静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)原理与数据分析学习笔记(6-7):Mouse Data Processing and Dynamic Analysis

该文详细介绍了小鼠数据处理的步骤,包括VoxelSizeAugmentor的使用、预处理中的Reorient操作以及DPABI_VIEW在Matlab中的应用。此外,文章深入探讨了时间动态分析的概念,如单体素区域特征和多体素间的关系特征,并提到了皮层厚度与年龄的相关性。还讨论了TemporalDynamicAnalysis软件的使用,特别是滑动窗设置的重要性。

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视频来自:6_MouseDataProcessing_哔哩哔哩_bilibili

pdf:The R-fMRI Course | The R-fMRI Network

目录

1. 小鼠数据处理

1.1. 数据处理细节

2. 时间动态分析(Temporal Dynamic Analysis)

2.1. 介绍

2.2. 结果和讨论

2.3. Temporal Dynamic Analysis软件使用

1. 小鼠数据处理

1.1. 数据处理细节

(1)通过Voxel Size Augmentor→Add all→Run放大数据

(2)Utilities参数设置→Run

 (3)预处理时会弹框Reorient

 (4)在Matlab Command Window里输入DPABI_VIEW就可以看到之前VIEW里面的影像

 (5)转向了SPM

(6)输入了一堆不知道做什么的数据(?)感觉他在自嗨,囧,听不懂

2. 时间动态分析(Temporal Dynamic Analysis)

2.1. 介绍

(1)temporal是形容词的“时间的”,而temporary是形容词的“暂时的”

(2)计算方法(Computational Methods)

        ①单个体素的区域特征(Regional charasteristics of single voxel)

 

 

         ②多个体素之间的关系特征(Relational characteristics among multiple voxels)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.2. 结果和讨论

(1)Static and Dynamic R-fMRI Indices

 

 

 皮层厚度随着年龄一直下降,会导致功能处理单元的减少

 

2.3. Temporal Dynamic Analysis软件使用

(1)Working Directory:预处理数据地址?

(2)Starting Directory Name:一般是写Funlmg,因为是基于它

(3)滑动窗(Window Size/Step/Type):很重要的设置

(4)Dtrend如果预处理了可以不错,尽量可以勾

 

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