.hdr/.img文件转nii.gz（利用Matlab和SPM）

最新推荐文章于 2023-12-27 21:54:42 发布

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本文详细介绍了如何使用Matlab、SPM及FSL工具将HDR/IMG格式的医学影像数据转换为NII.GZ格式，适用于4D时间序列数据处理。首先，通过优快云博主「咸鱼酱」提供的方法将HDR/IMG转为NII；其次，将多个NII文件压缩为NII.GZ；最后，利用FSL的fslmerge函数将多个3D NII文件按时间顺序整合成一个4D NII.GZ文件。

步骤1：参考优快云博主「咸鱼酱」，使用Matlab和SPM软件包将hdr/img格式的文件转成nii格式
原文链接：优快云博主「咸鱼酱」的原创文章：https://blog.youkuaiyun.com/Lyrassongs/article/details/88544903

%%img2nii.m--------------------------------------------
%Script to convert hdr/img files to nii.
%This script uses SPM function, so you need to install SPM5 or later.
%Kiyotaka Nemoto 05-Nov-2014
 
%select files
f = spm_select(Inf,'img$','Select img files to be converted');
 
%convert img files to nii
for i=1:size(f,1)
  input = deblank(f(i,:));
  [pathstr,fname,ext] = fileparts(input);
    output = strcat(fname,'.nii');
    V=spm_vol(input);
    ima=spm_read_vols(V);
    V.fname=output;
    spm_write_vol(V,ima);
end

步骤2：将nii文件打包成nii.gz文件（我发现这个方法是把每个.nii文件打包成一个.nii.gz，也就是说一个run有200个时间点，每个时间点有一个3D的.nii文件，那么这个方法就会转出200个.nii.gz文件）

gzip('niftifilename.nii') % this will return niftifilename.nii.gz
gzip('*.nii') % for multiple nii files to create one .nii.gz
gzip({'*.nii'},outputdir) 
%zip all your nii files into a nii.gz and place it into outputdir.

步骤3：把3D的nii文件按照时间连接起来，成为一个nii.gz的4D文件（这是FSL使用的文件格式）

fslmerge -t ～/桌面/alcohol/sbj01/A_01 ~/桌面/alcohol/sbj01/*nii
#这句代码说明把~/桌面/alcohol/sbj01/这个地址下的所有.nii文件按照时间顺序连起来
#然后保存为～/桌面/alcohol/sbj01/这个地址下的A_01.nii.gz文件

使用这个函数需要装FSL（需要linux或mac系统），下面是fslmerge的使用说明：

Usage: fslmerge <-x/y/z/t/a/tr> <output> <file1 file2 .......> [tr value in seconds]
     -t : concatenate images in time
     -x : concatenate images in the x direction
     -y : concatenate images in the y direction
     -z : concatenate images in the z direction
     -a : auto-choose: single slices -> volume, volumes -> 4D (time series)
     -tr : concatenate images in time and set the output image tr to the final option value