TxDb 格式文件

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原创 2025-03-26 09:40:26 1.3k 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

人基因组注释包提取转录本cDNA长度 bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene提取转录本cDNA长度。 # if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") # # BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene") library("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene") ... 阅读详情

介绍

TxDb (Transcript Database) 是 Bioconductor 提供的一种 用于存储转录组注释信息 的 R 对象，主要用于 基因结构解析、基因注释提取、外显子/CDS/UTR 分析等。它通常存储来自 GTF/GFF3 文件的转录本信息，包括：

基因（Gene）
转录本（Transcript）
外显子（Exon）
CDS（Coding Sequence，编码区）
5'UTR 和 3'UTR
内含子（Intron）
转录起始位点（TSS, Transcription Start Site）
转录终止位点（TES, Transcription End Site）

📌 `TxDb` 文件的构建

🔹 1. 通过 `makeTxDbFromGFF()` 从 GTF/GFF3 创建 `TxDb`

如果你有一个 GTF/GFF3 文件（例如 hg38.annotation.gtf），可以用 makeTxDbFromGFF() 创建 TxDb：

library(GenomicFeatures)
txdb <- makeTxDbFromGFF(file = "hg38.annotation.gtf", format = "gtf", organism = "Homo sapiens")
# 保存 TxDb 对象saveDb(txdb, file = "hg38.sqlite")

makeTxDbFromGFF() 读取 GTF/GFF3 文件，并解析基因结构信息。
saveDb(txdb, file = "hg38.sqlite") 将 TxDb 保存为 SQLite 格式，便于后续加载。

🔹 2. 直接加载 Bioconductor 提供的 `TxDb`

Bioconductor 提供了一些 预计算好的 TxDb 数据库，可以直接使用：

# 安装并加载 TxDbBiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene")
# 载入 TxDblibrary(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene

这种方式适合人类（hg38, hg19）或小鼠（mm10）等常见物种。
如果需要自定义注释，建议使用 makeTxDbFromGFF()。

📌 `TxDb` 文件结构

🔹 1. `TxDb` 的基本信息

可以用 txdb 查询 TxDb 结构：

R语言：

txdb

输出示例：

shell语言:

TxDb object:# Db type: TranscriptDb# Supporting package: GenomicFeatures# Data source: hg38.annotation.gtf# Genome: hg38# Organism: Homo sapiens# Transcript count: 182,481# Exon count: 1,021,375# CDS count: 410,852

数据来源：hg38.annotation.gtf
物种：Homo sapiens
转录本数：182,481
外显子数：1,021,375
CDS 数：410,852

🔹 2. `TxDb` 存储的主要数据

可以使用 columns(txdb) 查看 TxDb 数据库的可用列：

columns(txdb)

常见输出：

csharp
[1] "GENEID"   "TXID"   "TXNAME"   "EXONID"   "EXONRANK"[6] "CDSID"   "CDSSTART"   "CDSEND"   "EXONSTART" "EXONEND"[11] "TXSTART"  "TXEND"   "TXSTRAND" "TXCHROM"

字段	含义
`GENEID`	基因 ID（Ensembl/NCBI/RefSeq ID）
`TXID`	转录本 ID
`TXNAME`	转录本名称
`EXONID`	外显子 ID
`EXONRANK`	外显子在转录本中的顺序
`CDSID`	CDS ID
`CDSSTART`	CDS 起始位置
`CDSEND`	CDS 终止位置
`EXONSTART`	外显子起始位置
`EXONEND`	外显子终止位置
`TXSTART`	转录本起始位置
`TXEND`	转录本终止位置
`TXSTRAND`	转录本所在 DNA 链（`+/-`）
`TXCHROM`	染色体号

📌 `TxDb` 常见操作

🔹 1. 获取基因、转录本、外显子、CDS 信息

# 获取基因信息genes(txdb)
# 获取转录本信息transcripts(txdb)
# 获取外显子信息exons(txdb)
# 获取 CDS（编码区）信息cds(txdb)
# 获取 5' UTR 和 3' UTR 信息fiveUTRsByTranscript(txdb)threeUTRsByTranscript(txdb)

🔹 2. 获取特定基因的转录本

# 查找基因 ID 为 "ENSG00000141510"（TP53）的所有转录本tx_by_gene <- transcriptsBy(txdb, by = "gene")tx_by_gene["ENSG00000141510"]

🔹 3. 获取特定染色体上的所有转录本

# 获取 chr1 染色体上的所有转录本tx_chr1 <- transcripts(txdb, columns = c("TXID", "TXNAME", "TXSTART", "TXEND"), filter = list(tx_chrom = "chr1"))head(tx_chr1)

🔹 4. 计算基因长度

library(GenomicFeatures)gene_length <- sum(width(reduce(genes(txdb))))

🔹 5. 转换 `TxDb` 为 `GRanges`

library(GenomicRanges)
# 转录本转换为 GRangesgr_transcripts <- transcripts(txdb)
# 外显子转换为 GRangesgr_exons <- exons(txdb)

📌 `TxDb` 在 Ribo-seq / RNA-seq 分析中的作用

在 Ribo-seq / RNA-seq 分析中，TxDb 通常用于：

提取 CDS 位置，用于计算翻译效率（TE, Translation Efficiency）。
定义 UTR 区域，用于研究 5' UTR 和 3' UTR 的翻译调控。
筛选特定基因的转录本，用于可变剪切（alternative splicing）分析。
生成元基因（metagene）分析所需的坐标，帮助 P-site 计算。

📌 结论

✅ TxDb 是存储基因注释的 R 格式文件，可以从 GTF/GFF3 文件创建。
✅ TxDb 主要包含基因、转录本、CDS、UTR、外显子等结构信息。
✅ 它广泛应用于 RNA-seq、Ribo-seq 和基因功能注释。
✅ 可以通过 GenomicFeatures 包进行解析和可视化。

生信大白记第59记，就到这里，关注我！

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