本文详细介绍了微生物菌群多样性分析的实验流程，包括样本的OTU划分、Alpha和Beta多样性分析，以及多样性的各类指数计算。通过序列预处理、质量控制，使用QIIME等工具进行序列比对和分类，分析丰度分布和样本间差异，揭示菌群结构和变化。此外，还涵盖了系统发育树构建、可视化方法，如GraPhlAN和热图分析。
参考链接https://www.docin.com/p-2107733531.html
在开始实验项目之前，明确实验流程，一步一步获取实验结果，以可视化工具展现结果，并加以生物学意义上的分析，获取完整的分析报告。下面给出菌群多样性分析报告中应包含的大致内容，并对实验流程做出指导性的阐述。
1.项目背景与概况
简单阐述所研究项目的国内外现状，本项目的目的与意义。
2.材料与方法（material and methods）
获取材料的方式主要有：现有数据库下载生物序列；测序实验采集；方法，这一部分内容主要阐述实验流程，各个步骤所采用的技术、算法、工具。
2.1原始数据测定实验流程
2.2数据分析流程
利用原始测序数据以及样本的分组信息进行一系列数据分析，流程如下。
（1）序列预处理和质量控制
（2）OTU划分与分类
划分得到样本的OTUs.获取各OTU的代表序列，通过各OTU所包含的reads数目，创建OTU_table;用于分类level鉴定和系统发育学分析。该分析过程可用一些可视化工具进行分析描述.
Q:利用什么方法划分样本的OTU？
各种工具，如：QIIMEE软件调用UCLUST序列比对工具，按照97%的序列相似度进行归并和OTU划分
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