luogu1140:相似基因

最新推荐文章于 2023-11-20 20:52:41 发布

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本文介绍了一个使用C++实现的动态规划算法，用于比较两个DNA序列的相似度。通过构建一个动态规划矩阵，该算法能够有效地计算出两个序列之间的最大匹配得分，即使在存在大量插入和删除的情况下也能准确地进行比对。此算法广泛应用于生物信息学领域，如基因序列比对和蛋白质结构预测。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

#include<bits/stdc++.h>
using namespace std;
char s[1010];
int a[1010];
int b[1010];
int c[5][5]=
{
	{0,-3,-4,-2,-1},
	{-3,5,-1,-2,-1},
	{-4,-1,5,-3,-2},
	{-2,-2,-3,5,-2},
	{-1,-1,-2,-2,5}
};
int dp[1010][1010];
int main()
{
	int n,m;
	scanf("%d ",&n);
	for(int i=1;i<=n;i++)
	{
		scanf("%c",&s[i]);
		if(s[i]=='A')a[i]=1;
		if(s[i]=='C')a[i]=2;
		if(s[i]=='G')a[i]=3;
		if(s[i]=='T')a[i]=4;
	}
	scanf("%d ",&m);
	for(int i=1;i<=m;i++)
	{
		scanf("%c",&s[i]);
		if(s[i]=='A')b[i]=1;
		if(s[i]=='C')b[i]=2;
		if(s[i]=='G')b[i]=3;
		if(s[i]=='T')b[i]=4;
	}
	for(int i=1;i<=n;i++)
	{
		for(int j=1;j<=m;j++)
		{
			dp[i][j]=-10000;
		}
	}
	for(int i=1;i<=n;i++)dp[i][0]=dp[i-1][0]+c[a[i]][0];
	for(int i=1;i<=m;i++)dp[0][i]=dp[0][i-1]+c[0][b[i]];
	for(int i=1;i<=n;i++)
	{
		for(int j=1;j<=m;j++)
		{
			dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-1][j]+c[a[i]][0]);
			dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i][j-1]+c[0][b[j]]);
			dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-1][j-1]+c[a[i]][b[j]]);
		}
	}
	printf("%d",dp[n][m]);
	return 0; 
}