使用ggsci包中的scale_fill_locuszoom功能进行LocusZoom图的可视化配色是一种常见的需求

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本文介绍了如何在R语言中利用ggsci包的scale_fill_locuszoom函数为LocusZoom图设置填充色。通过详细步骤展示如何安装依赖包,创建示例数据集,以及应用不同配色方案,如'locuszoom'、'blue'、'red'和'green',以满足不同的可视化需求。

使用ggsci包中的scale_fill_locuszoom功能进行LocusZoom图的可视化配色是一种常见的需求。在R语言中,我们可以使用该功能来指定LocusZoom图的填充色配色符合要求。下面是一份详细的教程,展示了如何使用scale_fill_locuszoom函数进行LocusZoom图的配色。

首先,确保已经安装了ggplot2和ggsci包。可以使用以下代码安装这些包:

install.packages("ggplot2")
install.packages("ggsci")

安装完毕后,我们需要加载这些包:

library(ggplot2)
library(ggsci)

接下来,我们创建一个示例数据集,用于生成LocusZoom图。这里我们使用mtcars数据集作为示例:

data(mtcars)

接下来,我们使用ggplot函数创建一个初始的图形对象,并指定x轴和y轴的变量:

p <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg))

现在,我们可以使用scale_fill_locuszoom函数来指定填充色的配色方案。这个函数接受一个参数,即配色方案的名称。以下是几个常用的配色方案:

  • “locuszoom”:
setwd("/Volumes/芦苇常用/DPN学习/1.差异分析/第四版差异分析") A <- KEGG library(ggplot2) library(forcats) library(ggsci) # 加载提供Lancet配色 # 数据处理 A$Description <- as.factor(A$Description) A$Description <- fct_inorder(A$Description) # 按Group分组,在每个分组内按Count降序排列 library(dplyr) A_sorted <- A %>% group_by(Group) %>% arrange(desc(Count), .by_group = TRUE) %>% ungroup() %>% # 创建有序因子确保绘顺序 mutate(Description = factor(Description, levels = unique(Description))) # 第二步:计算标签右移距离(基于排序后数据) nudge_value <- 0.08 * max(A_sorted$Count) # 第三步:绘使用排序后的数据) p <- ggplot(A_sorted, aes(Description, Count)) + geom_bar(aes(fill = Group), stat = "identity", position = position_dodge(width = 0.75), width = 0.7) + geom_text(aes(label = Count, group = Group), position = position_dodge(width = 0.75), nudge_x = nudge_value, hjust = -0.8, size = 3.5, color = "black", fontface = "bold")+ coord_flip() + labs(x = '', y = 'Count') + scale_fill_npg() + #或scale_fill_npg scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0, 0.15))) + theme_bw() + theme( panel.grid = element_blank(), panel.border = element_blank(), # 去掉边框 axis.line = element_line(color = "black"), # 画坐标轴线 axis.line.x.top = element_blank(), axis.line.y.right = element_blank(), legend.position = 'right', axis.ticks.y = element_blank(), axis.text.y = element_text( size = 12, colour = "black", margin = margin(r = 15, t = 9, b = 9) # 调整Description文本的边距,增加上下间距 ), axis.text.x = element_text(size = 12), axis.title.x = element_text(size = 15), plot.margin = unit(c(2, 1, 1, 1), "cm"), # 增加边距,尤其是右边距和上边距 aspect.ratio = 1.8 ) # 保存为svg,增加宽度和高度(根据Description的数量调整高度,数量多则高度更大) ggsave("KEGG_plot.svg", plot = p, width = 16, height = 17, units = "in") 修改代码,让横纵坐标变为Genetdio,横纵坐标交换,柱子的颜色变为渐变色,其余不变
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10-07
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