Ubuntu16.04下利用Aspera下载NCBI-SRA库基因数据

本文详细记录了在Ubuntu16.04系统中,利用Aspera工具从NCBI-SRA数据库下载大规模基因数据的过程,包括Aspera的安装与使用,以及下载后的数据转换为fastq格式,并使用fastQC进行质量检查的步骤。

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最近的研究是关于基因数据的压缩,于是就需要搞一些原始数据用于实验,不过WGS数据一般都很大,好在有神器Aspera能够帮助文件下载,不过Aspera第一次用着实遇到不少坑,不过好在最后成功了,以下是全过程:

首先,是关于NCBI-SRA数据库的介绍,可参考:https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413

其次,是有关Aspera的介绍和如何安装:https://blog.youkuaiyun.com/herokoking/article/details/78890567

不过上一篇文章里关于Aspear的使用命令我这里运行有些问题,可参考 http://blog.sina.com.cn/s/blog_42968d1e0102vtfl.html

参考上述文章我把asperaweb_id_dsa.putty和asperaweb_id_dsa.openssh复制出来,命令如下(注意是在.aspera文件夹所在目录下):

cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ~/
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/

这里以SRR034509数据的下

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