从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中 之 fastq文件单双端的问题

最新推荐文章于 2024-05-16 15:13:17 发布
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本文介绍了如何使用fastq-dump命令从SRA accession直接获取未经拆分的FastQ序列，包括不进行spot分割和针对单双端的处理。重点在于简化操作流程，避免技术细节的跳过。

转换为fastq，默认是分割成三个子文件，这里不需要分割，用下面代码

fastq-dump SRR000001 --split-spot --skip-technical

可以不用prefetch先下载，直接根据accession 拿到fastq

fastq-dump --split-files SRR390728

根据单双端拆分
在这里插入图片描述

fastq-dump --split-e SRR11192680

在这里插入图片描述

红色方框里面是得到的是拆分后的双端序列，一个是向前，一个是反向

从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中（上）-安装并配置SRA下载小工具，小工具使用
Julse的博客
12-23 1028
本文主要内容 从NCBI下载SRA文件，并转换fastq 文件 导入QIIME2 从NCBI下载SRA文件 安装SRA下载小工具 检查服务器版本 uname -a 2. toolkit下载地址 - 版本选择 https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 压缩包地址 https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubun
从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中（下）-清单文件建立，导入qiime2
Julse的博客
12-23 1583
本文主要内容 从NCBI下载SRA文件，并转换fastq 文件 导入QIIME2 导入fastq到QIIME2中 这是QIIME2 使用总结 一共有四种方式导入fastq到QIIME2 下面的内容参考 只有fasta文件，如何导入到qiime2 由于从SRA中提取的Fastq文件没有其他辅助文件，需要自行建立一个清单文件 可是我们的序列，只有fastq，其他信息一概不知道，也就没办法设置方向什么的了 这里再官网中发现了一种导入方式 unzip -q se-33.zip qiime tools imp
fastq-dump的安装及使用方法
hgz2020的博客
12-14 1万+
fastq-dump的安装及使用方法
fastq-dump ：报错问题unrecognized option: ‘--split-3‘
weixin_57130216的博客
06-25 1218
更新版本至3.0.5后可以用原命令将sra数据转成fastq.gz。验证不更新版本2.10.8，用--split-e ，所转得结果的一致。
通过ncbi的run列表编号利用Aspera来下载fastq文件，通过EBI-ENA数据库
2301_77668785的博客
04-14 1430
所以我们通过run值来分析 /SRR168/是run的前6位，而/029/是0加上run的后两位，SRR16820629_1是因为该rna为双端测序。所以我们可以通过run值将11位数的run的下载地址拼凑出来。所以结合上述代码的我们就可以构造出一个通过run值来构造Aspera下载地址的脚本了，就不用去ENA一个一个查询了（至于12个字符的run，我目前下载的run值没有碰到过）。当有了run列表后我们不可能一个一个的去ENA搜索他的sra下载地址。在上述逻辑上加入错误处理后可以收集下载不了的run了。
NCBI下载SRA数据及转换为fastq形式
qq_48116514的博客
05-10 1911
NCBI下载SRA数据，并转换为fastq格式
sra、fastq等文件的数据库下载
To pimp a butterfly
01-29 1993
aspera 测试下载命令 ascp -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i /root/miniconda3/envs/qiime2-2020.11/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz 下载速度能有56.7Mb/s 非常令人感动了 文件最后的保存地址是ubuntu默认下载文件
【NCBI SRA数据库在生物信息学中的应用】：六大案例深度剖析
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weixin_30492601的博客
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fastq-dump显示报错unrecognized option: ‘--split-3‘
hgz2020的博客
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fastq-dump显示报错unrecognized option: '--split-3'
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从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中 之完整流程
Julse的博客
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从SRA生成fastq文件中碰到的一些问题
crewkickse的博客
07-04 2656
在单细胞RNA测序中，通常使用双端测序技术，其中每个细胞的mRNA转录本被逆转录成cDNA，并通过Illumina测序仪进行两次测序，分别获得Read 1和Read 2的测序数据。Cell Ranger的输入是原始的双端测序的FASTQ文件，因此你应该使用`fastq-dump`命令生成的R1和R2文件，这两个文件包含了双端测序数据的配对读取（read）。通过生成这三个文件，可以保留并处理SRA文件中的所有测序数据，包括配对的读取（read）和未配对的读取（read），以便进一步的分析和处理。
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m0_67940717的博客
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在处理某个单细胞测序的文件时遇到的这个问题，原文标注数据为双端测序，而无论是用prefetch命令或者直接通过链接下载SRR文件，在我的服务器应用fasterq-dump命令转换为fastq文件时，最终生成的结果只有一个SRR000000_1.fastq文件，看了很多文章说用--split-3或者--split-file又或者是--include-technical参数调整，折腾了好几天，结果依然没有变化，得到的fastq文件不能输入cellranger进行进一步分析。
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11-01
将下载好的SRA文件通过SRA Toolkit的lite版本转为fastq文件，不同系统有不同的操作方法： - **Linux系统（以Ubuntu为例）**：使用`fastq-dump`命令，可加上`--split-3`参数对文件进行拆分。若要指定输出目录，可使用...
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