从NCBI 下载SRA文件，导入到QIIME2 软件中（上）-安装并配置SRA下载小工具，小工具使用

本文主要内容

1. 从NCBI下载SRA文件，并转换fastq 文件
2. 导入QIIME2

从NCBI下载SRA文件

安装SRA下载小工具

1. 检查服务器版本

uname -a

2. toolkit下载地址 - 版本选择
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

压缩包地址
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz

安装教程

https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit

主要是解压，然后配置环境变量即可，没有用到管理员权限，下次开机可能要重新配

配置环境变量的方法：
$PWD 表示输入当前命令所在的路径
确保指向的是这个bin文件夹

export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin

如果路径没有设置对，which命令会出问题，或者没有输出