task4a_TCGA_Pan_Cancer

最新推荐文章于 2025-11-24 22:08:52 发布
原创 最新推荐文章于 2025-11-24 22:08:52 发布 · 316 阅读 · 1 ·
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#r语言

本文介绍两种从TCGA大计划中获取CNS级别文章标题的方法，并利用这些标题绘制词云图。方式一通过浏览器扩展XPATH工具抓取标题；方式二则保存网页并使用R语言解析。最后通过词频统计生成词云。

把tcga大计划的CNS级别文章标题画一个词云

方式1

给自己的浏览器装个XPATH
点击XPATH
XPATH
然后写入：//*/div[1]/div/div/div/div/ul/li[2]/a
TCGA_xpath
直接复制右边的33篇文章标题，存为TCGA_33_title.txt即可

方式2

打开网页:https://www.cell.com/pb-assets/consortium/pancanceratlas/pancani3/index.html
右键点击网页另存
然后用task4b_Nature_PAN_Cancer_词云
里面同样的方法解析网页即可

urlpage <- XML::htmlParse('Welcome to the Pan-Cancer Atlas.html') #解析xml
title = XML::xpathSApply(urlpage, '//*/div[1]/div/div/div/div/ul/li[2]/a') 
title
最低0.47元/天 解锁文章
pancanatlas_code_public:包含TCGA PanCanAtlas拼接项目研究代码的公共资源库
05-27
对8,705位患者的跨肿瘤选择性剪接的综合分析法典 包含TCGA PanCanAtlas拼接项目研究代码的公共存储库，并随附来自8705名患者的跨肿瘤替代拼接的综合分析手稿 该代码按几个子目录进行组织，这些子目录包含以下内容： alt_splice有关替代拼接事件的检测和分析的代码。 events 包装程序代码，用于使用SplAdder检测同类群组中的拼接事件。 event_stats 用于可视化事件类型分布和每种癌症类型检测到的可变剪接事件数量的代码。 filtering 基于读取覆盖率，最小增量PSI等，对AS事件实现各种过滤器的代码。 complexity 新接合点的检测主要存在于癌症样本中，但注释或GTEx外联群则不存在。 splice_outliers 用于检测和可视化拼接异常值的代码。 tumor_vs_normal_rank 肿瘤特异性内含子的鉴定和排名。 t
TCGA收官之作—27篇重磅文献绘制“泛癌图谱”
weixin_33762321的博客
05-16 1151
    TCGA的关键数字：图片来源《细胞》 由美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划于2006年联合启动，目前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的数据，2.5PB的数据量。全世界无数顶尖肿瘤学家经过10多年的辛苦工作，于近期公布了TCGA研究的收官之作：“Pan-Cancer Atlas”泛癌症图谱。这些研究精华共发表了27篇相关论文，涉及基...
The cancer genome atlas(TCGA)
Mr番茄蛋的博客
06-29 9980
The cancer genome atlas(TCGA)数据库储存20多种癌症的基因组数据，作为生信喵少不了要下载上面的数据来分析。写篇文章介绍一下，也加深自己的印象。 TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据，包括突变，拷贝数变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化数据等 这些数据可分为三个级别： level-1: 原始的测序数据（fasta,fastq等） level-2:比对好的b...
WHAT‘S difference of GDCTCGA datas and TCGA datas or TCGA Pancancer altas
jiangshandaiyou的博客
02-21 695
TCGA GDC PanCancer GETx
TCGAhrd:TCGA PanCancer Atlas 中的同源重组缺陷
05-31
同源重组缺陷 “我们根据之前公布的 HRD/基因组瘢痕评分的 3 个组成部分计算 HRD 评分：HRD-LOH（Abkevich 等人，2012 年）、LST（Popova 等人，2012 年）、NtAI（Birkbak 等人，2012 年）和实施三者之和（Marquard 等人，2015 年）。” -克宁堡（Knijnenburg）等 2019 年 6 月 6 日上午 10:12 从下载的分数。 然后将它们与可从以下获得的 PanCancer Atlas 临床数据相结合： : 。 基因表达数据可从以下下载： : 人力资源开发分数 来自 Knijnenburg 等人的 HRD 评分可用于 33 种癌症类型的 9125 个样本。 8602 份样本来自原发性实体瘤，162 份来自原发性血液来源的癌症 - 外周血，361 份来自mets。 所有 162 例原发性血源性癌症 - 外周血样本
tcga样本编号_TCGA数据库样本命名原则
weixin_29466397的博客
01-14 1889
在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素(以”-“分割)，例如TCGA-A6-6650-01。所以实际上上示3个样...
TCGA免疫浸润_TCGA_perl脚本tcga_mRNA_merge.pl_perl整理tcga_
10-02
TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目是一个大规模的癌症基因组研究计划，旨在通过全面分析不同类型的肿瘤样本，揭示癌症的遗传和分子基础。这个压缩包包含的资源是针对TCGA数据进行免疫浸润分析的Perl脚本，这些...
Merge-putFilesToOneDir.zip_TCGA数据合并_mRNA merge.pl_mRNA_merge.pl_
07-14
TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目是一个大规模的癌症基因组研究计划，旨在通过全面分析不同癌症类型的基因组、转录组、表观基因组等多层次的分子数据，以揭示癌症的分子基础。在这个过程中，研究人员生成了大量...
exp_tumor <- data_tcga[, which(colnames(data_tcga) %in% mete$id)]
11-24
这段代码是 R 语言代码，其作用是从数据框 `data_tcga` 中筛选出列名存在于 `mete` 数据框的 `id` 列中的那些列，然后将筛选后的结果赋值给新的数据框 `exp_tumor`。 下面逐步解释代码： 1. `colnames(data_tcga)`...
Shiny_tcga_tsne：tSNE框架，用于TCGA和其他大型患者数据集的可视化和分析
02-10
在现代生物医学研究中，尤其是肿瘤基因组学领域，TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目积累了海量的患者数据，包括基因表达、拷贝数变异、DNA甲基化等多种类型的数据。对这些复杂数据的有效分析和可视化对于揭示疾病...
TCGA/GTEx泛癌数据1行代码整理
医学和生信笔记的博客
06-02 3960
TCGA和GTEx的泛癌数据分析也是生信数据挖掘的必备技能，目前最好用的泛癌数据肯定是XENA网站上整理好的啦。我们直接下载用即可。而且XENA的数据估计短时间不会更新的，所以基本上是一次整理永久使用！我把整理泛癌数据的代码也写成了一个函数，并放到了easyTCGA包中，大家安装即可使用。
TCGA/GTEx泛癌数据任意基因表达量展示
医学和生信笔记的博客
06-02 5527
有了泛癌的数据之后就可以进行各种分析了，当然这些都是在R语言的基础上进行的。如果你不会R语言，也可以通过各种各样的网页工具实现。我们今天就简单展示下任意基因在泛癌图谱中的表达量情况。TCGAGTExTCGA+GTEx的泛癌数据都整理好了，大家可以自己通过easyTCGA包实现1行代码整理，也可以直接在公众号后台回复获取整理好的数据。
单基因gsea_pan-cancer泛癌单基因文章套路(TCGA泛癌分析)
weixin_39610774的博客
11-21 3185
pan-cancer泛癌单基因文章套路(TCGA泛癌分析) --生信自学网越来越多学员青睐于泛癌和多组学的文章套路，今天它来了。我们从TCGA数据库下载33个肿瘤数据(表达、突变和临床数据)，通过数据整合，对单基因进...
TCGA 概述及 Barcord 详解
weixin_41368414的博客
02-15 751
上期我们介绍了 TCGA 数据库上的癌种、缩写以及中文名称，下面我们来了解 TCGA 所有样本的存储，对于我们数据的筛选至关重要。01 TCGA 概述TCGA项目于2006年启动，历经10多年，该项目对全球肿瘤研究产生了深远的影响。泛癌症图谱项目是TCGA项目的一部分，项目对来自11000个病例，33种不同癌症类型进行分析，从而能够告诉我们人体的肿瘤发生、在哪里发生以及为什么发生。...
tcga整合所有的具有癌与癌旁的样本
sayhello1025的博客
03-24 3509
整合所有的具有癌与癌旁的样本 ###导入矩阵 library(limma) rt=as.matrix(rt) rownames(rt)=rt[,1] exp=rt[,2:ncol(rt)] dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp)) data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames...
R 绘图 - 散点图
最新发布
lsx202406的博客
11-24 46
散点图是一种简单而强大的数据可视化工具，可以帮助我们更好地理解数据之间的关系。在 R 语言中，我们可以使用ggplot2包轻松地绘制和定制散点图。通过本文的介绍，相信您已经掌握了 R 绘制散点图的基本方法和技巧。
【WRFDA输入数据】全球高空观测气象数据（LITTLE_R 格式数据）
WW、forever的博客
11-24 139
【WRFDA输入数据】全球高空观测气象数据（LITTLE_R 格式数据）
【Web】RCTF 2025 wp（随便看看
uuzeray的博客
11-21 1252
随便看看。
四、OrcaSlicer 模型数据
wljun739的专栏
11-21 341
stl_vertex 为顶点数据，是一个3*1的矩阵，数据类型为float，是一个3列1行的向量，3列分别表示x y z轴的坐标。stl_triangle_vertex_indices 为三角型顶点索引，也是一个3*1的矩阵，数据类型为int。用stl_triangle_vertex_indices定义一个变量，就会有三个顶点数据，这三个数据就可以组合成一个三角面片，三角面片是三维模型的基础，所有的模型都是由三角面片组成的。
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