(Population)：生物的进化以群体的形式进行，这样的一个群体称为种群。个体：组成种群的单个生物。基因(Gene)：一个遗...
DNA排序算法--图文
tianyi_chen的博客
08-09 4575
DNA排序算法，简单来说就是通过DNA工作原理实现排序功能的算法。本篇文章从整合排序算法的角度切入这个算法。 首先，收集现有的经典排序算法，它们分别有：冒泡排序、选择排序、插入排序、希尔排序、归并排序、快速排序、堆排序、计数排序、桶排序、基数排序等。 然后，通过某种方式对它们进行归类，从搜索的结果来看，可将它们分成基于比较的排序算法和基于分配的排序算法两大类，分类如下： 再就是找到一个视角，描绘这些算法的共同之处，为下一步的整合铺路。这个视角如同动画的关键帧，起到以点带面的作用。在这里，它就是反映算法分类
在线使用Python通过染色体id+位置查询基因名列表
Javis486的专栏
12-09 6026
前话：使用pyensembl可对hg38进行本地查询，但发现若查询其他的数据库比如hg19,得重新下载对应的数据文件。 查看文献发现，UCSC提供了一个丰富的mysql数据库供我们在线查询各种生物的信息(其中就包括hg19和hg38). UCSC提供的mysql连接字符串(需安装mysql客服端,其中-A=不预加载数据库) mysql --user=genome --host=genome-mys...
10X Genomics vs. PacBio
weixin_34186950的博客
05-26 788
10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序、组装领域，现在也是火的不行。 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段（10-100kb）的reads加上相同的barcode，然后在illumina平台上进行测序，从而实现长片段的测序。其基本原理是同一长片段的reads会具有同样的标签，称为linked-reads，利用这些barcode的信息，可将短reads拼接为长read...
一张图解释什么是遗传算法_(完整版)遗传算法简介及代码详解
weixin_32672201的博客
12-24 1035
等位基因(allele)数据值，属性，值基因座(locus)位置，iterator位置表现型(phenotype)参数集，解码结构，候选解染色体：又可以叫做基因型个体(individuals)群体/种群(population)：一定数量的个体组成，及一定数量的染色体组成，群体中个体的数量叫做群体大小。初始群体：若干染色体的集合，即解的规模，如30，50等，认为是随机选取的数据集合。适应度(fitn...
GFF3文件按照染色体位置排序
xxxxx
08-28 3653
欢迎使用Markdown编辑器写博客本Markdown编辑器使用StackEdit修改而来，用它写博客，将会带来全新的体验哦： Markdown和扩展Markdown简洁的语法 代码块高亮 图片链接和图片上传 LaTex数学公式 UML序列图和流程图 离线写博客 导入导出Markdown文件 丰富的快捷键 快捷键 加粗 Ctrl + B 斜体 Ctrl + I 引用 Ctrl
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