python与gephi结合，生成与读取gexf文件，达到固定位置上多图显示

因为工作需要，有个奇葩需求。将不同网络图中的节点位置固定，以便于肉眼对比。

这里主要解决一下几个问题：

（1）如何获取gephi网络图的节点位置

（2）如何输出gephi图的节点位置

（3）如何在生成新图时保证节点与旧图的位置保持一致。

这里要明确一点，既然是画出了图结构，那么节点在图中的位置上理论上是存在坐标的，不管是何种坐标形式。

为了解决以上问题，首先要查看gephi是否可以查看节点坐标位置，这里可以实现。（概览中，编辑节点属性，可以看到位置xyz具体信息）；

下一步确认能否将该图保持成python可读文件。（文件，输出，可以选择输出为图文件，文件的类型为gexf格式类型）

看到gexf想到networkX库能够处理图结构文件，经过查阅，发现果然networkX可以很好的处理gexf文件。但由于gephi版本过高直接读取导出的gexf文件会报错，修改方式如下：

用notepad打开gexf文件，将其中首部的版本信息<gexf> 中的内容直接替换成

<gexf version="1.2" xmlns="http://www.gexf.net/1.2draft" 
xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.2/viz" 
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" 
xsi:schemaLocation="http://www.gexf.net/1.2draft 
http://www.gexf.net/1.2draft/gexf.xsd">

就可解决问题。

至此，解决了python读写gexf文件的问题。

最后需要解决的问题就是如何生成多个gexf文件，只改变数值而不改变其他属性（包括位置，颜色，大小）

尝试了两种方案，发现了只有一种可行。

第一方案，生成第一个gephi图以后，调整布局，固定位置后，输出成gexf文件，读取文件中所有节点的位置信息，通过python程序，提取出位置信息，以属性形式加入到csv文件中，期望能够固定文件位置。

由于加了位置信息的csv文件读取后，并未固定位置，所以这一方案失败。

第二方案，直接生成gexf文件，然后用gephi加载输出图文件。先将所要画的图数据全部读取，生成不同的工作区，并对每个工作区进行输出gexf文件。然后，固定一个gexf文件布局后，读取gexf中节点位置信息，并用该信息来修改其他gexf中节点位置信息。这样就实现了不同gexf文件中节点和位置信息的统一固定。（注意：这里生成多个gexf时要注意设置节点颜色一样）

最后，我们采用第二方案，解决了gephi多图节点位置固定问题。