fastq-dump :报错问题unrecognized option: ‘--split-3‘

在使用SRAToolkit的2.10.8版本时,运行fastq-dump命令转换SRA数据到fastq.gz格式出现错误。查阅版本更新记录后,升级到3.0.5版本解决了问题。未升级时,可以使用--split-e选项得到相同结果。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

运行下面命令报错:

fastq-dump --gzip --split-3 SRR19XXX/SRR19XXX.sra -O SRR19XXX

 查SRA Toolkit版本号为

~/software/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64/bin/fastq-dump

查版本更新记录文档

https://github.com/ncbi/sra-tools/blob/master/CHANGES.md

 更新版本至3.0.5后可以用原命令将sra数据转成fastq.gz

验证不更新版本2.10.8,用--split-e ,所转得结果的一致

评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值