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这篇文章通过整合深度学习技术与大规模全基因组关联研究（GWAS），深入探索了主动脉瓣功能变异与主动脉瓣狭窄（AS）风险之间的遗传基础，这对于开发AS的预防策略和药物靶点具有重要意义。主动脉瓣狭窄是一种常见的瓣膜性心脏病，目前尚无有效的药物治疗手段。研究团队利用深度学习模型，从英国生物样本库（UK Biobank）中近6万名参与者的心脏磁共振成像（cMRI）数据中，自动提取了主动脉瓣口面积、峰值流速和平均跨瓣压差等关键生理指标。
2025-12-25 23:20:49
973
原创 Science | 本周最新文献速递
这篇文章通过整合全基因组染色质可及性分析、表观遗传编辑以及高通量CRISPR筛选技术，探索了细胞外基质（ECM）硬度如何通过非编码基因组区域调控基因表达，这对于理解组织发育、再生以及纤维化和癌症等疾病的发生机制具有重要意义。研究人员在软（1 kPa）和硬（50 kPa）的水凝胶上培养人成纤维细胞和肺腺癌细胞，发现基质硬度显著改变了基因表达和染色质开放性。通过CRISPR干扰（CRISPRi）技术，研究团队鉴定了一类对机械力敏感的顺式调节元件，命名为“机械增强子”（mechanoenhancers）。
2025-12-18 23:10:29
986
原创 Nature | 本周最新文献速递
这篇文章通过对1,364例具有详细临床注释的乳腺癌样本进行全基因组测序（WGS）和转录组分析，探索了乳腺癌的基因组全景图谱及其临床意义。这项研究构建了迄今为止最大的乳腺癌全基因组队列（CUBRICS），不仅扩展了致癌变异的库，还鉴定出了包括BCL11B和RREB1在内的新的驱动基因、复发性基因融合、结构变异和拷贝数变异。研究人员利用突变特征分析，揭示了同源重组缺陷（HRD）、肿瘤突变负荷（TMB）和肿瘤内异质性评分（MATH）等基于模式的基因组特征与临床结果之间的紧密联系。
2025-12-16 23:01:19
761
原创 Nature | 本周最新文献速递
这篇文章通过对来自22名转移性癌症患者的16种器官的168个无癌正常组织样本进行高深度双链测序（Duplex Sequencing），探索了癌症治疗及外源性因素对正常组织体细胞进化的影响，这对于理解癌症治疗的长期副作用及继发性肿瘤风险具有重要意义。研究团队利用PEACE尸检项目的独特资源，结合详细的临床治疗记录，绘制了正常组织在化疗、放疗和免疫治疗压力下的突变图谱。研究发现，正常组织中普遍存在低频体细胞突变，且突变负荷与年龄、组织类型及治疗史密切相关。
2025-12-16 22:47:42
605
原创 Cell | 本周最新文献速递
这项研究凸显了人工智能在转化精准免疫肿瘤学方面的巨大潜力，通过提供全面、空间信息丰富的TIME视图，揭示了新的空间和组合蛋白质激活模式，这对于深入理解免疫应答和肿瘤进展至关重要，并对推进癌症诊断和治疗策略具有重要意义。这项研究展示了一个强大的方法学框架，用于分离、测序、分析和验证跨越漫长历史时期保存下来的转录组，凸显了aRNA分子提供超越DNA测序的额外生物学信息的潜力。这项工作预示着整合基因组学、蛋白质组学和转录组学的综合古生物学研究的兴起，为已灭绝古动物群的生物学和进化提供了前所未有的深入见解。
2025-12-10 23:18:01
785
原创 2025-12-02-Nature 本周最新文献速递
这些发现提供了稀有变异遗传力的高精度估计，解释了许多表型的遗传力，并为未来通过GWAS设计更优化的实验以识别复杂性状的因果遗传变异提供了重要指导。这篇文章提出了一种名为“子树修剪和再嫁接”的树评估（SPRTA）方法，旨在高效且可解释地评估系统发育树的置信度，特别适用于大流行规模的基因组流行病学数据。研究团队将SPRTA应用于超过200万个SARS-CoV-2基因组的全球系统发育树，成功识别了许多变异株可能的替代演化起源，并评估了Pango谱系分类系统的可靠性，同时揭示了系统发育不确定性对推断突变率的影响。
2025-11-30 21:03:00
766
原创 2025-11-30-Nature 本周最新文献速递
传统观点认为TAC3中间神经元是灵长类特有的，但本研究发现，这种最初在发育中指定的MGE源性TAC3中间神经元类群在胎盘哺乳动物中广泛保守，但在演化过程中发生了谱系特异性的修饰。这些数据清晰地描绘了人类对猪肾的免疫反应的分子调控，并揭示了潜在的免疫调节靶点，这对于改进异种移植存活率具有重要意义。半陆生和完全陆生谱系展现出不同的基因组适应模式，但都演化出了相似的生物学功能，如渗透调节、应激反应、免疫、感官接收和解毒等，这表明适应陆生环境的关键在于这些特定的生物学功能。
2025-11-30 20:56:08
692
原创 2025-12-01-Nature 本周最新文献速递
传统观点认为肿瘤起源于单个突变细胞的克隆扩增，但本研究发现，许多癌前息肉（40%的良性息肉和28%的异型增生息肉）由多个早期分化的遗传谱系组成，这与多克隆起源的假设一致。研究团队通过实验测试了生成的抗CRISPR蛋白和II型及III型毒素-抗毒素系统的活性，包括与天然蛋白无显著序列相似性的从头基因，验证了该方法的有效性。这对于利用生物语言模型扩展合成生物学和基因发现的边界具有重要意义。在小鼠模型中进行过继细胞转移后，来自细胞簇的T细胞表现出更好的患者来源黑色素瘤控制，这与T细胞浸润和激活的增加有关。
2025-11-30 18:03:07
337
原创 Nature | 本周最新文献速递
研究团队利用611,423个成年小鼠单细胞转录组和614,569个来自不同发育时间点的单细胞转录组数据，构建了一个分层化的成年端脑GABA能神经元细胞类型分类体系，包含7个类别、52个亚类、284个超型和1,051个簇，以及一个从胚胎第7天到出生后第14天的相应发育分类体系（1,688个簇）。研究团队识别了新细胞类型出现的关键分化点和分子特征，揭示了细胞类型多样化在皮层发育过程中是持续发生的，尤其是在眼开期和关键期，新的细胞类型会大量涌现。
2025-11-30 17:33:59
932
原创 2025-11-29-Nature Genetics | 本周最新文献速递
这项研究不仅揭示了MYB基因在陆地棉胚珠和纤维早期发育中的关键作用，还为棉花研究和分子育种提供了全面的多组学资源，对于培育高产优质棉花新品种具有重要意义。这项研究不仅为教育领域选择的遗传基础提供了全面的见解，还为职业兴趣和社会分层的“水平”方面揭示了新的研究方向，对于理解人类行为的复杂性及其在社会中的影响具有重要意义。这项研究不仅为甜玉米风味复杂性提供了全面的遗传和生化基础，还揭示了甜玉米风味与产量之间的权衡关系，为平衡产量和品质的育种策略提供了新的靶点和工具，对于推动甜玉米研究和分子育种具有重要意义。
2025-11-30 00:29:20
629
原创 2025-11-28-Nature Genetics 本周最新文献速递
这项研究不仅揭示了甲状腺功能减退症的复杂多基因性质和免疫相关机制，还为甲状腺功能减退症的精准诊断、风险分层和潜在治疗靶点提供了新的工具，对于改善患者的预后和开发个性化治疗方案具有重要意义。颗粒细胞在PCOS发展中被认为尤为重要。这篇文章提出了一种基于责任阈值模型（LTPI）的疾病风险预测方法，它通过结合遗传相关性与EHR表型数据（包括二元和连续性状、诊断代码、家族疾病史、实验室测量和生物标志物），推导出新的连续性状表型，这对于提高疾病风险预测的准确性和全基因组关联研究（GWAS）的功效具有重要意义。
2025-11-29 22:39:37
717
原创 2025-11-27-Nature Genetics 本周最新文献速递
此外，基于质谱成像的空间代谢组学分析显示，MASLD特异性磷脂积累，可能与LAMs中脂蛋白相关磷脂酶A2（Lp-PLA2）介导的磷脂代谢有关，揭示了疾病特异性代谢改变与细胞功能之间的联系，Lp-PLA2的MITF依赖性表达可能赋予LAMs铁死亡抵抗能力，从而维持其脂质代谢能力。这些跨模态、高分辨率的数据共同构建了一个全面的MASLD细胞和分子图谱，为未来的机制研究和治疗干预提供了宝贵的资源，并为MASLD的诊断和治疗提供了新的生物标志物和靶点，对于深入理解MASLD的病理生理学和开发新型疗法具有重要意义。
2025-11-29 22:15:19
510
原创 Nature Genetics | 本周最新文献速递
这篇文章通过对一组具有神经发育障碍的患者进行系统的临床和遗传学分析，并结合在小鼠海马神经元和秀丽隐杆线虫中进行的深入功能实验，探索了 _UNC13A_基因的种系变异如何导致一种新的神经发育综合征及其潜在的致病机制。这篇文章通过结合基于CRISPR的表观遗传编辑工具和c-Fos驱动的印迹（engram）细胞标记技术，探索了在记忆印迹神经元集合中，对特定基因位点（_Arc_基因启动子）进行时空可控的表观遗传修饰是否足以调控记忆的表达。更重要的是，这种表观遗传修饰在同一个体中是可逆的，证明了其固有的可塑性。
2025-11-06 23:39:55
602
原创 Nature Genetics | 本周最新文献速递
研究发现，这两个亚种在端粒和着丝粒的大小及结构组织上表现出显著的变异性。这对于全面理解哺乳动物基因组的结构、功能和进化，特别是染色体末端和中心区域的生物学，以及解析与这些区域相关的疾病遗传基础具有重要意义，为未来的功能实验和进化分析提供了前所未有的高质量基因组资源。基于这一强大的基因组资源，研究人员系统地进行了泛基因组分析、结构变异（SV）鉴定和全基因组关联研究（GWAS），探索了玉米中广泛的遗传变异如何影响其在不同生长阶段（苗期和开花期）的抗旱能力，并深入挖掘了控制这一复杂性状的关键基因和分子机制。
2025-11-04 19:55:19
897
原创 Nature | 本周最新文献速递
这篇文章通过构建33个野生和栽培燕麦品系的染色体级别高质量泛基因组，并结合了覆盖6个不同组织和发育阶段的23个品系的泛转录组数据，探索了六倍体燕麦基因组的结构变异、基因表达多样性及其与开花时间、株高等重要农艺性状的关联。在泛基因组分析中，作者构建了102,076个层次正交组（HOGs），核心基因组占32.7%（涉及花发育、营养吸收等基本过程），壳基因组占66.2%（富含防御和转录因子，如MYB、WRKY），云基因组占1.1%（富含磷脂酰肌醇信号和P型ATP酶）。图泛基因组捕捉了更多变异，提升关联分析。
2025-10-31 22:05:21
721
原创 Nature | 本周最新文献速递
这篇文章通过开发CloneSeq-SV技术，结合单细胞全基因组测序和cfDNA靶向深度测序，追踪了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者治疗期间的克隆演化，探索了耐药性克隆的起源、基因组特征和转录状态，这对于开发基于演化的适应性治疗方案以克服耐药性具有重要意义。
2025-10-12 11:52:15
846
原创 2025-10-11-Nature Genetics|本周最新文献速递
这篇文章通过整合单细胞多组学（scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq）和空间转录组（Stereo-seq）数据，系统性地探索了食管鳞状细胞癌（ESCC）转移性肿瘤微环境（TME）的细胞和空间结构，发现并表征了一种免疫抑制性GPR116+周细胞亚群，揭示其通过EGFL6-整合素β1轴促进肿瘤转移和免疫治疗抵抗的分子机制，这对于开发针对转移性癌症的创新治疗策略和早期诊断生物标志物具有重要意义。GPR116+周细胞（GPR116+ pericytes）是。
2025-10-12 11:42:28
988
原创 Nature Genetics | 本周最新文献速递
这篇文章通过scRNA-seq和snRNA-seq数据，分析1,793,854个来自15头牛（包括胎牛、犊牛和成年牛，跨越两性）的细胞，构建覆盖59种组织的牛细胞图谱，探索了细胞类型、转录因子调控、细胞间通信的组织内和组织间异质性，并与GWAS整合识别单基因和复杂性状相关细胞类型，如精母细胞与精子活力、兴奋性神经元与乳脂产量。同时，发现渐进改变允许细胞适应，维持基因组稳定。首次大规模整合多祖先脑蛋白数据，识别出858个多祖先因果pQTL，并揭示29%为编码变异，与21种神经疾病相关，提供新分子模型基础；
2025-09-15 23:20:31
667
原创 Nature | 本周最新文献速递
这篇文章通过高通量测序分析结直肠癌和胰腺癌患者肌肉活检的RNAome（编码和非编码RNA），运用无监督聚类方法识别分子亚型，探索了癌症相关肌肉萎缩的分子机制，这对于揭示恶病质病理并开发针对性干预具有重要意义。
2025-09-12 17:15:36
1185
原创 Nature | 克隆拷贝数多样性影响肺癌生存
肺癌、克隆拷贝数、ALPACA方法、染色体不稳定性、生存预后这篇文章是2025年8月发表在《Nature》杂志上的一篇研究，标题为“Clone copy number diversity is linked to survival in lung cancer”。这篇文章通过开发新型算法ALPACA，探索了肺癌中单核苷酸变异（SNV）和体细胞拷贝数变异（SCNA）的共同演化，这对于揭示肺癌转移机制、提升预后预测具有重要意义。癌症发展过程中，SNV和SCNA共同驱动克隆演化，导致肿瘤异质性和染色体不稳定性（C
2025-09-02 22:58:39
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原创 使用cytoscape绘制高级的网络图
网络图大家应该不陌生，Gene Ontology，PPI等经常会用到网络图。比如下图是大家熟悉的Gene Ontology网络图:今天教大家怎么用cytoscape绘制高级的网络图。
2025-09-02 15:23:43
1400
原创 Sum of Single Effects Linear Regression (susieR)：多个因果变异位点的鉴定
其中，file是指包含zscore.txt文件中所有SNP的plink格式文件。注意，file.bim的SNP顺序要跟zscore.txt的SNP一列的顺序完全一致，不然后面运行susieR的时候会报错。使用susieR鉴定多个因果变异位点只需要两个输入文件，一个输入文件是包含Zscore值的SNP位点（zscore.txt），另一个文件是LD matrix（LD.matrix.ld）。注意的是，第三个因果集中包含许多变量，包括真正的因果变量403。其中，真正的因果变量以红色显示。
2024-06-26 21:00:35
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原创 GWAS：plink进行meta分析
致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX。之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。
2023-11-26 22:39:58
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原创 基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）的计算
基因型比值比（genotypic odds ratio）和等位基因比值比（allelic odds ratio）是两个不同的概念。一般而言，通过PLINK、GCTA等工具计算得到的比值比指的是等位基因比值比。需要注意的是，基因型比值比考虑的是不同基因型之间的比值，而等位基因比值比则专注于特定等位基因的比值。的genotypic odds ratio=n13*n21/(n11*n23)的allelic odds ratio=m12*m21/(m11*m22)以下是基因型比值比和等位基因比值比的各自计算公式。
2023-08-14 21:55:18
727
原创 GWAS：表型的标准化（the normalization of phenotype）
Quantile normalization 适用于偏态分布或异常值较多的情况， Inverse rank normalization 在样本量较小时具有更高的准确性，Z-score 适用于具有不同单位或量表的表型，允许比较不同单位或量表的表型。从我查阅的文献来看，在GWAS中，使用Quantile normalization进行连续型表型标准化的比较多。
2023-06-20 22:08:27
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原创 GWAS：mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS) 分析
mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用：通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析，发现更多的表型相关基因座。以抑郁症状、神经质和主观幸福感这三个表型为例，分别对他们进行GWAS分析，鉴定得到32、9 和 13个基因座与它们相关。当将这三者进行mtag分析后，则可发现64、37 和 49 个基因座与它们相关，说明mtag可以提高发现表型相关基因座的能力；
2023-02-14 21:31:49
2509
原创 Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析
图片来源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data[R]. Nature Publishing Group, 2022.
2022-12-15 21:06:42
2504
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原创 本周最新文献速递20220522
本周最新文献速递20220522一、精细解读文献 一文献题目： Single-nucleus chromatin accessibility profiling highlights regulatory mechanisms of coronary artery disease risk不想看英文题目： 单细胞染色质可及性分析突出了冠状动脉疾病的调节机制杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)研究意义： 冠状动脉疾病 (CAD)是最常见的心血管疾病，由血管壁损伤和.
2022-05-22 23:11:16
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原创 本周最新文献速递20220515
本周最新文献速递20220515一、精细解读文献 一文献题目： Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and translation不想看英文题目： 2 型糖尿病的多血统遗传研究提高了不同人群的发现和转化能力杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)研究意义： 2 型糖尿病（T2D）的全球患病率在.
2022-05-16 09:53:27
817
原创 本周最新文献速递20220508
本周最新文献速递20220508一、精细解读文献 一文献题目： Plasma proteome analyses in individuals of European and African ancestry identify cis-pQTLs and models for proteome-wide association studies不想看英文题目： 欧洲和非洲血统个体的血浆蛋白质组分析鉴定 cis -pQTLs 和蛋白质组关联结果杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.3.
2022-05-08 20:50:02
778
原创 本周最新文献速递20220423
本周最新文献速递20220423一、精细解读文献 一文献题目： Nonlinear control of transcription through enhancer–promoter interactions不想看英文题目： 增强子-启动子相互作用的非线性转录调控杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)研究意义： 哺乳动物的转录过程依赖于增强子和启动子之间的三维相互作用，尤其是拓扑关联结构域（TAD）和 CTCF 介导的染色质环（chromatin loop） 。 然.
2022-04-23 22:53:36
1195
原创 本周最新文献速递20220410
本周最新文献速递20220410一、精细解读文献 一文献题目： Mapping genomic loci implicates genes and synaptic biology in schizophrenia不想看英文题目： 解析精神分裂症的易感基因和突触生物学杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)研究意义： 发现更多的精神分裂症易感基因结论：对 74,776 名精神分裂症患者和 101,023 名健康对照进行全基因组关联研究 (GWAS)，总共发现了 .
2022-04-10 23:16:04
837
原创 本周最新文献速递20220327
本周最新文献速递20220327一、精细解读文献 一文献题目： Genetic regulation of post-translational modification of two distinct proteins不想看英文题目： 两种不同蛋白质翻译后修饰的遗传调控模式杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)研究意义： 翻译后修饰 (PTM) 使得蛋白质产生多样性并影响大部分细胞的生理状态。N-糖基化属于常见的 PTM ，然而，其遗传调控机制仍不清楚。为此，.
2022-03-27 16:30:07
1559
原创 本周最新文献速递20220320
本周最新文献速递20220320一、精细解读文献 一文献题目： Genetic associations at regulatory phenotypes improve fine-mapping of causal variants for 12 immune-mediated diseases不想看英文题目： 调控元件相关表型的遗传关联有助于 12 种免疫介导疾病因果变异位点的精细定位杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)研究意义： 因果变异位点的鉴定有助于理.
2022-03-20 19:16:38
2354
原创 本周最新文献速递20220313
本周最新文献速递20220313一、精细解读文献 一文献题目： Prediction of histone post-translational modification patterns based on nascent transcription data不想看英文题目： 基于新生转录数据的组蛋白翻译后修饰模式预测杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)研究意义： 组蛋白修饰在转录中的作用至今仍未完全了解。为此，作者使用实验扰动结合机器学习探究组蛋白修饰与转录之.
2022-03-13 13:16:15
1621
原创 本周最新文献速递20220306
本周最新文献速递20220306一、精细解读文献 一文献题目： Genome-wide analysis provides genetic evidence that ACE2 influences COVID-19 risk and yields risk scores associated with severe disease不想看英文题目： 全基因组分析表明 ACE2 与 COVID-19 严重疾病风险相关杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)研究意义： .
2022-03-06 20:17:01
940
原创 本周最新文献速递20220227
本周最新文献速递20220227一、精细解读文献 一文献题目： Genetic associations of protein-coding variants in human disease不想看英文题目： 人类疾病中蛋白质编码变异位点的遗传关联杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)研究意义： 全基因组关联研究 (GWAS) 鉴定了数千种与人类疾病风险相关的变异位点。然而，在稀有和低频位点的关联分析方面仍缺乏统计效力。因此，作者整合 392,814 名英国生物银行（.
2022-02-27 18:29:34
789
原创 本周最新文献速递20220123
本周最新文献速递20220123一、精细解读文献 一文献题目： Multi-ancestry eQTL meta-analysis of human brain identifies candidate causal variants for brain-related traits不想看英文题目： 人脑的多血统 eQTL 荟萃分析确定了大脑相关性状的候选因果变异位点杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)研究意义： 全基因组关联研究 (GWAS) 发现了数百个与大.
2022-01-23 15:57:02
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原创 本周最新文献速递20220116
本周最新文献速递20220116一、精细解读文献 一文献题目： Mendelian randomization analyses support causal relationships between blood metabolites and the gut microbiome不想看英文题目： 孟德尔随机化分析支持血液代谢物与肠道微生物组之间的因果关系杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)研究意义： 肠道微生物组与多种生理疾病相关，但之间的因果关系仍未很好解释清.
2022-01-16 23:31:39
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