背景
基于上一篇博文,利用Materials Studio 构建的模型导出data文件是不带电荷的,但如果是其它基底体系,有电荷的需求,则需要单另考虑添加电荷。一方面可以在生成的data文件中手动修改(比较麻烦且容易出错),现在在MS里直接修改后再导出。
MS里添加电荷
步骤:
默认已获得模型结构和对应原子的电荷
前半部需要建模:根据自身需要/参考上一篇博文构建对应模型(Materials Studio)
后半部需要计算:本人常用VASP来获得对应原子的电荷值(DDEC/bader方法等)
1. 确认体系中对应原子电荷(这里以DDEC方法举例)
vasp对体系进行结构优化-自洽输出电荷密度等参数-DDEC后处理程序输出电荷值
(原子排列顺序与POSCAR一致,这里第四列数据为对应原子的电荷值,调节整体为电中性)

2. 筛选所需的原子电荷
输出POSCAR,用VESTA打开,摆放成与MS原子位置一一对应的方向
VESTA双击原子确认序号,将DDEC后处理的数据拷贝到Excel里并根据序号筛选


3. MS标注
根据Excel里筛选的结果,在MS中找到对应原子
单击原子-左侧设置框中修改Charge的值(默认都是0.00)

4.完成后按上一篇的流程输出对应data文件即可
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