【Python影像组学】医疗图像格式转换—nrrd格式转为png格式

最新推荐文章于 2024-11-05 18:24:03 发布

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分类专栏：医学图像文章标签： python opencv 计算机视觉 numpy pip

原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/lwf1881/article/details/122552076

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该博客介绍了一个Python脚本，用于将.nrrd格式的图像数据转换为.png格式，并进行旋转操作。脚本涉及nrrd、numpy、opencv等库，适用于医学图像处理，特别是对于需要预处理的mask图像，转换后与3Dslicer显示一致。

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首先需要导入必要的库，如果没有需要安装一下

安装方法：(可以直接在控制台输入以下命令进行安装)
pip install numpy
pip install pynrrd
pip install opencv-python
pip install opencv-contrib-python

import numpy as np
import nrrd
import os
import cv2

# nrrd_filename:读入的nrrd文件路径
# save_path:转换后的png保存路径
# patient_id:病人编号，如果没有将这个参数删去
# 如果删去patient_id参数，则函数中也要删掉这个参数
def nrrd_to_png(nrrd_filename, save_path, patient_id):
    nrrd_filename = nrrd_filename
    nrrd_data, nrrd_options = nrrd.read(nrrd_filename)
    h, w, slides_num = nrrd_data.shape
    for i in range(slides_num):
        img = nrrd_data[:, :, slides_num - i - 1] * 255
        # img = cv2.cvtColor(img,cv2.COLOR_BGR2GRAY)
        cv2.imwrite(save_path + '/' + patient_id + '_' + str(i + 1) + '.png', img)

通过nrrd.read操作读取图像,返回值中的nrrd_data是一个numpy数组,形状是[h,w,slide_num],然后使用opencv保存一下就行了。保存以后mask出现了形状和3dslicer显示不一样,所以对数组做一下转置,就可以得到正确的图像了。

# path:上边图像的保存路径
def rotation(path):
    image = cv2.imread(path)
    image = cv2.transpose(image)
    # image = cv2.flip(image,1)
    cv2.imwrite(path, image)

具体调用过程如下：

nrrd_filename = "1_label.nrrd"  # nrrd 文件的保存路径
save_path = "D:/"  # 图片数据的保存文件夹
nrrd_to_png(nrrd_filename, save_path, "1")
rotation(save_path + "/1.png")  # 这个是最终保存的图像