packmol+lammps

Mr_Chiu_Feb Mr_Chiu_Feb 博客等级 墨衍会员 · AI 创作全网分发 墨衍智能分发 本文由作者通过墨衍一键同步至各平台 1分发平台 1.2k累计阅读 1.2k平均单平台 已同步平台 优快云 微信公众号 微博 知乎 掘金 百家号 博客园 抖音 小红书 你的文章也可以这样分发 墨衍会员 ¥399起/年，写一次发全网 我也要 码龄5年
关注
原创 最新推荐文章于 2026-04-19 22:03:42 发布 1.2k 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›
.xyz文件_LAMMPS data文件创建工具--moltemplate 一 介绍长久以来，lammps的数据文件构建就是一个大问题（对我来说）。一方面，LAMMPS的数据格式比较特殊，很多软件不能直接导出; 另一方面小分子到大分子的变换，大分子在系统中的排布和大分子中的拓扑结构都需要牵扯很多的精力。经过长时间的试错，我算是终于找到一个比较合理且简约的技术栈，可以直接生成lammps所需的in文件和data文件。如图所示，整个技术栈分为：基本绘图：绘制基本的单元，如高分... 阅读详情

packmol+lammps

哪位能告诉我这个是怎么弄的吗，为什么无法转换成data？还有

这个为什么我盒子不显示啊？

 

 

标签
#windows
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
WSL1下用moltemplate+packmol搭建LAMMPS粗粒化模型：从安装到避坑全指南 本文详细介绍了在WSL1环境下使用moltemplate和packmol搭建LAMMPS粗粒化(CG)模型的完整流程，包括环境配置、工具安装、建模理论和实战技巧。特别针对Python2环境配置、文件格式转换等常见问题提供解决方案，帮助科研人员高效构建分子动力学模拟所需的粗粒化模型，适用于大尺度系统的计算研究。 阅读详情

相关推荐

lammps建模（电解液）opls-aa力场的基本流程

lammps建模（电解液）opls-aa力场的基本流程

syj0922的博客 2134

WSL1下用Moltemplate+Packmol搞定LAMMPS粗粒化建模（避坑指南）

本文详细介绍了在WSL1环境下，利用Moltemplate和Packmol工具为LAMMPS进行粗粒化建模的完整流程与避坑指南。内容涵盖从Python环境配置、核心工具安装，到两种建模方法（联合工作流与纯阵列建模）的实战解析，重点解决了文件格式匹配、坐标顺序对齐等关键难题，旨在帮助用户高效构建可用于模拟的LAMMPS data文件。

weixin_29233857的博客 591

分析lammps文件_LAMMPS 初始模型构建

这周学习了LAMMPS分子动力学模拟中初始模型的构建，主要有两种建模方法，一种是利用LAMMPS内置的命令建模，另外也可以通过外部程序建模，今天主要介绍如何通过外部程序进行建模。01—模型参数模拟采用2M浓度的NaCl水溶液作为电解质，刚性的SPC/E水分子模型，碳纳米管采取了Parm99力场，模拟在室温298K下进行，体系大小为 8nm×8nm×8nm，碳纳米管的长度为6nm，碳纳米管...

weixin_27153203的博客 3004

无法更新运行时文件夹共享状态_适用于Windows 10的10个最佳文件共享工具，容量大又免费...

曾经想给朋友用邮箱发送一个大文件，可是却得到了一个错误信息，该文件太大而无法作为电子邮件附件发送。这非常令人沮丧，不同的邮件服务提供商会对发送的邮件附件大小作出不同的限制。虽然电子邮件附件是发送文件的首选方法，但它受到大小限制，而且它也不是最好的协作工具，因为它不允许多个人同时处理同一个文件。下面就给大家推荐几个文件共享网站，利用这些工具使你可以轻松地与朋友和同事共享大文件，同时允许你远程访问任何...

weixin_39898150的博客 814

保姆级教程 | 搭建小分子的LAMMPS使用的力场

4. 将生成的makemol可执行文件程序和**.smol（制作mmol文件的准备文件）、**.ff（仿照gaff.ff自带的力场文件库制作一个适合自己研究体系的库）文件拷入一个文件夹，进行mmol文件的制作。如果不确定原子所处环境类型，可以将**.ff文件中的备注介绍和所研究体系包含原子发给AI进行识别。，获得chk后‘chk’转换成fchk，再‘resp’获得chg文件），修改对应原子质量值。./makemol **.smol（自己搭建可识别的结构文件） **.ff（力场模型文件）

baguette的博客 1238

LAMMPS实战指南（一）：粗粒化模型构建与优化

本文是LAMMPS粗粒化模拟实战指南的第一部分，重点介绍了如何从零开始构建和优化粗粒化模型。文章详细讲解了使用Packmol和Moltemplate两大工具联合构建模型的工作流，包括环境搭建、实战演练以及关键的避坑技巧，旨在帮助用户高效创建正确、可用的CG模型，为后续分子动力学模拟奠定坚实基础。

weixin_29240711的博客 586

lammps初级：石墨烯、金属材料、纳米流体、热传导、多成分体系、金属、半导体材料的辐照、自建分子力场、MOFS、H2/CO2混合气体等模拟

（石墨烯、金属材料模拟专题） 2 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率。实例操作：VMD中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的MSD等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。（纳米流体模拟专题） 3 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率。（热传导模拟专题） 4 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率。

m0_50989037的博客 2430

LAMMPS实现蒙脱石壁面页岩油CO₂驱替分子模拟全流程：从建模到后处理

本文基于LAMMPS平台详细介绍了蒙脱石壁面页岩油CO₂驱替分子模拟的全流程。研究采用真实工况参数（373K、38MPa），构建包含蒙脱石壁面、页岩油（正辛烷+3-甲基屈）和CO₂的多组分体系，分别使用CGCMM、OPLS-AA/L和TraPPE力场。通过Packmol和Moltemplate工具协同构建油相分子模型，并详细说明了体系组装、平衡和驱替阶段的模拟步骤。该研究可揭示纳米尺度下流体运移规律、壁面滑移特性及驱替效率，为页岩油开发提供微观依据。全流程包含建模、参数设置、代码实现等关键环节，可直接应用于

higerwy的博客 742

PACKMOL 二：手把手教你用packmol构建含有 1 400 个 PS 单体的纳米球

使用packmol构建分子动力学模拟需要的小分子化合物

m0_54634272的博客 5039

lammps聚合物建模组合技巧

在lammps模拟时，因为键被拉的过长，会造成“bond atoms missing”错误，这种错误在聚合物模拟中经常会出现，这个错误的解决也是聚合物模拟的一个难点。主要原因是，上述结构单独弛豫过程中，当原子移动到边界处，因周期性边界原因，会被算法折叠到盒子的另一侧，造成了被键链接的两个原子分别位于盒子的两侧。在lammps模拟中，聚合物模拟应该算是比较复杂的一种模拟，不仅建模复杂、势参数较多，而且在模拟过程中也会经常出现各种意想不到的错误。本文主要解决聚合物建模过程中常遇到的一个问题：多成分的组合。

lammps_jiayou的博客 1481

5分钟搞定！用Cursor和.NET 9.0快速搭建串口通讯上位机（附VS Code插件配置）

本文分享了如何利用Cursor AI编程助手与.NET 9.0，在5分钟内快速构建一个功能完整的串口通讯上位机程序。通过自然语言描述需求，AI自动生成WinForms界面和核心代码，极大提升了硬件调试工具的定制开发效率。文章详细介绍了环境配置、AI协作编码、功能实现与调试的全过程。

weixin_28366353的博客 277

LAMMPS粗粒化建模对比：packmol随机分布 vs moltemplate阵列填充实操

本文以Nafion膜-水混合体系为例，详细对比了LAMMPS粗粒化建模中packmol实现无序随机分布与moltemplate实现规则阵列填充两种方法的实操流程。文章深入解析了两种工具在配置逻辑、文件编写及平台执行上的核心差异，并提供了从坐标生成、拓扑注入到力场设置的完整指南，帮助研究者根据模拟目标（如研究扩散或有序结构）选择最合适的建模起点。

sugar的博客 663

稳定性性能系列之十五——系统稳定性监控体系建设:从指标到预警的完整方案

深入探讨Android系统稳定性监控体系的设计与实现，涵盖指标体系设计、数据采集方案、异常检测算法、预警响应机制，并提供完整的监控平台搭建实践。

Cheson的专栏 1359

LAMMPS粗粒化建模：从Packmol随机填充到Moltemplate阵列排布的5个关键技巧

本文详细介绍了LAMMPS粗粒化建模的5个关键技巧，涵盖Packmol随机填充与Moltemplate阵列排布两种主流方法。通过NAFION膜-水体系案例，解析了建模方法选型、力场参数写入、混合体系验证等核心环节，帮助研究者构建高效准确的CG模型，提升分子动力学模拟效率。

uuu88的博客 273

MFC+Modbus-Tcp协议实现温湿度传感器采集

本文简单介绍MFC使用-Tcp通信实现系列MODBUSTCP型温湿度传感器采集数据。

zhigang_zhao的博客 2832

二维数字图像相关算法软件Ncorr的使用心得

二维开源软件Ncorr的DIC分析操作过程详解。

m0_72612723的博客 3万+

lammps input for water

LAMMPS input for water Prepare initial geometry The independently developed Packmol extension can be used to generate a box of water molecules. Open the LAMMPS input dialog Prepare simulation ...

weixin_33923148的博客 460

思科—OSPF多区域配置实验

实验目的：配置OSPF多区域，使得不同网段的PC互相ping通。 网络拓扑如下： R0的配置 Router>en Router#conf t Router(config)#int g0/1 Router(config-if)#ip add 192.168.1.1 255.255.255.0 Router(config-if)#no shut Router(config-if)#exit Router(config)#int g0/0 Router(config-if)#ip add 192.168.

m0_46237205的博客 1万+

MD学习网站汇总【自用】

msi2lmp 使用方法 msi2lmp.exe <ROOTNAME> {-print #} {-class #} {-frc FRC_FILE} {-ignore} {-nocenter} {-shift # # #} — <ROOTNAME>写自己的.car文件以及.mdf文件名，两类型文件名字一般是一致的 — -print == -p【0 只输出错误信息，1 最小输出（默认）2 冗长输出（通常用于开发和检查新数据文件的一致性），3 更详细输出（额外的debug信息）】

这是一个正经的RR 【Seriously 4728

别再让地图加载慢吞吞！GeoServer + GeoWebCache 缓存配置实战（附性能对比）

本文详细介绍了如何通过GeoServer和GeoWebCache优化地图服务性能，实现地图加载速度的显著提升。从缓存机制解析到实战配置流程，再到高级性能调优技巧，帮助开发者构建高效地图缓存系统，解决地图加载慢的问题。

weixin_42525369的博客 407

23、变压器与电抗器知识详解

本文详细介绍了电力变压器的基本原理、等效电路、测试方法及多种运行方式，涵盖双绕组与自耦变压器的建模与应用。深入探讨了变压器极性判断、并联运行条件、电压调节技术，并扩展至非线性、磁滞、EMTP和高频模型，用于瞬态分析。同时阐述了地磁感应电流（GIC）的影响及对偶建模方法。最后系统介绍了各类电抗器的应用场景与特性，包括限流、无功补偿、滤波及特殊用途电抗器，全面覆盖电力系统中变压器与电抗器的核心知识。

eee77的博客 150

直接利用头文件创建一个栈_分子模拟技术栈

分子模拟技术栈学习参考 .."LAMMPS data文件创建工具--moltemplate", Roy Kidgaussview 绘制基本小分子，导出pdb文件packmol 导入上一步的pdb文件，进行空间排布，导出系统的pdb文件moltemplate 导入系统的pdb文件，同时提供力场信息，生成lammps模拟所需的data文件和力场文件lammps 模拟虽然moltemplate...

weixin_42298105的博客 828

深入解析 OpenClaw（小龙虾）源码：架构设计与核心实现

OpenClaw用清晰、工程化的代码结构，将复杂的Agent交互流程变成了可管理、可扩展的流水线。无论是想深入了解Agent系统设计，还是希望二次开发定制自己的AI助理，阅读OpenClaw源码都是一次绝佳的学习旅程。希望本文能帮助你快速掌握OpenClaw的核心脉络。如果你对某个模块（如技能开发、安全机制）感兴趣，欢迎继续探讨。本文基于OpenClaw社区版本源码分析，具体实现可能随版本迭代有所调整，请以最新源码为准。

Ven%的博客 449

lammps建模_lammps建模方法，即生成data文件

本帖最后由 Kangtor 于 2020-7-20 21:22 编辑本文目的：汇总生成lammps data文件的方法，并“持续”对其进行更新解释。本文说明：(1)看完了公社中有着各种零零碎碎的方法，我希望能够将其汇总起来。这样利于本人之后查找学习，并且对公社有益。(2)本人目前刚开始接触这一块(其实只有3.到4天的样子)，还有许多不解之处。也希望各位大佬能够指正，补充，说明(3)本文中 “红色”...

weixin_39964819的博客 4608

老版QQ原生表情gif动态

这是老版的QQ表情，不过全是动态的的，Windows照片查看器是不会动的，可以右击用浏览器打开查看，再说一遍是老版的，只是分享给宁愿用老版也要动态的人。

精雕软件(JDpaint) 5.5 绿色版

精雕软件(JDpaint) 5.5 绿色版精雕软件(JDpaint) 5.5 绿色版精雕软件(JDpaint) 5.5 绿色版

Packmol聚合物通道模型建模方法

但是，对于聚合物相关的体系来说，先建模再删掉原子的方式容易形成断键，如果把整个分子删掉，又会造成通道不光滑。如下面的模型，可以使用outside关键词，设置分子的填充区域在圆柱区域之外，这样就可以得到中空的通道模型。用packmol建模可以完美的解决这个问题，在packmol中，可以任意指定分子的填充区域。常规的晶体通道模型是先建一个整体结构，然后通过删除原子的方式实现通道或者壁面模型。本文介绍lammps聚合物通道模型的建模方法。大家好，我是小马老师。

lammps_jiayou的博客 356

VC中sqlite的使用

在VC中对sqlite的使用，实现数据库大批数据的快速插入，读取数据库中的数据在ListCtrl中显示

分子模拟 || Lammps建模之奇淫技巧篇-科学指南针

准备SPC.pdb、SO4.pdb、Zn.pdb文件，准备model.inp文件，用packmol软件往蛭石每一个层内添加一定数量的SPC水(7个)、Zn2+（1个）、SO2-（1个）离子。准备SPC.lt、SO4.lt、Zn.lt、蛭石.lt（注意把蛭石内的三种O原子区分开）、model.lt文件，运行moltemplate生成model.data。编写py脚本处理一下步骤三导出的pdb文件，是的所有的原子坐标均为正数。Mg:绿色，Si:卡其色，Al:灰色，O:红色，H:白色，Zn:银色，S:暗黄色。

Allenkx的博客 525

visio安装包

Microsoft Office Visio 是一款专业的制图软件。利用经过更新的形状、协作工具和数据链接图表，创建专业级图表以简化复杂的信息。
点赞 0
评论 0
书签 书签 0
Mr_Chiu_Feb
Mr_Chiu_Feb
博客等级 码龄5年 0粉丝 1原创
+ 关注
评论
成就一亿技术人!
拼手气红包6.0元
还能输入1000个字符
 
表情包 插入表情
表情包 代码片
 条评论被折叠 查看
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值