读文章 using single cell sequencing data to model the evolutionary history of a tumor

bsn2020

于 2020-10-23 17:23:44 发布

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文章标签：算法

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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/bsn2020/article/details/109246533

本文探讨了如何通过贝叶斯公式计算mutationsite之间的变异顺序，构建基于后验概率的有向图，并使用最小支撑树算法寻找关键路径。关键疑问集中在两个mutationsite的可能关系及第11页的错误率计算。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

这篇文章的关键是如何计算两个 mutation sites 的 mutation order 的后验概率。
主要是利用贝叶斯公式。
然后再据此构建一个有权重的有向图。利用最小支持树算法找到这个有向图的最小支撑树。
这篇文章有两个地方不大清楚。
1: 两个 mutation sites $x$ 和 $y$ 的关系是 $x - > y$ 或者 $y - > x$ 或者 $x n o t < - > y$ , 除此之外还有无别的可能。
2: 在第11面这个地方，在计算 error rates FD 和 AD 的时候，应该是一个 typo.

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