#TCGA系列#利用perl处理肺癌多样本miRNA表达谱

最新推荐文章于 2024-10-27 22:51:17 发布
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#TCGA #miRNA #perl

本文介绍如何使用Perl脚本将TCGA肺癌项目的单个样本miRNA表达谱数据整理成矩阵形式，便于后续分析。通过解析文本文档中的RPM值，将数据转换为适合分析的结构。
  • 我们利用第三方工具下载TCGA数据时，可能下载到的是单个样本的miRNA表达谱，如图：前面的序号是样本id在这里插入图片描述
  • 每个文本文档里的数据如图所示：
    有1881个miRNA
  • 现在我们想把它的RPM取出来并为矩阵，如图：
    在这里插入图片描述
  • 这里我们利用perl处理：
#按顺序读取文件夹里的多个文件的文件名，并存入@array数组
my $DIR_PATH="E:/Data/Lung cancaer/miRNA/cancer";
opendir D, ${
   
   DIR_PATH};
@array = grep(/\.txt/,readdir D);

#创建几个空数组
my @file_id =
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#TCGA系列#利用R处理多个文件夹下的miRNA表达数据
生信小菜鸟
10-12 4598
- 当我们TCGA官方下载数据miRNA表达数据时，这些数据大多都位于多个文件夹下，而且有类似文件容易混淆。 - 说实话，R处理文件并没有perl好用，但并不代表不能处理 f1 <- list.files(pattern="isoforms.quantification",recursive=T) f2 <- list.files(pattern="isoforms.quanti...
#TCGA系列#利用perl提取一个文件夹中的多个文件夹里的注释文本
生信小菜鸟
07-12 2713
我们里用gdc下载TCGA数据时，下载到一个压缩文件包。解压后，会发现里面有多个文件夹，而且最烦人的是：有的文件夹里有annotations.txt，而有的没有。 miRNA注释文档有9列 我们利用perl把所有的注释信息（id和note）放在一个文档，方便后续工作 perl代码 #获取某个文件夹目录下的文件的路径名（包括多级目录里的文件） sub gDirTree { my $d...
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生信小菜鸟
07-13 7891
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