SRA数据下载

最新推荐文章于 2024-03-21 20:45:00 发布
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#SRA

SRA数据下载

##SRA_TOOLKIT 使用方法
fastq-dump --defline-seq ‘@KaTeX parse error: Expected group after '_' at position 4: sn[_̲rn]/$ri’ --split-files SRR351933.sra

如果使用fastq-dump下载数据太慢，中间可能会断，可以直接下载sra文件，然后在去拆分。
##SRA 数据地址
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR850/SRR8506855/SRR8506855.sra
##SRA to fastq
sratoolkit/sratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/fastq-dump.2.9.0 --split-files SRR8506855.sra

下载SRA数据
single0202的博客
09-15 601
下载NCBI SRA Toolkit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 从文献找到数据的SRR编号 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ Studies->Experiments->Samples->Runs SRP->SRX->SRS->SRR 下载数据 prefetch SRR****** prefetch下载的数据在home目录下的ncbi目
SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）
weixin_44616693的博客
02-22 9971
SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera） 这是本人的第一篇文章，欢迎浏览提问，我会在最快时间内答复。谢谢大家。 本文主要是针对新手下载SRA数据过程，我本人已亲自实践有效。按照本文下载SRA数据，需要提前安装Linux系统（常用CentOs或Ubuntu）。需要一定的Linux系统的操作命令认识以及生信知识（包括NCBI数据库检索等）。 SRA简识 SRA数据：一种储存高通量测序数据格式。高通量测序：即NGS和TGS，通常数据产出在几十到几百MB不等 各种检索号 PRJNA：study
下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）
weixin_43745169的博客
06-22 1万+
对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章后面都是......
从 NCBI SRA 数据库下载文件——获取想要的数据
热门推荐
生信学习
03-20 1万+
事情是这样的，最近啊，在研究拟南芥叶片的数据，需要下载一批数据，之前整理过Sra-ToolKit的安装使用，这次干脆整理一下我知道的NCBI数据搜索和下载的方式😑全称：Sequence Read Archive，是一个公开可访问的存储和共享高通量测序数据的中心资源库。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。
linux下载sra数据库,NCBI-SRA数据下载的3种方法
weixin_42472941的博客
05-03 2060
SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。方法一：SRA　Tookit下载SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件，我们需要下...
SRA数据下载的3种方法
生信小博士的博客
01-13 5938
第一步如何找到sra？ 先去看文章 文章有对应的gse号，在geo里输入gse号。 翻页到最下面找到srp号 ####在sra网站搜索srp号https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=search_obj 如 SRP033351 。每一个sra都在一个样本内不太好下载，所以要用工具来下载 ###在sra sector网站 搜索srp号可以得到所有的sra文件listhttps://w...
如何下载生物数据（四）：SRA数据下载
xxxie_的博客
08-28 6249
欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑Q群：32798724 应用场景： 如果自己没有测序数据，比如Pacbio数据，nanopore数据等，想要测试一些软件，或者想重复文章的内容，就需要从SRA数据库下载数据。 SRA数据库介绍 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代...
NCBI-SRA数据下载
wangprince2017
11-25 2238
SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。 方法一：SRA　Tookit下载 SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件...
sra下载原始数据
生信小博士的博客
01-14 1439
1、prefetch SRRxxxxxx ～/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (met...
sra-download:使用sra-toolkit批量下载已发布的数据
03-05
sra下载 使用sra-toolkit批量下载已发布的数据 将所有登录号添加到SRaAccList.txt 相应地在sample_list.txt中定义样品名称 运行sra-download.sh
RNA-seq——二、sra数据下载、fastqc与质量控制
Dzfly
08-21 2426
sra数据下载、fastqc、multiqc、质量控制
SRA数据下载方法总结
weixin_44065382的博客
09-21 9101
SRA数据常用的下载方法 研究生了，对以往的知识进行一个复习和总结吧。 SRA数据库存储了现在主要高通量测序平台的原始测序数据和和比对信息，包括了SRA、EBI、DDBJ、JGI等数据库的信息。（这里分享一个小的知识点，现在可以不只依赖NCBI进行查找和下载，国家基因组科学数据中心（NGDC）官网 已经进行了整合）。对于NGDC数据库的使用在这里就暂时不细说了，看后面有没有必要吧，使用方法更加贴合中国人的习惯的。 言归正传，现在SRA数据的下载主要有以下5个方法： 1、NCBI官方提供的SRA Toolki
下载SRA文件
weixin_34146410的博客
11-15 579
sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch  下载SRA文件 fastq-dump    --split-3    SRR2923014.sra    转成fq文件
【数据库】SRA数据库介绍及数据下载
hucy_Bioinfo
09-02 7568
NCBI - SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent等，这个数据库是可以免费无限制下载的。当然，也可以到EBI - ENA数据库直接下载fastq .gz文件。
<二代測序> 批量下载 NCBI sra 文件
weixin_33843409的博客
08-10 298
本文近期更新地址： http://blog.youkuaiyun.com/tanzuozhev/article/details/51078460 前文 http://blog.youkuaiyun.com/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何採用 sra-toolkit 下载 sra 文件，可是假设你想下载整个项目的全部样本。应该如何批...
3.windows下Ubuntu，sratoolkit软件，从ncbi的sra数据库下载数据。
weixin_69558614的博客
03-21 1689
vim ~/.bashrc，添加 export PATH="/mnt/h/softwore/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/:$PATH" ，保存退出后，source ~/.bashrc，激活。在SRA数据库中可以找到很多的测序数据，可以在网页中搜素，找到自己感兴趣的数据，同时在SRA中搜索数据的方式方法也有很多，大家可以自学一下，最终找到自己感兴趣的数据。在NCBI的SRA数据库中，可以找到来自各种生物种类的测序数据，包括但不限于动物、植物、微生物等。自动解压：下载完成后，
SRA数据下载后解压
最新发布
03-28
<think>好的，我需要回答用户关于如何解压已下载的SRA数据文件的问题。首先，我得回忆一下相关的工具和步骤。根据用户提供的引用内容，特别是引用[2]和引用[3]，提到了使用sra-toolkit来处理SRA文件。sra-toolkit中的fastq-dump或fasterq-dump工具应该是用来将SRA文件转换成FASTQ格式的，这是解压的常用方法。 用户可能已经按照引用中的方法下载了SRA文件，现在需要解压。首先需要确认是否安装了sra-toolkit，如果没有安装的话，可能需要先指导安装步骤，但用户可能已经安装好了，因为之前提到了下载。不过或许应该简要提及安装步骤，以防万一。 接下来是具体的解压命令。通常使用fastq-dump命令，例如fastq-dump --split-files SRRxxxxxx.sra，其中SRRxxxxxx是具体的文件名。另外，fasterq-dump是更快的版本，适用于较大的文件，但可能需要额外的参数，比如--split-3。 还需要注意是否需要拆分文件，比如有些SRA文件包含双端测序数据，这时候使用--split-files或--split-3参数来分开成两个文件。另外，用户可能需要将SRA文件放在正确的位置，或者使用prefetch先下载到本地缓存目录，然后转换。 可能的问题点包括路径设置是否正确，是否需要将SRA文件移动到特定目录，或者直接指定路径。此外，解压后的文件是FASTQ格式，可能需要验证完整性，比如检查文件大小或使用md5sum比对。 另外，用户提到下载后的文件可能是.sra扩展名，解压实际上是将二进制转换为可读的FASTQ，所以步骤正确的话应该没问题。需要确保命令正确，参数正确，以及是否有足够的存储空间，因为解压后的FASTQ文件可能比SRA大很多。 最后，是否需要提供示例命令，比如具体举例，以及可能出现的错误和解决方法。比如权限问题，或者依赖库缺失，但sra-toolkit通常已经处理了这些。不过用户可能遇到的情况不同，可能需要简单提示。 总结步骤应该是：安装sra-toolkit -> 使用fastq-dump或fasterq-dump -> 检查输出文件。同时引用相关引用中的安装和下载步骤，确保用户能连贯操作。</think>要解压已下载的SRA数据文件，通常需使用NCBI官方工具**sra-toolkit**中的`fastq-dump`或`fasterq-dump`工具，将SRA格式转换为FASTQ格式（测序数据标准格式）。以下是具体步骤： --- ### **步骤1：确认已安装sra-toolkit** 若未安装，需先安装并配置环境变量（以Linux系统为例）[^2]： ```bash # 下载sratoolkit wget -O sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz # 解压 tar -xzvf sratoolkit.tar.gz # 添加环境变量（路径需根据实际目录调整） export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin ``` --- ### **步骤2：解压SRA文件** 使用以下命令将`.sra`文件转换为`.fastq`文件： ```bash # 基本命令（适用于单端测序数据） fastq-dump SRR123456.sra # 双端测序数据需拆分文件（推荐） fastq-dump --split-files SRR123456.sra # 更高效的fasterq-dump（适合大文件） fasterq-dump --split-3 SRR123456.sra ``` #### **参数说明** - `--split-files`：将双端测序数据拆分为两个文件（如`SRR123456_1.fastq`和`SRR123456_2.fastq`）。 - `--split-3`：智能拆分，兼容单端/双端数据[^3]。 - `-O <目录>`：指定输出目录。 --- ### **步骤3：验证输出** 解压完成后，检查生成的`.fastq`文件： ```bash # 查看文件行数（应为4的倍数） wc -l SRR123456_1.fastq ``` --- ### **常见问题** 1. **文件路径问题** 若SRA文件在`sratoolkit`的默认缓存路径（`~/ncbi/public/sra/`），可直接用`fastq-dump SRR123456`；若在其他目录，需指定完整路径。 2. **权限不足** 若报错`Permission denied`，尝试用`sudo`或修改文件权限： ```bash chmod 755 SRR123456.sra ``` 3. **依赖缺失** 确保系统已安装`libxml2`等基础依赖库。 ---
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