从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中（下）-清单文件建立，导入qiime2

本文主要内容

1. 从NCBI下载SRA文件，并转换fastq 文件
2. 导入QIIME2

导入fastq到QIIME2中

这是QIIME2 安装和 使用总结

一共有四种方式导入fastq到QIIME2

下面的内容参考
只有fasta文件，如何导入到qiime2

由于从SRA中提取的Fastq文件没有其他辅助文件，需要自行建立一个清单文件

可是我们的序列，只有fastq，其他信息一概不知道，也就没办法设置方向什么的了

这里再官网中发现了一种导入方式

unzip -q se-33.zip

qiime tools import \
  --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \
  --input-path se-33-manifest \
  --output-path single-end-demux.qza \
  --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

其中se-33-manifest文件内容如下：

# single-end PHRED 33 fastq manifest file for forward reads