分子动力学模拟——VMD轨迹及宏

最新推荐文章于 2024-12-10 18:15:59 发布
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本文介绍如何在分子模拟软件中导入PSF和DCD文件，包括使用file窗口加载，通过molnewname命令创建新分子，以及加载dcd轨迹文件。详细步骤涉及选择psf文件并加载dcd文件，创建蛋白和水分子的Rep，并利用宏进行特定氨基酸链的选择。
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导入psf文件

操作如前 可以在file窗口加载
也可以

mol new name #创建新的分子

向psf文件加载dcd文件——轨迹

选中窗口中的psf文件，右键load data to
找到文件中的dcd文件。

加载后会看到轨迹的最后一个Frame
graphic中选择protein，tube
创建Rep，选择water，Drawing 为lines
双击该Rep ，隐藏

宏（macros）

TK中执行

atomselect macro bstrand1 {protein and resid 2 to 6} #选中蛋白中的resid 2 到6个氨基酸，第一条beta 链,按照这种方法 创建其他几条beita链的选择宏。

返回到selection 能看到自己创建的宏

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