【自用】生物信息01-获取taxid 以及 taxname

最新推荐文章于 2025-05-23 09:16:47 发布

cherish1216_

最新推荐文章于 2025-05-23 09:16:47 发布

阅读量287

点赞数 10

文章标签： python

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/cherish1216_/article/details/143388821

版权

【需求】 获取 Fungi 下的所有 taxid，再获取 taxid 对应的 taxname
【实现】

使用 ete3 获取 Fungi 下的所有 taxid：
安装：conda install conda-forge::ete3
导入并使用：

from ete3 import NCBITaxa                       
ncbi = NCBITaxa()

初次使用的时候会自动下载NCBI的Taxonomy数据

获取 Fungi 下的 taxids：

# 先获取 Fungi 的 taxid： 4751
fungi_taxid = ncbi.get_name_translator(['Fungi'])['Fungi'][0]
# 获取 Fungi 下的所有 taxids
fungi_taxids = ncbi.get_descendant_taxa(fungi_taxid)

将结果写入txt文件 Fungi下的所有taxids

使用 TaxIdentifier 工具根据 taxids 获取对应的 taxname TaxIdentifier🔗：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi
上传刚才保存的all taxids的txt文件
选择 Save in file ，下载结果到本地：

可以再根据report的结果进一步获取taxid-taxname的数据：