#TCGA系列#利用perl提取一个文件夹中的多个文件夹里的注释文本

Talini

于 2019-07-12 17:58:09 发布

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分类专栏： perl 生物文章标签： TCGA perl miRNA 注释信息

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/DeepSeaYu/article/details/95639974

本文介绍如何通过Perl脚本从TCGA数据的多个文件夹中提取并整合annotations.txt文件中的miRNA注释，以便于后续分析工作。解压后，数据分布在不同文件夹中，部分包含annotations.txt。Perl代码将帮助整理这些信息。

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我们里用gdc下载TCGA数据时，下载到一个压缩文件包。解压后，会发现里面有多个文件夹，而且最烦人的是：有的文件夹里有annotations.txt，而有的没有。
miRNA注释文档有9列
我们利用perl把所有的注释信息（id和note）放在一个文档，方便后续工作

perl代码

#获取某个文件夹目录下的文件的路径名（包括多级目录里的文件）
sub gDirTree {
   
   
   my $dir=shift;
   my @gFile=();
   if (!-d "$dir" && -e "$dir") {
   
   
    push(@gFile,$dir</

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