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Amber力场各原子符号所代表的含义（中英文对照表）

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### 翻译说明
1. 杂化类型标注：统一采用“sp杂化×”“sp²杂化×”“sp³杂化×”的规范表述，符合化学专业术语习惯。
2. 基团命名：如“carbonyl group”译为“羰基”、“hydroxyl group”译为“羟基”，均为国内通用命名。
3. 重复标注处理：“identical to ××”直接译为“（与××相同）”，简洁明确。
4. 特殊结构说明：括号内补充具体化合物示例（如PH₃、O=P(OH)₃），保留原化学表达式格式。
5. 吸电子基团：“electrwd. group”缩写展开为“吸电子基团”，符合化学语境。

#符号 原子量   英文/中文名称及说明
C 12.01 sp2 C carbonyl group 对应sp²杂化碳 羰基碳
CA 12.01 sp2 C pure aromatic (benzene) 对应sp²杂化碳 纯芳香族碳 苯环碳
CB 12.01 sp2 aromatic C, 5&6 membered ring junction 对应sp²杂化芳香碳 五元环与六元环连接碳
CC 12.01 sp2 aromatic C, 5 memb. ring HIS 对应sp²杂化芳香碳 组氨酸五元环碳
CK 12.01 sp2 C 5 memb.ring in purines 对应sp²杂化碳 嘌呤五元环碳
CM 12.01 sp2 C pyrimidines in pos. 5 & 6 对应sp²杂化碳 嘧啶环5位与6位碳
CN 12.01 sp2 C aromatic 5&6 memb.ring junct.(TRP) 对应sp²杂化芳香碳 色氨酸五元环与六元环连接碳
CQ 12.01 sp2 C in 5 mem.ring of purines between 2 N 对应sp²杂化碳 嘌呤五元环中两个氮原子间的碳
CR 12.01 sp2 arom as CQ but in HIS 对应sp²杂化芳香碳 与CQ结构类似 组氨酸中
CT 12.01 sp3 aliphatic C 对应sp³杂化脂肪族碳
CV 12.01 sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N and 1 H (HIS) 对应sp²杂化芳香碳 含1个氮和1个氢的组氨酸五元环碳
CW 12.01 sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N-H and 1 H (HIS) 对应sp²杂化芳香碳 含1个N-H键和1个氢的组氨酸五元环碳
CS 12.01 sp2 arom. 5 memb.ring w/1 subst. (TRP) 对应sp²杂化芳香碳 含1个取代基的色氨酸五元环碳
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C0 40.08 calcium 对应钙
F 19.00 fluorine 对应氟
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H 1.008 H bonded to nitrogen atoms 对应与氮原子相连的氢
HC 1.008 H aliph. bond. to C without electrwd.group 对应与无吸电子基团的脂肪族碳相连的氢
H1 1.008 H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group 对应与含1个吸电子基团的脂肪族碳相连的氢
H2 1.008 H aliph. bond. to C with 2 electrwd.groups 对应与含2个吸电子基团的脂肪族碳相连的氢
H3 1.008 H aliph. bond. to C with 3 eletrwd.groups 对应与含3个吸电子基团的脂肪族碳相连的氢
HA 1.008 H arom. bond. to C without elctrwd. groups 对应与无吸电子基团的芳香族碳相连的氢
H4 1.008 H arom. bond. to C with 1 electrwd. group 对应与含1个吸电子基团的芳香族碳相连的氢
H5 1.008 H arom. bond. to C with 2 electrwd. groups 对应与含2个吸电子基团的芳香族碳相连的氢
HO 1.008 hydroxyl group 对应羟基氢
HS 1.008 hydrogen bonded to sulphur 对应与硫原子相连的氢
HW 1.008 H in TIP3P water 对应TIP3P模型水中的氢 TIP3P为经典水分子模型
HP 1.008 H bonded to C next to positively charged gr 对应与带正电基团相邻碳相连的氢
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I 126.9 iodine 对应碘
IM 35.45 assumed to be Cl- 对应假设为氯离子
IP 22.99 assumed to be Na+ 对应假设为钠离子
IB 131.0 'big ion w/ waters' for vacuum (Na+, 6H2O) 对应真空体系中带水分子的大离子 钠离子加6个水分子
MG 24.305 magnesium 对应镁
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N 14.01 sp2 nitrogen in amide groups 对应酰胺基团中的sp²杂化氮
NA 14.01 sp2 N in 5 memb.ring w/H atom (HIS) 对应含氢原子的五元环中sp²杂化氮 组氨酸中
NB 14.01 sp2 N in 5 memb.ring w/LP (HIS,ADE,GUA) 对应含孤对电子的五元环中sp²杂化氮 组氨酸 腺嘌呤 鸟嘌呤中
NC 14.01 sp2 N in 6 memb.ring w/LP (ADE,GUA) 对应含孤对电子的六元环中sp²杂化氮 腺嘌呤 鸟嘌呤中
N2 14.01 sp2 N in amino groups 对应氨基中的sp²杂化氮
N3 14.01 sp3 N for charged amino groups (Lys, etc) 对应带电荷氨基中的sp³杂化氮 赖氨酸等中
NS 14.01 sp2 N 对应sp²杂化氮
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O 16.00 carbonyl group oxygen 对应羰基氧
OW 16.00 oxygen in TIP3P water 对应TIP3P模型水中的氧
OH 16.00 oxygen in hydroxyl group 对应羟基中的氧
OS 16.00 ether and ester oxygen 对应醚键与酯键中的氧
O2 16.00 carboxyl and phosphate group oxygen 对应羧基与磷酸基团中的氧
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P 30.97 phosphate 对应磷 磷酸基团中
S 32.06 sulphur in disulfide linkage 对应二硫键中的硫
SH 32.06 sulphur in cystine 对应半胱氨酸中的硫 cystine修正为cysteine 半胱氨酸 胱氨酸为cystine 此处结合SH应为半胱氨酸
CU 63.55 copper 对应铜
FE 55.00 iron 对应铁
Li 6.94 lithium 对应锂
K 39.10 potassium 对应钾
Rb 85.47 rubidium 对应铷
Cs 132.91 cesium 对应铯