在ubuntu上安装FastSufer【本机安装】

本文档详细介绍了如何在Ubuntu上安装FreeSurfer和FastSurfer,包括解压FreeSurfer、配置环境变量,以及解决FastSurfer安装时的坑,特别是网络问题导致的模型权重文件下载困难。此外,还提供了不安装的替代方案,可通过提供的网址直接使用在线工具包。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

在这里插入图片描述
亲测:FastSurfer分割并重建一个大脑需要1个小时,而freeSurfer需要8个小时。确实很快!

这里我在网页端搭建了一个小的工具包,里面集成了经典的freeSurfer和较快的FastSurfer。如果你不想安装或者手头没有linux设备,您也可以直接从以下网址直接使用,跳过繁琐的安装步骤!!!
http://60.190.253.106:29008/

一、安装freesurfer

其实说是安装,只需要将文件下载并解压即可。
推荐教程
https://blog.youkuaiyun.com/zuzhiang/article/details/107562854
注意版本:
在下面这个网址根据你的操作系统找到最新的版本安装。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads
比如我的操作系统为Ubuntu 20.04.5,因此我安装ubuntu20-7.4.1的freesurfer

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.4.1/freesurfer-linux-ubuntu20_amd64-7.4.1.tar.gz #下载安装包
tar -zxv -f freesurfer-linux-ubuntu20_amd64-7.4.1.tar.gz #解压缩
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