GO and KEGG富集分析

GO

基因本体涉及的基因和基因产物词汇分为三大类，涵盖生物学的三个方面:
细胞组分(cellular component)CC:细胞的每个部分和细胞外环境。
分子功能(molecular function)MF:可以描述为分子水平的活性(activity)，如催化(catalytic)或结合(binding)活性。
生物过程(biological process)BP:生物学过程系指由一个或多个分子功能有序组合而产生的系列事件。其定义有广义和狭义之分，在词义上可以区分为泛指和特指。一般规律是，一个过程是由多个不同的步骤组成。需要指出的是，生物学过程与途径或通路(pathway)不是同一回事。

KEGG

GO分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群的篮子，而pathway则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。

kegg物种支持查询

http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html
ssc #sus
hsa #human
mmu #Mus musculus (mouse)

#示例数据
gene = "TP53,BRCA1,KRAS,PTEN,RUNDC3A,MAPK8IP2,PSD,JPH3,PELI3,STMN3,CDK5R2,AP3B2,SVOP,GRIN1,SNCB,RLTPR,STX1B,RP11-1263C18.1,KCNC1,LRRC73,KCNT1,PRRT1,SEPT5,CTD-2228A4.1,RP11-482M8.3,CPLX1,PNMA3,CKMT1A,PPP1R3F,CABP1,CKMT1B,SCAMP5,PPFIA3,PDZD4,FBXO41,CHRM1,AC091878.1,SPRN,UBE2QL1,CACNA1I,FAIM2,SYP,ARHGDIG,SYT4,MADD,CEND1,RP11-95O2.1,DLG4,CNNM1,EIF4E1B,MAPRE3,PRKAG2-AS1"
gene = unlist(strsplit(gene,','))

#安装clusterProfiler包
#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE){install.packages("BiocManager")}
#BiocManager::install("clusterProfiler")
#BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

library(clusterProfiler)