multiqc该升级了，你造吗？详解

最新推荐文章于 2025-04-16 22:09:55 发布

原创

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高通量测序结果是一种fastq格式
一个fastq格式的文件经fastqc统计后，会生成两个文件

fastqc -t 2 /root/project/rnaseq/01raw_data/sra_data.fastq
#Analysis complete for sra_data.fastq
sra_data_fastqc.html  sra_data_fastqc.zip

MultiQC是一个报告工具，它可以从其他生物信息学工具生成的结果和日志文件中分析汇总统计信息。MultiQC不会为您运行其他工具–它被设计成放在分析管道的末端，或者在您运行完工具后手动运行。
当您启动MultiQC时，它会递归地搜索任何提供的文件路径，并找到它识别的文件。它从这些文件中解析相关信息，并生成一个独立的HTML报告文件。它还会保存一个包含所有解析过的数据文件的目录，供下游使用。

问题来了
multiqc 会自动搜素相应的文件，进行整合

multiqc /root/project/rnaseq/01raw_data/

报错提示

/root/miniconda3/envs/rna/lib/python2.7/site-packages/multiqc/utils/config.py:45: YAMLLoadWarning: calling yaml.load() without Loader=... is deprecated, as the default Loader is unsafe. Please read https://msg.pyyaml.org/load for full details.
  configs = yaml.load(f)
/root/miniconda3/envs/rna/lib/python2.7