美国阿贡国家实验室发布快速自动扫描套件 FAST,助力显微技术「快速阅读」成为可能...

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By 超神经

「我高兴地在北京市的天安门广场上看红色的国旗升起」

快速阅读一下这个句子,大家可能会发现,只需「我在天安门广场看升旗」几个字,就能概述我们需要的信息,也就是说,无需逐字逐句地阅读,抓住重点即可破译全部信息。那么,科学研究是不是也能如此呢?

受此启发,研究人员将人工智能 (AI) 与显微技术结合,训练 AI 主动识别样本中的关键特征,供研究者分析。不同于传统显微技术中对样本的全点式扫描,AI + 显微技术的方法彻底改变了研究人员获取样本数据的方式,显著加快实验进程,实现了微观层面的「快速阅读」。

作者 | 加零

编辑 | 雪菜、三羊

显微镜的原理是通过扫描样品产生空间分辨信号,收集信号进行分析,从而形成样品图像。随着仪器仪表技术的不断进步,显微镜的扫描速度和分辨率都有了很大提升。

但是,高分辨率的显微扫描实验有一些明显的缺点:产生的数据量庞大,且探针对样品的损伤也很大。以在 ≈10 nm 的分辨率下进行 1mm^3 体积的 X 射线成像为例,传统扫描方式会产生 10^15 体素的数据,并且需要相当大剂量的探针。

同时,样本中的大多区域信息密度低、可以直接忽略,反而是少部分的「边界、缺陷、特殊元素」区域包含丰富的信息量,需要重点研究。

精准定位信息密度大的关键区域,传统方法主要依赖经验丰富的操作员分析数据、指导探针扫描,这极大增加了工作量,拖慢实验进度。

那么,有没有可能引入 AI ,让它帮助研究者识别样本中的研究重点,加速数据采集和分析呢?

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在 APS 进行自动暗场扫描显微实验的艺术图示

为此,美国阿贡国家实验室 (Argonne National Laboratory) 的研究人员开发了 FAST (Fast Autonomous Scanning Toolkit),它是一个快速自动扫描套件,与传统显微镜研究样本的全点式扫描不同,FAST 允许 AI 自动识别扫描的位置,从而高效精准的获取样本信息。目前相关成果已发表于「Nature Communications」。

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相关成果已发表于「Advanced Science」

FAST 科研人员在模拟测试 (simulations) 及暗场 X 射线 (dark-field X-ray) 显微镜实验中,对 WSe2 film 进行了 FAST 扫描,结果表明,<25% 的 FAST 扫描就足以准确地成像并分析样本。

论文链接:

https://www.nature.com/articles/s41467-023-40339-1

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实验过程

训练数据

利用通用图像训练算法

FAST 所采用的算法不需要利用大型数据集开展训练,AI 可利用通用图像识别感兴趣的区域。

训练数据由 MIT Libraries,USC-SIPI Image Database 和 Scikit-image software package 公开提供的图像生成。

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所用的测试图像示例

FAST

快速自主扫描工具套件

FAST 全称 Fast Autonomous Scanning Toolkit,它结合了 SLADS-Net 方法、路径优化技术以及高效且模块化的硬件控制,是一个快速自主扫描工具套件,可用于基于同步加速器的扫描显微镜 (synchrotron-based scanning microscopy) 的实时采样和扫描路径选择。

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FAST 工作流程

A:一组准随机 (quasi-random) 初始测量值被传输到边缘设备,依次生成初始样本估计,计算下一个要测量的候选点 (candidate points),并计算出测量路径。新测量值与现有的测量值结合,计算新估计值,重复该过程直至达到完成标准。

B:候选点运算开始时会检查每个未被测量 point P(半径为 r)的局部邻域,已经测量过的点会高亮,从而生成 6 维特征向量。使用径向基核函数 (RBF) 内核将特征向量转换为 50 维向量,并作为多层神经网络 (NN) 的输入。接下来神经网络 (NN) 会通过测量 point P 对图像预期改进进行预测 (ERD)。选择 ERD 最高的一组未测量像素,作为下次测量的候选。

FAST 的训练不依赖具体的样本数据,就可以动态测量和重构一个复杂的(非二进制)样本,这与现有的基于 SLADS 的工作流程有所不同。此外,与获取时间 (acquisition time) 相比,其计算成本可以忽略不计,即使运行在低功耗边缘计算设备(放在同步加速器束线)上也是如此,这对于更通用的自主实验技术而言具有显著优势。

这些特性使得 FAST 能够应用于 APS hard X-ray nanoprobe beamline 上现有的高精度纳米级扫描 X 射线显微镜仪器。

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性能验证

FAST

优于静态取样方法

为了验证 FAST 的性能,研究人员将其与另外 3 种静态取样技术进行了对比实验。

实验对象:即测试数据集,为一张 600 × 400 像素的暗场图像,代表 24 万个可能的测量位置,覆盖 900 × 600 μm 的物理区域,并包含多片不同厚度的 WSe2 切片;

对比方式:3 种静态采样技术分别为栅格 (RG, Raster grid) 采样、均匀随机 (UR, Uniform random) 采样、低差异 (LDR, Low-discrepancy) 准随机采样;

实验过程:在相同的扫描覆盖率下,生成 FAST、RG、UR 和 LDR 采样重建图像。

对比一:

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FAST 与静态采样重建图像对比

A :ground truth 图像,颜色刻度代表归一化强度

B-D:10% 扫描覆盖率下 RG、LDR 和 FAST 重建图像

结果显示:FAST 采样能够高保真地再现实验对象中边界、气泡和不同厚度水平之间的过渡区域。

对比二:

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不同扫描覆盖率下

FAST 与静态采样方法性能对比

A:归一化平方平均数误差 (NRMSE) 随扫描覆盖率的变化,值越低性能越优;

B:结构相似性度量 (SSIM) 随扫描覆盖率的变化,值越高性能越优。

结果显示:FAST 采样效率高,在扫描覆盖率达到 27% 时,实现了稳定重建;静态取样的 3 种方法要达到同样的效果,则需要更长的时间。

对比三:

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相同取样条件下,覆盖率 10% 时 

FAST 及 2 种静态取样方法的实际测量位置

结果显示,FAST 重建结构相似性高,误差低。

未来可通过在 FAST 方法中使用更复杂的修复技术 (inpainting technique),来进一步改善结果。

以上 3 组对比结果显示:

FAST 优于静态采样技术。FAST 会优先选择具有显著异质性的区域进行采样,而非均匀区域。这极大减少了在空白区域无效取样的时间,对稀疏样本特别有效。

FAST

具备高效、精准的暗场图像重建能力

在同步加速器光束线实验中,FAST 进一步展现了卓越性能。

此实验过程完全由 AI 自驱动进行,研究人员除启动 FAST 脚本外没有进行任何干扰。实验样本是变形的 WSe2 薄片,空间分辨率为 100 nm。

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FAST 扫描的演进

A、C、E :5% 、15% 和 20% 扫描覆盖率下 FAST 重建暗场图像;

B、D、F :相应的实际测量点;

G :通过全网格逐点扫描(100% 覆盖率)获得的图像;

A-G:颜色刻度显示了归一化强度;

H:仅显示在 15%-20% 覆盖率之间的采样点。

上图显示,低扫描覆盖率的情况下,FAST 方法优先识别了一些异质性区域,如气泡的边缘;随着扫描覆盖率逐步上升,重建结果越发清晰,在 15%-20% 的扫描覆盖率之间重建图像达到稳定。

20% 扫描覆盖率下,FAST 可清晰、准确地复制全扫描图像中所有主要特征,同时帮助实验节省约 80 分钟 (≈65%) 的时间,大大提高了实验效率。

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AI + 显微技术的未来

FAST 流程的优势不仅在提升显微数据采集效率,还在于广泛的应用范围。来自美国阿贡国家实验室的科学家 Tao Zhou 说「从 X 射线显微镜到电子显微镜再到原子探针显微镜,这种技术可以为任何需要二维扫描的显微镜研究赋能」。

未来,AI 技术也将在显微技术领域迎来更深入地应用。通过训练,AI 正逐步接手如自动化图像分析和识别、图像增强和重建、定量分析和疾病诊断等任务。

AI + 显微技术,朝着更清晰、更高效、更精准的未来走去,科学研究的边界也将不断拓宽。

参考链接:

[1]https://www.nature.com/articles/s41467-023-40339-1

[2]https://phys.org/news/2023-10-artificial-intelligence-scientists-self-driving-microscopy.html

[3]A Supervised Learning Approach for Dynamic Sampling

—— 完 ——

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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[![Bitdeli Badge](https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/rasmusbergpalm/deeplearntoolbox/trend.png)](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")

抽象主义人工智能和生命体AI的内在联系

彭军辉提出“抽象主义人工智能”作为第四大AI范式,批判符号主义、连接主义、行为主义剥离生命本体的误区,确立“智能是现象,生命是本体”的核心公理。主张原生智能必须依附具备存续诉求的生命本体,提出“生命体AI理论”,构建七层演化阶梯与自闭环工程框架,强调智能不可跳过底层存续机制直接模拟语言。该体系为生成式AI提供科学边界,推动从“仿真表象”向“原生智能”的范式跃迁,开辟硅基人工生命新赛道。

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