NCBI

最新推荐文章于 2025-03-16 13:39:49 发布
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AdaWong_Corner
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生物数据库介绍——NCBI
weixin_30871701的博客
08-30 5396
NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser...
NCBI使用教程
09-14
NCBI使用教程PPTNCBI使用教程
NCBI 数据下载
小猪打呼噜
04-12 1607
网上介绍的那几种直接下载NCBI数据的方法大都下载速度很慢，但是EBI (European Bioinformatics Institute) 下载很快，而且它的数据库和NCBI是共享的，所以我们可以直接从 EBI 下载。1 、 确定要下载的 SRA 编号；
NCBI使用方法
csdnmakeer的专栏
01-17 1万+
NCBI使用方法 作者 : 郭亚雄 NCBI NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI提供检索的服务包括： 1．GenBank
从NCBI refseq 中下载特定物种的蛋白质数据
09-24
在生物信息学领域，NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个重要的资源库，提供了大量生物序列数据，包括DNA、RNA和蛋白质序列。RefSeq（Reference Sequence）是NCBI维护的一个高质量序列...
NCBI数据库的使用与功能介绍.ppt
06-02
NCBI 数据库的使用与功能介绍 NCBI（National Center of Biotechnology Information）是美国国立医学图书馆（NLM）于 1988 年 11 月 4 日建立的国家生物技术信息中心。NCBI 的主要任务是建立关于分子生物学、生物...
NCBI如何查找序列.pdf
10-30
### NCBI如何查找序列 #### 一、NCBI平台简介 NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国立卫生研究院下属的一个生物信息学研究中心，它提供了大量的生物医学和基因组数据资源，其中包括...
NCBI上传序列命令行工具,aspera_cli
04-27
在生物信息学领域，NCBI（National Center for Biotechnology Information）是全球最重要的生物科学数据库和研究资源之一。其中，SRA（Sequence Read Archive）是NCBI维护的一个大型数据库，用于存储高通量测序产生...
ncbi-blast-2.13.0+-x64-win64.tar
07-16
在生物信息学的广阔领域中，NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心）开发的BLAST（Basic Local Alignment Search Tool，基本局部比对搜索工具）无疑是一把不可或缺的分析...
ncbi的使用方法 详细教程
12-22
生物学科的必备知识 美国生物信息中心
一步步教你用NCBI.pdf
08-04
NCBI分子生物学数据库
NCBI数据库实用教程
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Karka_的博客
03-16 2112
NCBI，全称为美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information），是美国国家卫生研究院（National Institutes of Health）于1988年成立的部门。NCBI成立目的是为了促进生物医学研究，通过收集、存储和提供生物医学信息来加速科学和健康进步。NCBI收录全世界所有实验室测序过的核酸信息，包括宏大的“人类基因组计划”测序结果、小鼠等所有物种的测序信息。
NCBI使用经验积累
javafalcon的专栏
09-05 693
1、下载安装NCBI后，在NCBI_HOME/blast-release/下新建目录db 2、添加环境变量BLASTDB=NCBI_HOME/blast_release/db 3、下载swissport数据库（或其它数据库）到db文件夹   PS1：在java程序中调用blast命令，出现了很奇特的情况： String blastcmd1 = "cmd /c blastp -db swi...
剑指offer-例题 栈的压入、弹出序列
qq_39622795的博客
09-28 681
题目描述 输入两个整数序列，第一个序列表示栈的压入顺序，请判断第二个序列是否可能为该栈的弹出顺序。假设压入栈的所有数字均不相等。例如序列1,2,3,4,5是某栈的压入顺序，序列4,5,3,2,1是该压栈序列对应的一个弹出序列，但4,3,5,1,2就不可能是该压栈序列的弹出序列。（注意：这两个序列的长度是相等的） import java.util.ArrayList; import java.util.Stack; public class Solution { public boolean I
【经验分享】NCBI设计引物——最详细说明及教程！！！适合0基础~
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m0_61164319的博客
10-22 3万+
还不会用NCBI设计引物？还不知到NCBI调整哪些参数？这篇文章将给你最全面的解释【适合新手，老手也可以自我验证】
NCBI下载SRA数据（转）
醉月伐桂戏嫦娥的博客
07-01 1080
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里： 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果： 选一个文件点击进去 进去之后，再点击SRP 然后： 出现如下内容： 然后选择所有SRR文件： 下载A...
生信项目之NCBI下载数据集详解
weixin_44540733的博客
03-10 9954
NCBI（National Center for Biotechnology Information）的中文名称是美国生物信息技术中心，该网站是美国医学图书馆（NLM）的一部分。该网站提供了下载数据集、上传数据集、在线分析数据集以及提供了部分生物信息学工具如（BLAST：一款序列比对工具）等功能。本文主要介绍如何在NCBI上下载数据集。这三种方法是目前比较常用的下载数据集的方法，当然还用其他很多下载数据集的方法，具体的下载数据集的方法要按照该生信项目的需求进行下载。
NCBI、UniProt、RCSB PDB的部分功能使用（蛋白质晶体结构、蛋白质氨基酸序列、基因序列、序列比对等）
weixin_61125116的博客
04-08 3万+
NCBI、UniProt、RCSB PDB的部分功能使用（蛋白质晶体结构、蛋白质氨基酸序列、基因序列、蛋白质氨基酸序列比对等）
ncbi
03-08
<think>好的，用户想查找与NCBI相关的IT信息，特别是生物信息学工具和资源。首先，我需要回忆NCBI的主要工具和数据库。NCBI有很丰富的资源，比如PubMed、BLAST、GenBank、dbSNP、SRA这些。需要确保每个工具的正确名称和用途，不能出错。 用户可能需要的不仅是工具列表，还包括如何访问和使用这些资源。比如BLAST用于序列比对，GenBank是基因数据库，SRA存储高通量测序数据。另外，NCBI还提供API和工具包，比如E-utilities，这对IT人员来说可能很重要，方便集成到自己的系统中。 要注意引用格式，用户提供的引用有三个，需要正确对应。比如引用[^1]是NCBI的总体介绍，引用[^2]和[^3]可能涉及数据库资源和使用案例。在回答每个工具时，要自然地加上引用，比如GenBank在引用[^1]中提到，SRA在引用里提到过应用案例。 另外，用户可能需要具体的访问方式，比如网址或API文档链接。虽然不能直接放链接，但可以提示用户通过NCBI官网访问。此外，API部分可能需要说明如何通过编程接口获取数据，这对IT人员来说是关键点。 最后，生成相关问题时要围绕NCBI的工具、使用技巧、数据管理、API等，确保问题对IT和生物信息学结合的场景有帮助。比如如何调用API，或者数据存储解决方案等。</think>### NCBI生物信息学工具与资源 NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供了一系列生物信息学工具和数据库，涵盖基因序列分析、结构预测、数据存储等领域。以下是其核心工具和资源的分类说明： --- #### 1. **核心数据库** - **GenBank** 存储公开的DNA、RNA和蛋白质序列数据，支持标准格式（FASTA、GenBank格式）上传与下载。 - **PubMed** 生物医学文献数据库，提供API接口（E-utilities）支持程序化检索文献元数据[^1]。 - **SRA（Sequence Read Archive）** 存储高通量测序原始数据，支持大规模基因组研究的原始数据托管与共享。 --- #### 2. **分析工具** - **BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）** 用于序列比对，支持核苷酸、蛋白质序列的相似性搜索，提供本地化部署版本（BLAST+）。 - **Primer-BLAST** 设计PCR引物并自动验证特异性，整合了引物设计和比对功能。 - **ClinVar** 存储基因变异与临床表型关联数据，支持API查询，适用于精准医学研究。 --- #### 3. **开发者资源** - **E-utilities API** 提供RESTful接口，可通过编程访问NCBI数据库，支持Perl、Python等语言调用。例如： ```python # 使用Biopython调用E-utilities from Bio import Entrez Entrez.email = "your@email.com" handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="ncbi bioinformatics") record = Entrez.read(handle) ``` - **NCBI Cloud Resources** 提供AWS和Google Cloud上的公共数据集（如SRA数据镜像），支持云环境直接访问。 --- #### 4. **数据管理工具** - **NCBI Genome** 整合已完成测序的基因组数据，提供可视化浏览器和注释文件下载。 - **BioSample** 标准化样本元数据存储库，支持跨实验的数据整合。 ---
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