#TCGA系列#利用perl处理肺癌多样本miRNA表达谱

Talini

于 2019-07-12 17:35:06 发布

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分类专栏： perl 生物文章标签： TCGA miRNA perl

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/DeepSeaYu/article/details/95634128

本文介绍如何使用Perl脚本将TCGA肺癌项目的单个样本miRNA表达谱数据整理成矩阵形式，便于后续分析。通过解析文本文档中的RPM值，将数据转换为适合分析的结构。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

我们利用第三方工具下载TCGA数据时，可能下载到的是单个样本的miRNA表达谱，如图：前面的序号是样本id
每个文本文档里的数据如图所示：
现在我们想把它的RPM取出来并为矩阵，如图：
这里我们利用perl处理：

#按顺序读取文件夹里的多个文件的文件名，并存入@array数组
my $DIR_PATH="E:/Data/Lung cancaer/miRNA/cancer";
opendir D, ${
   DIR_PATH};
@array = grep(/\.txt/,readdir D);

#创建几个空数组
my @file_id =

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