脑部器官分割

脑部器官分割（Niftynet）

主要介绍niftynet平台下关于脑部160种器官的分割模型：highres3dnet_brain_parcellation

该网络从大脑MR图像中分解出160种类型的结构（包括155种神经解剖结构）

• 首先需要通过niftynet平台下载该zoo:

  net_download highres3dnet_brain_parcellation_model_zoo

  但是下载的过程中可能会遇到错误，导致无法下载到模型文件，所以这里推荐第二种下载方式，直接通过github下载到数据，权重，配置文件，然后解压后放到niftynet的指定目录之下：

• 执行模型预测:

net_segment inference -c ~/niftynet/extensions/highres3dnet_brain_parcellation/highres3dnet_config_eval.ini

• 原始数据图像:

• 预测掩膜图

问题：

1. 仔细找过原始论文及github作者也没说明究竟这个160种标注信息究竟是什么，如何进行对应；
2. 这个使用的影像图像为T1 MR图，但是在真实应用T1图时不知是因为影像拍摄角度跟侧重点不同原因等导致的，真实应用模型预测时效果特别差；

• 实际使用

• 原始图：

• 预测图:

这都是些啥子东西哦~~~~~~~~~~~