下载SRA数据

最新推荐文章于 2024-05-24 16:30:53 发布
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#生物学

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SRA数据下载
Curry_chenhu的博客
05-18 882
【代码】SRA数据下载。
RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit
垚垚爸的博客
05-16 5208
目前学习了半个月左右，关于Linux系统和Python语言的一些经验和心得后期再整理，先把前两天解决的Aspera软件经验记录一下，免得时间久了忘记。 ————————————————————————————————————————————— 自己本身是做分子生物学的，所以对生物信息的知识很是匮乏，按照自己性格，从头开始学习生物信息学是啥，参考了网上“生物信息学数据库资源”的文章，里面介绍了几个重要的数据库：NCBI、EBI、UCSC等，了解以后需要分析的数据到底是啥玩意；参考“使用aspera下载.fas
NCBI-SRA数据下载
wangprince2017
11-25 2238
SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。 方法一：SRA　Tookit下载 SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件...
下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）
weixin_43745169的博客
06-22 1万+
对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章后面都是......
批量下载sra文件linux,Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法
weixin_35329035的博客
04-29 1256
Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.0/sratoolkit.2.9.0-cent...
科研人员如何在国内高速下载测序数据SRA
11-19
此外，为了更好地使用enaBrowserTools和Aspera进行数据下载，还需要进行一系列配置。包括配置Aspera的许可，设置环境变量，创建配置目录并将Aspera的私钥复制到该目录。在配置Aspera时，需要指定ascp脚本的路径，...
关于prefetch下载Sra数据报错
sakoko_的博客
10-11 1万+
其实我自己使用prefetch工具以来，遇到的错误并不多，大多是由于网络环境导致的，在网络上查询也可以看出，大多数情况下prefetch的问题还是出在网络环境上。但有些问题并非由于网络引起，而是自己数据的问题。 我在批量下载约100个数据时，遇到的报错信息如下： 报错提供了3个信息点： 无法获取到SRRid，即prefetch无法识别txt文件中给出的id信息。 虽然大多数样本无法下载，但仍有几个可以正常下载。 虽然在脚本中不可下载，但手动输入prefetch SRR123456没有问题。 这个问题着
ncbi下载sra数据
Cassiel60的博客
03-22 4734
避免再次出现下载SRA数据找不到下载链接，记录一下 1，下载sra工具，去官网上下载sratoolkit最新版本https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software，解压安装。 2.然后在NCBI里面搜索SRA，输入所查找的号，比如SRR6040618 3.进入后，点击右上角的Send to，选择File，在下拉页选择...
ENVISAT-ASAR数据产品介绍与数据处理.pdf
08-15
#资源达人分享计划#
sra数据下载
weixin_45161743的博客
02-09 2566
xxx’x
RNA-seq——二、sra数据下载、fastqc与质量控制
Dzfly
08-21 2433
sra数据下载、fastqc、multiqc、质量控制
sra下载原始数据
生信小博士的博客
01-14 1440
1、prefetch SRRxxxxxx ～/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (met...
从 NCBI SRA 数据库下载文件——获取想要的数据
生信学习
03-20 1万+
事情是这样的，最近啊，在研究拟南芥叶片的数据，需要下载一批数据，之前整理过Sra-ToolKit的安装使用，这次干脆整理一下我知道的NCBI数据搜索和下载的方式😑全称：Sequence Read Archive，是一个公开可访问的存储和共享高通量测序数据的中心资源库。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。
prefetch批量下载SRA数据
dstyaaaa123456的博客
05-24 1772
prefetch批量下载数据
下载SRA文件
weixin_34146410的博客
11-15 579
sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch  下载SRA文件 fastq-dump    --split-3    SRR2923014.sra    转成fq文件
SRA文件的下载（prefetch）和解压SRA文件（fastq-dump）
热门推荐
yearstime的博客
03-24 4万+
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的，SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据，包括SRA主页和 E
如何下载生物数据（四）：SRA数据下载
xxxie_的博客
08-28 6251
欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！ 基因学苑Q群：32798724 应用场景： 如果自己没有测序数据，比如Pacbio数据，nanopore数据等，想要测试一些软件，或者想重复文章的内容，就需要从SRA数据库下载数据。 SRA数据库介绍 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代...
prefetch下载sra数据
最新发布
09-26
使用prefetch工具下载SRA数据的方法如下： ### 下载安装SRA Toolkit 需先确定Linux系统，以CentOS 7为例，可执行`cat /etc/os-release`查看系统信息。接着使用以下命令下载SRA Toolkit： ```bash wget ...
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